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- PDB-5zob: Crystal structure of Zika NS3 protease with 4-guanidinomethyl-phe... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zob | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Zika NS3 protease with 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide | ||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Viral protease / Serine protease / non-structural protein 3 / Zika protease / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Phoo, W.W. / Wirawan, M. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures of Zika virus NS2B-NS3 protease in complex with peptidomimetic inhibitors. Authors: Phoo, W.W. / Zhang, Z. / Wirawan, M. / Chew, E.J.C. / Chew, A.B.L. / Kouretova, J. / Steinmetzer, T. / Luo, D. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 31.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5zmqC ![]() 5zmsC ![]() 5gpiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 5865.384 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase #2: Protein | Mass: 19037.592 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein/peptide | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 3, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→42.97 Å / Num. obs: 87405 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4443 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.376 / Rrim(I) all: 0.862 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5GPI Resolution: 2→42.721 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 45.72
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→42.721 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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