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Yorodumi- PDB-5nt1: Complex of influenza A NS1 effector domain with TRIM25 coiled coil -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5nt1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Complex of influenza A NS1 effector domain with TRIM25 coiled coil | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / Viral protein/host protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / Inhibition of IFN-beta / RIG-I binding / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / regulation of viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / suppression of viral release by host / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling ...: / Inhibition of IFN-beta / RIG-I binding / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / regulation of viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / suppression of viral release by host / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / host-mediated suppression of symbiont invasion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to vitamin D / TRAF6 mediated IRF7 activation / RIPK1-mediated regulated necrosis / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / ligase activity / RSV-host interactions / TRAF6 mediated NF-kB activation / viral release from host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Viral mRNA Translation / protein monoubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein K48-linked ubiquitination / ERAD pathway / antiviral innate immune response / cellular response to leukemia inhibitory factor / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / RING-type E3 ubiquitin transferase / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / response to estrogen / Interferon gamma signaling / cytoplasmic stress granule / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / Ovarian tumor domain proteases / regulation of protein localization / response to oxidative stress / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear body / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / cadherin binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / innate immune response / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() Influenza A virus | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.82 Å | ||||||
Authors | Koliopoulos, M.G. / Rittinger, K. | ||||||
| Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018Title: Molecular mechanism of influenza A NS1-mediated TRIM25 recognition and inhibition. Authors: Koliopoulos, M.G. / Lethier, M. / van der Veen, A.G. / Haubrich, K. / Hennig, J. / Kowalinski, E. / Stevens, R.V. / Martin, S.R. / Reis E Sousa, C. / Cusack, S. / Rittinger, K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5nt1.cif.gz | 369.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5nt1.ent.gz | 306.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5nt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5nt1_validation.pdf.gz | 471.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5nt1_full_validation.pdf.gz | 480 KB | Display | |
| Data in XML | 5nt1_validation.xml.gz | 30.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5nt1_validation.cif.gz | 40.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5nt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5nt1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5nt2C ![]() 6flmC ![]() 6flnC ![]() 4ltbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 22011.930 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TRIM25, EFP, RNF147, ZNF147 / Production host: ![]() References: UniProt: Q14258, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases), RING-type E3 ubiquitin transferase #2: Protein | Mass: 17084.688 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1)Strain: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / Gene: NS / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.62 Å3/Da / Density % sol: 73.36 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Tris pH 8.5 25 % PEG 600 200 mM sodium citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.82→48.68 Å / Num. obs: 52603 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.82→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3878 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4LTB Resolution: 2.82→48.685 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.49 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.82→48.685 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
Influenza A virus
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items
Citation








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