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Yorodumi- PDB-4qn8: The crystal structure of an effector protein VipE from Legionella... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qn8 | ||||||
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Title | The crystal structure of an effector protein VipE from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 | ||||||
Components | VipE | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | BETA-MERCAPTOETHANOL / VipE Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.751 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Liu, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of an effector protein VipE from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 Authors: Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Liu, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qn8.cif.gz | 196.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qn8.ent.gz | 168.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qn8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4qn8_validation.pdf.gz | 316.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4qn8_full_validation.pdf.gz | 316.8 KB | Display | |
Data in XML | 4qn8_validation.xml.gz | 22.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qn8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. The protein is predicted to be monomeric. |
-Components
#1: Protein | Mass: 17548.945 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1-153 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / Gene: lpg2813, vipE / Plasmid: p15TvLic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / References: UniProt: Q5ZRR7 #2: Chemical | ChemComp-BME / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M Bis-Tris, 1.5M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→30.5 Å / Num. all: 48733 / Num. obs: 48733 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 24.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.751→30.434 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.751→30.434 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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