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Yorodumi- PDB-2xct: The twinned 3.35A structure of S. aureus Gyrase complex with Cipr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xct | ||||||
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Title | The twinned 3.35A structure of S. aureus Gyrase complex with Ciprofloxacin and DNA | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | STAPHYLOCOCCUS AUREUS (bacteria) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.35 Å | ||||||
Authors | Bax, B.D. / Chan, P. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. ...Bax, B.D. / Chan, P. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2010 Title: Type Iia Topoisomerase Inhibition by a New Class of Antibacterial Agents. Authors: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / ...Authors: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E.W. / Saunders, M.R. / Singh, O. / Spitzfaden, C. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A.F. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xct.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xct.ent.gz | 920.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xct.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2xct_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2xct_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 2xct_validation.xml.gz | 119.3 KB | Display | |
Data in CIF | 2xct_validation.cif.gz | 158.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xct | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BDSU
#1: Protein | Mass: 78109.000 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: GYRB- C-TERMINAL 27KDA DOMAIN, RESIDUES 410-543 AND 580-644, GYRA- N-TERMINAL 56KDA DOMAIN, RESIDUES 2-491 Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C-TERMINUS GYRB (644) FUSED TO N-TERMINUS GYRA (1002). GREEK KEY DOMAIN (544-579) DELETED AND REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG Source: (gene. exp.) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (bacteria) / Strain: N315 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3 |
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-DNA chain , 4 types, 8 molecules EVFWGXHY
#2: DNA chain | Mass: 2473.626 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #3: DNA chain | Mass: 2451.630 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #4: DNA chain | Mass: 3623.368 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #5: DNA chain | Mass: 3616.383 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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-Non-polymers , 2 types, 12 molecules
#6: Chemical | ChemComp-MN / #7: Chemical | ChemComp-CPF / |
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-Details
Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 1123 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 1123 TO PHE ...ENGINEERED |
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Sequence details | RESIDUES 544-579 DELETED AND REPLACED WITH TWO AMINO ACIDS, TG. THE C-TERMINUS OF GYRB (6B44) IS ...RESIDUES 544-579 DELETED AND REPLACED WITH TWO AMINO ACIDS, TG. THE C-TERMINUS OF GYRB (6B44) IS FUSED TO THE N- TERMINUS OF GYRA (A2) CATALYTIC TYROSINE (A123/B1123) MUTATED TO PHENYLALAN |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.43 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.2 / Details: 11% PEG 3350, 0.15M BIS TRIS PH 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.324 |
Reflection | Resolution: 3.35→25 Å / Num. obs: 52713 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 76.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.35→3.53 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.35→24.956 Å / SU ML: 0 / σ(F): 1.38 / Phase error: 37.56 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F Details: THE DATA ARE IN P21, BUT WITH A BETA ANGLE OF 90 DEGREES.BECAUSE THE DATA ARE PSEUDO ORTHORHOMBIC. AUTHOR SELECTED THE R-FREE IN THE ABOVE MENTIONED RESOLUTION SHELLS. THIS IS NOT A STANDARD ...Details: THE DATA ARE IN P21, BUT WITH A BETA ANGLE OF 90 DEGREES.BECAUSE THE DATA ARE PSEUDO ORTHORHOMBIC. AUTHOR SELECTED THE R-FREE IN THE ABOVE MENTIONED RESOLUTION SHELLS. THIS IS NOT A STANDARD SPACE GROUP FOR A TWIN OPERATOR.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.369 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.7 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.35→24.956 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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