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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x9h | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MYOSIN-2 MOTOR DOMAIN IN COMPLEX WITH ADP- METAVANADATE AND PENTACHLOROCARBAZOLE | ||||||
![]() | MYOSIN-2 HEAVY CHAIN | ||||||
![]() | CONTRACTILE PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / MOTOR PROTEIN / ACTIN-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / response to differentiation-inducing factor 1 / hypotonic response / uropod / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / actin-myosin filament sliding / detection of mechanical stimulus / apical cortex / negative regulation of actin filament polymerization / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / myosin filament / filopodium assembly / early phagosome / cortical actin cytoskeleton organization / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton / microfilament motor activity / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / 14-3-3 protein binding / response to cAMP / extracellular matrix / muscle contraction / cell motility / response to hydrogen peroxide / protein localization / chemotaxis / actin filament binding / cell cortex / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Selvadurai, J. / Kirst, J. / Knoelker, H.J. / Manstein, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Myosin-2 Motor Domain in Complex with Adp-Metavanadate and Pentachlorocarbazole 著者: Fedrov, R. / Boehl, M. / Tsiavaliaris, G. / Hartmann, F.K. / Baruch, P. / Brenner, B. / Martin, R. / Knoelker, H.J. / Gutzeit, H.O. / Manstein, D.J. #1: ![]() タイトル: The Mechanism of Pentabromopseudilin Inhibition of Myosin Motor Activity. 著者: Fedorov, R. / Bohl, M. / Tsiavaliaris, G. / Hartmann, F.K. / Taft, M.H. / Baruch, P. / Brenner, B. / Martin, R. / Knolker, H. / Gutzeit, H.O. / Manstein, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 991.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1006.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2jhrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78941.242 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN MOTOR DOMAIN, RESIDUES 2-696 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AX3 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08799, EC: 3.6.4.1 |
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#2: 化合物 | ChemComp-AD9 / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-KI9 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | ADP METAVANADA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: 50 MM TRIS-HCL PH 7.4, 140 MM NACL, 9% W/V PEG8000, 2% (V/V) MPD, 5 MM MGCL2, 5 MM DTT, 1 MM EGTA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月24日 詳細: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR AND TOROIDAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→19.77 Å / Num. obs: 26158 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.4 / Net I/σ(I): 2.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.769 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2JHR 解像度: 2.7→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.373 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUES 202-207 ARE DISORDERED. DISORDERED REGIONS COULD NOT BE MODELED DUE TO POOR DENSITY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.946 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.77 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
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