PDB-2xgd: Crystal structure of a designed homodimeric variant T-A(L)A(L) of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xgd

タイトル

Crystal structure of a designed homodimeric variant T-A(L)A(L) of the tetracycline repressor

要素

TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

キーワード

TRANSCRIPTION / CHIMERA / TRANSCRIPTION REGULATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Stiebritz, M.T. / Wengrzik, S. / Richter, J.P. / Muller, Y.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Computational Design of a Chain-Specific Tetracycline Repressor Heterodimer.
著者: Stiebritz, M.T. / Wengrzik, S. / Klein, D.L. / Richter, J.P. / Srebrzynski, A. / Weiler, S. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2010年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xgd.cif.gz	93.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xgd.ent.gz	73.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xgd_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xgd_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	2xgd_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	2xgd_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xgcC 2xgeC 1a6iS 1bjz 1ork 1qpi 2tct 2trt 2vke 2vkv 2x6o 2x9d 2xb5 4v2f 4v2g S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4v2f-1 1a6i-1 2xge-1 2x6o-1 2xgc-1 2xgc-2 4b1r-1 6rgx-d 1bjz-1 6yr2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.656, 69.656, 184.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D 分子量: 23486.723 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-50,51-208 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 136 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 197 TO ILE
配列の詳細	ENGINEERED VARIANT, NAMELY CHIMERA OF P04483 AND P0ACT4 ( UNIPROT ACCESSION NUMBERS) AND 2 ...ENGINEERED VARIANT, NAMELY CHIMERA OF P04483 AND P0ACT4 ( UNIPROT ACCESSION NUMBERS) AND 2 MUTATIONS. AUTHOR HAS MENTIONED THAT THE C-TERMINUS OF P0ACT4 HAS BEEN TRUNCATED ARTIFICIALLY SINCE THE LATTER HAS 218 RESIDUES IN TOTAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.32 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: RAYONIX / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 11142 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.4 % / B_iso Wilson estimate: 58 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.39 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A6I

1a6i

解像度: 2.25→34.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 17.216 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25886	890	8 %	RANDOM
R_work	0.21686	-	-	-
obs	0.22032	10254	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.629 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1550	0	1	55	1606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.965	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.964	3	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.468	5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.638	23.636	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.376	15	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.138	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.194	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.288	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.784	1.5	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.139	1.5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.95	2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.433	3	700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.994	4.5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.252→2.374 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	125	-
R_work	0.256	1414	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6225	-4.002	8.3417	3.1777	-2.3225	13.0594	0.1772	0.5933	0.0694	0.0483	-0.1047	-0.0295	0.8431	0.6291	-0.0726	-0.1111	-0.0052	-0.0773	-0.0619	-0.0973	-0.0451	19.4686	27.8586	10.8419
2	2.1086	0.3025	1.9198	0.0436	0.2163	16.3952	-0.0891	0.1724	-0.3308	-0.247	0.0137	0.4557	0.6726	-1.0809	0.0754	-0.0584	0.1001	-0.0762	-0.1651	-0.0596	-0.0481	21.8106	27.8727	34.6887
3	7.159	0.2291	-4.0898	3.5642	3.3401	11.4319	-0.0076	0.6862	0.2698	-0.7174	-0.0416	0.6129	-0.7438	-0.8978	0.0492	-0.0717	0.1889	-0.0749	-0.2217	0.0107	-0.0829	23.9098	36.9489	37.4409
4	9.3355	2.8826	-0.2481	4.6179	-2.0817	5.2457	0.1819	-0.3109	-0.9555	0.3062	-0.489	-0.4977	0.9587	1.0021	0.3072	-0.2003	0.2435	-0.1201	-0.1087	0.1623	-0.1215	39.0029	28.149	46.3259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	166 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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