PDB-2xc1: Full-length Tailspike Protein Mutant Y108W of Bacteriophage P22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xc1

タイトル

Full-length Tailspike Protein Mutant Y108W of Bacteriophage P22

要素

BIFUNCTIONAL TAIL PROTEIN

キーワード

HYDROLASE / ENDOGLYCOSIDASE / SALMONELLA PHAGE P22

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Mueller, J.J. / Seul, A. / Seckler, R. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Bacteriophage P22 Tailspike: Structure of the Complete Protein and Function of the Interdomain Linker
著者: Seul, A. / Mueller, J.J. / Andres, D. / Stettner, E. / Heinemann, U. / Seckler, R.

履歴

登録	2010年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2014年5月21日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xc1.cif.gz	796.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xc1.ent.gz	663.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vkyC 2vnlSC 2vfmS 1clw 1lkt 1qa1 1qa2 1qa3 1qq1 1qrb 1qrc 1tsp 1tyu 1tyv 1tyw 1tyx 2vfn 2vfo 2vfp 2vfq C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4num-d 6n29-d 6yua-d 3hos-d 5nt1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BIFUNCTIONAL TAIL PROTEIN

B: BIFUNCTIONAL TAIL PROTEIN

C: BIFUNCTIONAL TAIL PROTEIN

ヘテロ分子

218 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.358, 121.558, 208.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	BIFUNCTIONAL TAIL PROTEIN / FULL-LENGTH P22 TAILSPIKE PROTEIN / LATE PROTEIN GP9 / TAILSPIKE-PROTEIN / TSP / ENDORHAMNOSIDASE / ...FULL-LENGTH P22 TAILSPIKE PROTEIN / LATE PROTEIN GP9 / TAILSPIKE-PROTEIN / TSP / ENDORHAMNOSIDASE / ENDO-1 / 3-ALPHA-L-RHAMNOSIDASE 分子量: 71845.391 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-667 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ) プラスミド: PTSP1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 参照: UniProt: P12528, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#1: タンパク質

BIFUNCTIONAL TAIL PROTEIN / FULL-LENGTH P22 TAILSPIKE PROTEIN / LATE PROTEIN GP9 / TAILSPIKE-PROTEIN / TSP / ENDORHAMNOSIDASE / ...

分子量: 71845.391 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-667 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ)
プラスミド: PTSP1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83
参照: UniProt: P12528, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 2284分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 109 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 109 TO TRP ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 109 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 109 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 109 TO TRP
配列の詳細	SEQUENCE NUMBERING WITHOUT N-TERMINAL MET SHEETS AA,AB IN CHAIN A BELONG TO THE HEAD-BINDING DOMAIN ...SEQUENCE NUMBERING WITHOUT N-TERMINAL MET SHEETS AA,AB IN CHAIN A BELONG TO THE HEAD-BINDING DOMAIN SHEETS BA,BB IN CHAIN B BELONG TO THE HEAD-BINDING DOMAIN SHEETS CA,CB IN CHAIN C BELONG TO THE HEAD-BINDING DOMAIN SHEETS AC,AD,AE,AF,AG BELONG TO THE PARALLEL BETA-HELIX DOMAIN IN CHAIN A WITH, SHEETS AC AND AD ARE BIFURCATED SHEETS BC,BD,BE,BF,BG BELONG TO THE PARALLEL BETA-HELIX DOMAIN IN CHAIN B WITH, SHEETS BC AND BD ARE BIFURCATED SHEETS CC,CD,CE,CF,CG BELONG TO THE PARALLEL BETA-HELIX DOMAIN IN CHAIN C WITH, SHEETS CC AND CD ARE BIFURCATED SHEETS AH,BH,CH BELONG TO A PRISM IN THE C-TERMINAL DOMAIN SHEETS AI,BI,CI BELONG TO A BETA BARREL IN THE C-TERMINAL DOMAIN

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 109 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 109 TO TRP ...

配列の詳細

SEQUENCE NUMBERING WITHOUT N-TERMINAL MET SHEETS AA,AB IN CHAIN A BELONG TO THE HEAD-BINDING DOMAIN ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PROTEIN- 15MG/ML IN 10MM HEPES PH7;RESERVOIR:750 ML 0.2M AMMONIUM ACETATE,0.1M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE PH 5.6, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000; HANGING DROPS:1.5MICROL RESERVOIR- 1. ...詳細: PROTEIN- 15MG/ML IN 10MM HEPES PH7;RESERVOIR:750 ML 0.2M AMMONIUM ACETATE,0.1M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE PH 5.6, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000; HANGING DROPS:1.5MICROL RESERVOIR- 1.5MICROL PROTEIN SOLUTION; TEMPERATURE: 19 DEGR.; CRYO: 3% GLYCEROL

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PROTEIN- 15MG/ML IN 10MM HEPES PH7;RESERVOIR:750 ML 0.2M AMMONIUM ACETATE,0.1M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE PH 5.6, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000; HANGING DROPS:1.5MICROL RESERVOIR- 1. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月28日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI-111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→48.3 Å / Num. obs: 237282 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 20 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.85 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 68.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0055	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2VNL AND 2VFM

2vnl

2vfm

解像度: 1.65→49.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 4.888 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21038	12041	5 %	RANDOM
R_work	0.16532	-	-	-
obs	0.16756	228771	91.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.822 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→49.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15064	0	131	2265	17460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	15688
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.958	21292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.836	3.001	25523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.619	5	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.059	24.841	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.303	15	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.401	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	17595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.791	2	9842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.658	2	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.508	3	15909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.834	4	5846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.315	6	5381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	491	-
R_work	0.325	9322	-
obs	-	-	50.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.91	0.0368	-0.9086	1.3149	2.8738	7.3955	0.0736	-0.1221	0.1121	-0.0992	-0.0367	0.0496	-0.3846	0.0305	-0.0369	0.2476	0.0254	0.0185	0.0863	-0.047	0.1322	-71.385	48.616	-100.4
2	1.321	-0.9977	0.1467	4.2482	1.1541	2.1802	0.0348	0.0779	0.0465	0.0471	-0.0187	0.0881	0.1746	0.1056	-0.0161	0.0887	0.0004	-0.0079	0.0988	-0.046	0.0393	-68.246	39.862	-113.799
3	1.315	-1.3225	-0.2765	3.8945	1.8056	3.2877	0.0382	-0.0643	-0.08	0.5718	-0.0884	0.4094	0.7743	-0.0021	0.0502	0.2952	-0.0595	0.0418	0.0414	-0.0298	0.0707	-72.586	31.903	-104.144
4	1.0377	-0.4179	-0.7259	2.1315	0.9988	3.1966	0.037	-0.1834	0.1284	0.244	0.1564	-0.1659	0.3522	0.3974	-0.1933	0.1175	0.0206	-0.0185	0.0995	-0.068	0.0562	-63.737	38.03	-107.639
5	3.166	-0.5163	-0.3183	3.0071	-0.9683	5.5679	0.1096	0.3671	-0.0199	-0.3381	-0.0736	-0.0085	-0.0565	-0.3811	-0.036	0.1277	0.0293	-0.0462	0.1184	-0.0141	0.0309	-47.465	42.85	-86.167
6	0.7831	0.1854	0.0698	0.5605	-0.5121	1.3415	0.0172	0.04	-0.0091	-0.0745	0.0231	0.1068	0.0268	-0.0555	-0.0403	0.045	0.0012	-0.0466	0.0072	-0.0092	0.0812	-51.161	28.118	-66.393
7	6.2596	1.8223	-2.3022	3.2218	-1.6927	4.2824	0.0488	0.0069	-0.1535	-0.1557	-0.1333	-0.1668	0.0752	0.1446	0.0845	0.1588	0.023	-0.0245	0.1035	-0.0201	0.1105	-40.002	24.162	-68.785
8	0.9501	0.3226	0.3771	0.5484	-0.0503	1.1254	0.0447	-0.1989	-0.0206	0.0725	-0.0128	0.0416	-0.0081	-0.1494	-0.0318	0.0501	0.0196	0.0018	0.0652	-0.0068	0.0955	-46.592	27.554	-37.93
9	0.7934	0.2343	0.1218	0.4594	-0.282	1.5917	0.0581	-0.1544	-0.1286	0.0648	-0.0197	0.0613	0.1226	-0.1682	-0.0384	0.0653	-0.0175	-0.0027	0.0441	0.0223	0.1033	-49.013	18.576	-36.406
10	1.2745	-0.6459	-1.0492	1.1266	0.6954	1.8536	0.0046	0.0278	-0.0358	-0.0967	-0.0054	0.035	0.0399	0.0389	0.0008	0.0641	0.0014	-0.0461	0.0258	-0.0129	0.0682	-39.046	23.245	-59.639
11	0.6013	-0.225	-0.2015	0.8077	0.1582	0.5384	0.0151	0.01	-0.0372	-0.0727	-0.0078	0.0296	0.0165	0.0181	-0.0073	0.0436	-0.0003	-0.0271	0.0038	-0.0101	0.0599	-32.98	21.848	-53.07
12	0.399	-0.0927	-0.0703	0.6591	0.4611	0.4098	0.0112	-0.004	-0.0788	0.0248	-0.0218	0.039	0.0424	-0.0485	0.0106	0.0491	-0.0034	-0.0228	0.015	0.0007	0.0701	-30.443	17.337	-44.479
13	1.2373	0.1515	0.4174	2.8186	0.1907	2.294	0.0782	-0.0449	-0.2908	-0.0082	-0.0702	-0.2114	0.237	0.0017	-0.0081	0.0534	0.0168	-0.0192	0.0213	-0.0083	0.1268	-21.506	3.222	-47.508
14	0.67	-0.1417	-0.1838	0.7037	0.1404	0.5535	0.0153	-0.0183	-0.0592	0.0049	0.0051	0.0074	0.0528	-0.0064	-0.0205	0.0333	0.0025	-0.0295	0.0179	-0.0002	0.0546	-21.097	21.862	-37.076
15	1.4571	-0.448	-0.4743	1.6979	0.4042	1.1041	0.0254	-0.15	-0.0964	0.1108	-0.0142	0.0919	0.1382	-0.0235	-0.0112	0.0553	-0.0088	-0.0267	0.0423	0.0138	0.0646	-17.996	20.137	-29.485
16	1.0291	-0.6027	0.1581	1.0709	-0.5675	0.63	0.0774	-0.2368	-0.0317	0.1139	-0.0058	0.083	-0.0364	-0.0478	-0.0715	0.0802	-0.0542	-0.0108	0.1317	-0.0121	0.0677	-13.75	20.294	-24.486
17	1.4439	-0.7622	-0.7993	0.6904	0.5961	0.9102	0.0274	-0.0357	-0.0005	-0.0126	-0.0183	0.0035	-0.0543	0.0172	-0.0092	0.0379	-0.0011	-0.0048	0.0527	0.0113	0.0416	-0.675	35.067	-21.129
18	0.4232	0.5206	0.1753	0.6811	0.3262	0.6145	0.0147	-0.0434	0.0124	0.031	-0.0317	0.0238	-0.0009	-0.034	0.0171	0.028	0.0056	-0.0132	0.0528	0.0115	0.0482	0.248	26.913	-8.684
19	0.5816	-0.4404	0.3558	9.0704	-2.1418	1.6519	0.0053	-0.0539	0.0772	0.0544	-0.0609	0.0008	-0.11	0.0399	0.0556	0.029	0.0031	-0.0089	0.0723	-0.0057	0.045	11.731	29.464	-0.156
20	0.6486	0.0065	-0.1243	0.8822	0.2283	2.0691	0.0345	0.0424	-0.0815	-0.0099	-0.0312	0.0235	0.176	0.0431	-0.0033	0.037	0.0191	-0.0168	0.0307	0.0066	0.0541	18.764	12.568	1.028
21	1.5082	0.1186	-0.3144	3.8654	1.7809	1.4616	0.0002	-0.0637	0.0841	0.098	0.0439	-0.1542	0.053	-0.1818	-0.0441	0.1117	-0.0099	0.0074	0.105	-0.0413	0.1092	-68.108	51.415	-107.058
22	5.6508	2.5684	1.8204	2.4575	0.8839	2.4201	-0.0449	0.1201	-0.0169	-0.1138	0.0077	-0.1207	-0.1532	0.1084	0.0372	0.1218	-0.0048	0.0231	0.01	0.0199	0.0887	-56.726	63.602	-108.314
23	2.6271	2.0716	0.4042	2.5724	0.0671	0.1422	-0.0403	0.1822	-0.5039	-0.1018	0.0664	-0.5713	-0.0159	0.0462	-0.026	0.0761	-0.0002	0.0426	0.0303	-0.0421	0.1785	-51.952	54.437	-111.934
24	4.5801	0.8258	1.2693	3.3269	-0.1061	2.8672	0.0844	0.0268	0.2458	0.0842	-0.244	0.189	0.0498	-0.1492	0.1596	0.0882	-0.0009	0.02	0.0356	-0.0062	0.0833	-60.344	64.222	-106.185
25	8.0629	-4.7884	2.7833	10.5621	-4.8492	9.6301	0.0536	-0.0906	-0.2906	0.3288	-0.5018	-0.6041	0.6011	0.374	0.4483	0.1811	-0.0027	0.0243	0.0456	0.0674	0.1357	-59.885	55.897	-91.335
26	1.4747	-0.3821	-0.1853	0.6452	0.0092	0.4728	0.0051	0.1501	-0.0125	-0.1003	-0.0073	0.059	-0.0029	0.0132	0.0022	0.091	-0.0012	-0.0316	0.0323	-0.0063	0.0163	-33.473	40.927	-82.234
27	5.5395	-0.7923	-1.1923	1.9105	0.4194	4.7416	-0.0024	-0.003	0.1799	-0.0347	0.0319	0.0972	-0.0379	0.0694	-0.0295	0.0954	0.0109	-0.036	0.0651	0.0059	0.0875	-26.217	47.783	-74.939
28	1.3654	-0.2514	0.4781	0.599	-0.0877	1.3041	0.1079	0.1581	-0.2595	-0.0694	-0.0274	0.0355	0.1534	0.2721	-0.0805	0.0806	0.0263	-0.0062	0.0649	-0.0362	0.0619	-12.208	19.963	-70.494
29	0.7302	-0.4787	0.1677	1.1528	-0.0448	1.0088	0.0419	0.157	-0.0171	-0.1086	-0.0454	-0.0392	0.0824	0.2327	0.0035	0.0407	0.0215	0.0043	0.0898	-0.0234	0.0285	-9.756	27.239	-74.241
30	0.8664	0.2992	-0.058	1.5693	0.2443	0.4874	0.019	0.1053	0.0814	-0.1089	-0.0171	-0.0231	-0.063	0.0646	-0.0019	0.0628	-0.0081	-0.0092	0.0547	0.0026	0.0274	-15.114	41.706	-69.011
31	0.382	0.1385	0.0203	0.7189	0.0502	0.4401	0.0144	0.0718	0.0118	-0.0648	-0.0037	-0.0594	-0.0227	0.1117	-0.0107	0.0445	-0.0065	-0.0015	0.047	-0.0007	0.0339	-9.554	38.191	-61.66
32	6.2654	-2.8128	-0.9091	2.244	-1.9875	11.3035	-0.2438	-0.0984	-0.4229	-0.442	-0.0147	-0.1988	1.586	0.6732	0.2584	0.3303	0.0263	0.1857	0.3488	-0.0434	0.4657	10.134	41.33	-65.473
33	3.1076	0.2122	0.3694	2.6737	-0.3419	0.9978	0.0106	0.033	0.1099	0.0953	-0.0766	-0.0844	-0.0748	0.265	0.066	0.0436	-0.0525	-0.0019	0.1011	0.0117	0.0589	5.672	50.711	-59.448
34	0.5929	0.1436	0.1456	0.5969	0.0097	0.2917	0.0181	0.0561	0.0109	-0.0149	-0.021	-0.0215	-0.0105	0.1343	0.0029	0.0328	-0.0055	-0.0062	0.063	0.0023	0.0334	-3.755	34.001	-49.815
35	1.2255	0.4503	-0.022	1.6894	-0.099	0.9862	-0.0366	0.1372	-0.0693	-0.1733	0.0415	-0.1142	0.0596	0.127	-0.0049	0.0243	0.0066	0.0002	0.0728	-0.0052	0.0427	2.569	29.31	-45.248
36	4.0388	1.816	-2.9161	7.1086	2.4352	10.1264	-0.1005	0.293	-0.3069	-0.3285	0.0157	0.0714	0.1886	0.162	0.0849	0.074	0.052	-0.0064	0.0858	-0.0291	0.0665	4.388	16.908	-45.113
37	0.8068	0.4203	-0.5996	1.4473	-0.1552	1.2159	-0.0348	0.0882	-0.0588	-0.0487	0.0408	-0.1207	0.1026	0.1277	-0.006	0.0225	0.0126	-0.0189	0.0802	-0.0055	0.0465	5.923	29.933	-38.309
38	0.4109	-1.1603	0.5032	5.0812	0.4117	2.4872	-0.0198	0.0377	0.0314	-0.0351	-0.0602	-0.0781	-0.1537	0.0855	0.08	0.0489	0.0142	-0.0225	0.0697	0.0028	0.089	-2.868	32.848	-21.166
39	0.4721	-0.0105	-0.2217	0.104	-0.1837	0.7155	0.0506	0.0482	-0.0528	-0.0357	-0.0248	0.0253	0.1203	0.0954	-0.0259	0.0496	0.0205	-0.0139	0.0625	-0.0034	0.0488	8.792	17.96	-19.203
40	1.0121	0.193	0.235	1.077	-0.067	0.8626	-0.0103	0.0668	0.0159	-0.0455	0.0011	-0.1034	0.0208	0.1952	0.0092	0.0105	0.0127	-0.0037	0.087	0.0113	0.0463	27.744	24.848	-4.987
41	1.3142	-0.0129	-0.2874	1.2344	0.7434	2.443	-0.018	-0.0373	-0.1737	0.1703	-0.1014	-0.0078	0.2601	-0.2152	0.1194	0.0823	-0.0072	-0.0014	0.0328	-0.0121	0.0535	-76.557	53.936	-95.317
42	11.111	-0.4001	-1.388	5.2331	0.8123	3.3055	0.0323	-0.0385	0.7443	0.0293	0.2328	-0.5296	-0.3499	0.6366	-0.2651	0.1364	-0.0307	-0.0208	0.1499	-0.0557	0.112	-69.68	65.916	-88.116
43	3.0866	-0.8371	-0.4422	2.0059	1.2801	2.8006	0.1153	0.1306	0.1381	0.045	-0.0191	-0.1208	0.1125	0.0598	-0.0963	0.0295	0.0183	-0.0151	0.0239	-0.0226	0.065	-75.103	63.212	-97.313
44	3.8758	-1.7381	0.2897	7.9933	0.4444	4.9407	0.1076	-0.0281	-0.3228	0.4333	0.0227	-0.2812	1.0497	-0.1072	-0.1303	0.2527	-0.0351	-0.0319	0.0223	-0.021	0.091	-77.615	48.083	-93.357
45	12.4683	1.3366	-0.7699	8.6646	-1.0081	3.5797	-0.0196	1.1476	-0.0281	-0.7944	0.0787	1.001	0.129	-0.5008	-0.059	0.1388	-0.0107	-0.092	0.1649	-0.0112	0.1216	-55.902	39.307	-82.132
46	0.5445	0.2698	0.0043	1.1064	0.1619	0.5851	-0.0128	0.0631	0.0278	-0.0848	0.0109	0.0164	-0.0493	-0.0245	0.0019	0.0586	0.007	-0.0379	0.0095	0.0025	0.0657	-45.03	56.06	-65.308
47	3.5664	-0.6109	0.3829	4.3599	-0.3001	5.0433	-0.0331	-0.0858	-0.2464	-0.0491	-0.0184	0.0064	0.0379	-0.0332	0.0515	0.0638	-0.0082	-0.0267	0.0454	0.0075	0.0832	-47.118	48.429	-56.36
48	0.5473	-0.3444	0.1777	1.0631	0.0563	0.375	-0.0827	-0.0132	0.2079	0.0291	0.015	-0.1693	-0.0895	0.0574	0.0677	0.0536	-0.011	-0.023	0.0146	0.0014	0.1028	-21.558	67.769	-49.231
49	1.9373	0.8647	-0.8542	1.3534	-0.2607	1.148	-0.0399	-0.0456	0.0329	-0.0372	-0.0119	0.0774	0.0446	0.0077	0.0518	0.0552	0.0095	-0.0373	0.0102	0.0069	0.0665	-38.866	52.001	-52.976
50	0.7263	0.2909	-0.2347	0.5725	0.0281	0.8002	-0.013	-0.0068	0.0261	-0.015	-0.0186	0.0458	-0.0312	-0.037	0.0316	0.045	0.0109	-0.0242	0.0069	0.0012	0.0646	-33.851	51.586	-46.89
51	0.8239	0.1048	-0.2709	0.5599	-0.078	0.5687	-0.022	-0.0485	0.0713	0.012	0.0198	0.0276	-0.0218	-0.026	0.0022	0.044	0.0178	-0.0208	0.014	-0.0022	0.0556	-28.806	49.576	-39.678
52	10.0196	-1.4028	-1.5542	10.0421	-0.8304	4.7667	0.1887	-0.5009	1.1743	0.3525	-0.0802	-0.8924	-0.603	0.3989	-0.1085	0.1455	-0.0123	-0.0207	0.1117	-0.0961	0.2422	-32.081	59.706	-24.413
53	0.8414	-0.0297	-0.1282	0.2581	-0.0552	0.4924	-0.0182	-0.1084	-0.0068	0.071	-0.0016	-0.0162	-0.0221	0.0051	0.0199	0.0475	0.0069	-0.0156	0.0238	-0.0023	0.0423	-23.421	45.825	-31.245
54	1.1569	0.3408	-0.6705	1.5156	-0.5783	2.0972	0.1199	-0.0514	0.1618	0.1035	-0.0594	-0.1011	-0.3174	0.1096	-0.0605	0.074	-0.0059	-0.0248	0.0359	-0.0121	0.089	-11.738	51.149	-29.039
55	0.4716	0.3007	-0.1343	0.5584	-0.1567	0.7395	-0.0162	-0.0563	0.0517	0.0035	-0.0066	-0.0834	-0.0891	0.1004	0.0228	0.0266	-0.0115	-0.0164	0.0293	-0.0033	0.0573	-6.521	44.324	-26.731
56	1.4097	-0.0347	0.3845	0.4269	0.0703	0.1265	-0.0459	-0.0383	0.0883	0.0066	0.023	-0.0136	-0.0134	0.0208	0.0229	0.0503	-0.0061	-0.0173	0.1103	0.0031	0.0576	6.434	30.524	-26.468
57	1.0385	-0.6628	0.0287	1.0336	0.1017	0.4519	0.0416	0.0874	0.0874	-0.0222	-0.0751	-0.0741	-0.0284	0.1079	0.0335	0.0354	-0.001	-0.0078	0.0654	0.0145	0.0412	13.243	35.232	-16.312
58	0.9044	0.0413	-0.0006	0.9568	-0.1408	1.472	0.0022	-0.062	0.0595	0.0377	-0.0268	0.03	-0.1077	-0.0136	0.0246	0.0423	0.0102	-0.0173	0.0476	0.0051	0.0509	16.034	31.19	2.025
59	7.1586	0.4713	2.125	4.4384	0.1224	5.1607	-0.0968	-0.4177	0.1298	0.2	-0.0269	-0.2377	-0.1369	0.0857	0.1237	0.0293	0.0029	-0.0408	0.0453	-0.0231	0.0842	27.045	33.843	7.783
60	3.7797	1.015	-0.2698	0.9209	-0.44	1.3518	-0.0502	-0.1804	-0.0123	0.0752	0.0255	0.0401	0.038	-0.0522	0.0246	0.0506	0.01	-0.0095	0.0575	0.0053	0.0338	15.619	25.447	9.763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	124 - 180
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	181 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	190 - 216
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	217 - 263
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	264 - 290
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	291 - 353
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	354 - 402
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	403 - 426
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	427 - 483
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	484 - 506
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	507 - 542
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	543 - 555
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	556 - 610
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	611 - 621
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	622 - 666
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	6 - 23
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	24 - 38
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	39 - 85
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	86 - 106
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	107 - 112
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	113 - 180
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	181 - 189
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	190 - 217
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	218 - 284
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	285 - 317
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	318 - 400
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	401 - 407
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	408 - 423
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	424 - 483
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	484 - 506
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	507 - 513
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	514 - 542
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	543 - 549
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	550 - 613
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	614 - 666
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	6 - 50
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	51 - 62
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	63 - 83
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	84 - 110
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	111 - 121
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	122 - 180
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	181 - 189
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	190 - 263
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	264 - 288
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	289 - 339
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	340 - 399
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	400 - 408
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	409 - 478
54	X-RAY DIFFRACTION	54	C	479 - 497
55	X-RAY DIFFRACTION	55	C	498 - 541
56	X-RAY DIFFRACTION	56	C	542 - 561
57	X-RAY DIFFRACTION	57	C	562 - 613
58	X-RAY DIFFRACTION	58	C	614 - 641
59	X-RAY DIFFRACTION	59	C	642 - 648
60	X-RAY DIFFRACTION	60	C	649 - 666

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 2284分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-非ポリマー , 5種, 2284分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 2284分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)