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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x4y | ||||||
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タイトル | Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / ZINC-FINGER / CHROMATIN REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION / NUCLEOSOME | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vezzoli, A. / Bonadies, N. / Allen, M.D. / Freund, S.M.V. / Santiveri, C.M. / Kvinlaug, B. / Huntly, B.J.P. / Gottgens, B. / Bycroft, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Basis of Histone H3K36Me3 Recognition by the Pwwp Domain of Brpf1. 著者: Vezzoli, A. / Bonadies, N. / Allen, M.D. / Freund, S.M.V. / Santiveri, C.M. / Kvinlaug, B. / Huntly, B.J.P. / Gottgens, B. / Bycroft, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 251.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 566.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 584.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
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集合体
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15249.579 Da / 分子数: 8 / 断片: BRPF1 PWWP DOMAIN, RESIDUES 1076-1205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2330.777 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 23-43 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRIMETHYLATED AT POSITION 36 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | LYSINE 36 IS TRIMETHYLA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→48.85 Å / Num. obs: 1418928 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 23.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.898 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.771 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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