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- PDB-2x44: Structure of a strand-swapped dimeric form of CTLA-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x44
タイトルStructure of a strand-swapped dimeric form of CTLA-4
要素CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / AMYLOIDOGENIC / SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / immune response / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sonnen, A.F.-P. / Yu, C. / Evans, E.J. / Stuart, D.I. / Davis, S.J. / Gilbert, R.J.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Domain Metastability: A Molecular Basis for Immunoglobulin Deposition?
著者: Sonnen, A.F. / Yu, C. / Evans, E.J. / Stuart, D.I. / Davis, S.J. / Gilbert, R.J.C.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0921
ポリマ－14,0921
非ポリマー00
水90150
1
D: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4

D: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1842
ポリマ－28,1842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area4780 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.951, 42.951, 140.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細THE STRUCTURE IS A DOMAIN SWAPPED DIMER OF CTLA-4 WHICH CAN BE DERIVED BY APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY.

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要素

#1: タンパク質 CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4 / CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4 / CTLA-4 / CD152 / CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE ANTIGEN 4


分子量: 14092.069 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 36-161 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD
解説: CDNA GENERATED DIRECTLY FROM JURKAT CELLS, CLONED AND MUTATED CYS122SER.
Cell: T-LYMPHOCYTE / 細胞株: JURKAT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16410
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 157 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.02 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 22 % W/V POLYACRYLIC ACID 5100 SODIUM SALT, 0.4 M NDSB-256 (OR 6 % 1,6-DIAMINOHEXANE).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→18.6 Å / Num. obs: 4289 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 58.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 45.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0047精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I81

1i81


解像度: 2.6→18.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 26.265 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.783 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24501 189 4.2 %RANDOM
Rwork0.19157 ---
obs0.19385 4289 89.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å2-0.65 Å20 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→18.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数906 0 0 50 956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0241.9751270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.0051482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5625122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69124.85735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.25715154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.121154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1423606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8773247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2543982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.674326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.466288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 11 -
Rwork0.243 226 -
obs--64.4 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.321 Å / Origin y: -3.442 Å / Origin z: 15.709 Å
111213212223313233
T0.2528 Å2-0.0337 Å20.0303 Å2-0.372 Å2-0.0013 Å2--0.2383 Å2
L4.2456 °22.0074 °2-3.8904 °2-1.0956 °2-1.8989 °2--3.5972 °2
S-0.0304 Å °-0.5276 Å °-0.1545 Å °-0.0754 Å °-0.0998 Å °-0.0647 Å °0.0625 Å °0.3922 Å °0.1301 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D0 - 120
2X-RAY DIFFRACTION1D2001 - 2050

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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