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- PDB-2xct: The twinned 3.35A structure of S. aureus Gyrase complex with Cipr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xct
タイトルThe twinned 3.35A structure of S. aureus Gyrase complex with Ciprofloxacin and DNA
要素
  • 5'-D(AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3'
  • 5'-D(GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
  • 5'-D(TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*T)-3'
  • DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
キーワードISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CPF / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Bax, B.D. / Chan, P. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. ...Bax, B.D. / Chan, P. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Type Iia Topoisomerase Inhibition by a New Class of Antibacterial Agents.
著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / ...著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E.W. / Saunders, M.R. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A.F. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N.
履歴
登録2010年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_contact_author.email / _pdbx_contact_author.organization_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
D: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
E: 5'-D(TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3'
G: 5'-D(GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
H: 5'-D(GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*A)-3'
S: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
U: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
V: 5'-D(TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*T)-3'
W: 5'-D(AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3'
X: 5'-D(GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
Y: 5'-D(GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,53124
ポリマ－336,76612
非ポリマー1,76512
水00
1
B: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
D: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
E: 5'-D(TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3'
G: 5'-D(GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
H: 5'-D(GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,26512
ポリマ－168,3836
非ポリマー8826
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15000 Å2
ΔGint-73.9 kcal/mol
Surface area57690 Å2
手法PISA
2
S: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
U: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
V: 5'-D(TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*T)-3'
W: 5'-D(AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3'
X: 5'-D(GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
Y: 5'-D(GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,26512
ポリマ－168,3836
非ポリマー8826
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18550 Å2
ΔGint-105.3 kcal/mol
Surface area57280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.984, 123.166, 170.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BDSU

#1: タンパク質
DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A


分子量: 78109.000 Da / 分子数: 4
断片: GYRB- C-TERMINAL 27KDA DOMAIN, RESIDUES 410-543 AND 580-644, GYRA- N-TERMINAL 56KDA DOMAIN, RESIDUES 2-491
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-TERMINUS GYRB (644) FUSED TO N-TERMINUS GYRA (1002). GREEK KEY DOMAIN (544-579) DELETED AND REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 4種, 8分子 EVFWGXHY

#2: DNA鎖 5'-D(TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量: 2473.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3'


分子量: 2451.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'


分子量: 3623.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: DNA鎖 5'-D(GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*A)-3'


分子量: 3616.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 12分子

#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-CPF / 1-CYCLOPROPYL-6-FLUORO-4-OXO-7-PIPERAZIN-1-YL-1,4-DIHYDROQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID / ciprofloxacin / シプロフロキサシン


分子量: 331.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18FN3O3 / コメント: 抗生剤*YM

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 1123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 1123 TO PHE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 1123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 1123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN S, TYR 1123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN U, TYR 1123 TO PHE
配列の詳細RESIDUES 544-579 DELETED AND REPLACED WITH TWO AMINO ACIDS, TG. THE C-TERMINUS OF GYRB (6B44) IS ...RESIDUES 544-579 DELETED AND REPLACED WITH TWO AMINO ACIDS, TG. THE C-TERMINUS OF GYRB (6B44) IS FUSED TO THE N- TERMINUS OF GYRA (A2) CATALYTIC TYROSINE (A123/B1123) MUTATED TO PHENYLALANINE. DNA (8MER, 12MER ON TOP 5'-3', 12MER, 8MER UNDER 3'-5') DNA CALLED 8-3NN - FOUR STRANDS (CALLED 8-3,12-3,12-4,8-4) CAN ANNEAL TO GIVE 3 DIFFERENT DUPLEXES 5' TGTGCGGT GTAC- CTACGGCT 8-3 12-3 3' ACACGCCA-CATG GATGCCGA 12-4 8-4 5' TGTGCGGT GTAC-ACCGCACA 8-3 12-3 3' ACACGCCA-CATG TGGCGTGT 12-3 8-3 5' AGCCGTAG GTAC-CTACGGCT 8-4 12-3 3' TCGGCATC- CATG GATGCCGA 12-3 8-4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 11% PEG 3350, 0.15M BIS TRIS PH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.324
反射解像度: 3.35→25 Å / Num. obs: 52713 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 76.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.35→3.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→24.956 Å / SU ML: 0 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.56 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: THE DATA ARE IN P21, BUT WITH A BETA ANGLE OF 90 DEGREES.BECAUSE THE DATA ARE PSEUDO ORTHORHOMBIC. AUTHOR SELECTED THE R-FREE IN THE ABOVE MENTIONED RESOLUTION SHELLS. THIS IS NOT A STANDARD ...詳細: THE DATA ARE IN P21, BUT WITH A BETA ANGLE OF 90 DEGREES.BECAUSE THE DATA ARE PSEUDO ORTHORHOMBIC. AUTHOR SELECTED THE R-FREE IN THE ABOVE MENTIONED RESOLUTION SHELLS. THIS IS NOT A STANDARD SPACE GROUP FOR A TWIN OPERATOR.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 2148 4.1 %
Rwork0.1664 --
obs0.1692 52173 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.369 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.157 Å20 Å25.3898 Å2
2--15.7485 Å2-0 Å2
3----24.7844 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→24.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20781 1461 104 0 22346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02422861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44231150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4728689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0823550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.35-3.40770.32881410.21142487X-RAY DIFFRACTION98
3.4077-3.46950.2875550.20052518X-RAY DIFFRACTION98
3.4695-3.5360.2556860.19842504X-RAY DIFFRACTION98
3.536-3.6080.28741410.19592444X-RAY DIFFRACTION98
3.608-3.68620.2571410.18282475X-RAY DIFFRACTION98
3.6862-3.7717000.18122558X-RAY DIFFRACTION98
3.7717-3.86570.20321410.17592494X-RAY DIFFRACTION98
3.8657-3.96980.24491410.16772417X-RAY DIFFRACTION98
3.9698-4.08610.22811410.16522475X-RAY DIFFRACTION98
4.0861-4.2174000.15442597X-RAY DIFFRACTION98
4.2174-4.36740.22141410.14972445X-RAY DIFFRACTION98
4.3674-4.54120.20451410.14242448X-RAY DIFFRACTION98
4.5412-4.74650.22741410.14392501X-RAY DIFFRACTION98
4.7465-4.9949000.1442581X-RAY DIFFRACTION98
4.9949-5.30510.22141410.14772483X-RAY DIFFRACTION98
5.3051-5.71010.28871410.16262464X-RAY DIFFRACTION98
5.7101-6.27650.29681410.16822475X-RAY DIFFRACTION98
6.2765-7.1658000.18092637X-RAY DIFFRACTION98
7.1658-8.95820.23831410.15522516X-RAY DIFFRACTION98
8.9582-24.95660.17631410.17672539X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9306-0.1717-0.07910.1593-0.1299-0.15280.04840.1751-0.0667-0.0529-0.0047-0.00220.0301-0.0153-0.03490.30650.0282-0.03830.3247-0.02680.359813.830330.462881.7539
20.44040.1010.35110.24-0.22180.64840.02080.16880.1346-0.00520.02150.1235-0.011-0.0769-0.0430.16510.0067-0.04150.17610.10260.32154.818262.455264.0615
30.13660.26950.1620.36240.10480.22540.15990.0612-0.0447-0.1003-0.1850.14740.04950.01550.04380.310.0751-0.06510.2625-0.04840.1751.029942.1024132.9771
40.1111-0.04090.22570.4482-0.10940.2157-0.01030.2428-0.3556-0.01950.03060.2320.0030.2067-0.0690.2531-0.0284-0.02910.43830.11310.586923.595759.800572.2793
50.2712-0.10240.23240.782-0.48330.8966-0.1512-0.10060.09150.04560.06080.0005-0.054-0.19430.06050.2475-0.0119-0.0960.4002-0.0090.3754-29.778851.911182.2621
60.4959-0.1105-0.28820.4866-0.077-0.25080.23320.2913-0.2184-0.1534-0.0536-0.07650.10830.208-0.11690.36290.1225-0.10260.2472-0.09760.2559-14.059417.03463.1686
70.25450.0336-0.13660.085-0.01240.0655-0.0895-0.0543-0.08580.1676-0.03020.0239-0.1399-0.49610.05060.34050.06110.02870.42510.03160.1678-19.154838.238131.8792
8-0.13750.66440.04170.8620.49690.937-0.00320.0319-0.1057-0.15070.2564-0.23640.087-0.2747-0.19460.2539-0.1125-0.12390.16910.03790.203-33.884320.007969.0069
90.8404-0.2442-0.6778-0.11150.03690.5083-0.25790.0373-0.26070.02670.08040.1030.12070.11640.10810.60060.03270.13630.4066-0.00870.487757.288730.0654-5.7269
100.46290.1534-0.66330.24160.04770.29250.1010.0785-0.1081-0.1572-0.0007-0.07150.0820.0171-0.05940.8043-0.00770.00770.6111-0.07730.562627.966316.737-20.8361
110.1490.03420.16220.1009-0.04440.33830.03110.0257-0.0229-0.0186-0.1480.06580.13270.30270.06910.34880.0841-0.04350.42270.00510.154850.890441.43146.6307
120.38180.1821-0.12220.0109-0.61121.13730.1293-0.01360.02160.2183-0.0331-0.1302-0.57680.17-0.09310.7044-0.130.17860.45110.01320.592767.084658.4173-15.9857
130.2732-0.0365-0.22290.47690.30360.98250.05030.00780.1025-0.0657-0.0047-0.0172-0.2148-0.1392-0.01220.21240.07630.01740.20260.02670.187413.831951.52750.0035
140.281-0.3059-0.136-0.04280.2260.33010.41610.22160.3796-0.0831-0.2045-0.174-0.6316-0.0913-0.10370.51350.11710.17710.24770.10360.380346.907162.4124-22.5056
150.7138-0.3821-0.2670.8001-0.00240.1366-0.36740.2092-0.03520.36580.20520.07020.03530.12310.07320.2821-0.02660.04280.24340.01980.169730.674837.736648.1567
160.96351.38921.39921.3542-0.24611.23180.3087-0.2344-0.31620.2435-0.0708-0.4464-0.2132-0.2522-0.13550.48050.03640.05480.46460.00610.4477.804620.7355-12.5674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((CHAIN B AND (RESID 1029:1374 OR RESID 1451:1491)) OR (CHAIN E) OR (CHAIN F) OR CHAIN G) OR (CHAIN H))
2X-RAY DIFFRACTION2((CHAIN B AND (RESID 417:545 OR RESID 580:606)))
3X-RAY DIFFRACTION3((CHAIN B AND (RESID 1375:1450)))
4X-RAY DIFFRACTION4((CHAIN B AND (RESID 1019:1028)) OR (CHAIN B AND (RESID 609:637)))
5X-RAY DIFFRACTION5((CHAIN D AND (RESID 1030:1374 OR RESID 1451:1491)))
6X-RAY DIFFRACTION6((CHAIN D AND (RESID 417:545 OR RESID 580:606)))
7X-RAY DIFFRACTION7((CHAIN D AND (RESID 1375:1450)))
8X-RAY DIFFRACTION8((CHAIN D AND (RESID 1010:1028)) OR (CHAIN D AND (RESID 607:639)))
9X-RAY DIFFRACTION9((CHAIN S AND (RESID 1029:1374 OR RESID 1451:1491)) OR (CHAIN V) OR (CHAIN W) OR CHAIN X) OR (CHAIN Y))
10X-RAY DIFFRACTION10((CHAIN S AND (RESID 417:545 OR RESID 580:606)))
11X-RAY DIFFRACTION11((CHAIN S AND (RESID 1375:1450)))
12X-RAY DIFFRACTION12((CHAIN S AND (RESID 1012:1028)) OR (CHAIN U AND (RESID 609:639)))
13X-RAY DIFFRACTION13((CHAIN U AND (RESID 1029:1374 OR RESID 1451:1491)))
14X-RAY DIFFRACTION14((CHAIN U AND (RESID 418:544 OR RESID 581:608)))
15X-RAY DIFFRACTION15((CHAIN U AND (RESID 1375:1450)))
16X-RAY DIFFRACTION16((CHAIN U AND (RESID 1013:1028)) OR (CHAIN S AND (RESID 609:639)))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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