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- PDB-6gut: CRYSTAL STRUCTURE OF NON-TYPEABLE HAEMOPHILUS INFLUENZAE PROTEIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gut
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NON-TYPEABLE HAEMOPHILUS INFLUENZAE PROTEIN E AND PILA EXPRESSED AS A SINGLE-CHAIN CHIMERIC PROTEIN
要素23S rRNA pseudouridine synthase D,PilA
キーワードCELL ADHESION / BACTERIAL PROTEIN / SURFACE ADHESIN / PROT-E / PILA / SURFACE LIPOPROTEIN. / ADHESIN / PILIN / TYPE IV PILUS
機能・相同性
機能・相同性情報


Surface-adhesin protein E-like / Surface-adhesin protein E / Surface-adhesin protein E / Surface-adhesin protein E / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / Lipocalin ...Surface-adhesin protein E-like / Surface-adhesin protein E / Surface-adhesin protein E / Surface-adhesin protein E / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 23S rRNA pseudouridine synthase D / PilA
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Somers, D.
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2019
タイトル: Design and Characterization of Protein E-PilA, a Candidate Fusion Antigen for Nontypeable Haemophilus influenzae Vaccine.
著者: Blais, N. / Somers, D. / Faubert, D. / Labbe, S. / Castado, C. / Ysebaert, C. / Gagnon, L.P. / Champagne, J. / Gagne, M. / Martin, D.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA pseudouridine synthase D,PilA
B: 23S rRNA pseudouridine synthase D,PilA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,25611
ポリマ－57,5062
非ポリマー7509
水11,313628
1
A: 23S rRNA pseudouridine synthase D,PilA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0004
ポリマ－28,7531
非ポリマー2473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 23S rRNA pseudouridine synthase D,PilA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2567
ポリマ－28,7531
非ポリマー5026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.618, 83.458, 59.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-667-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 23S rRNA pseudouridine synthase D,PilA


分子量: 28753.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: rluD, CGSHi22121_05660, pilA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4MX90, UniProt: Q5D8E3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG4000, AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→47.244 Å / Num. obs: 75506 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.57 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.062 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.63-1.693.30.5431.473860.3510.6490.54399.4
1.69-1.753.50.3981.971240.2490.470.39899.7
1.75-1.823.50.2742.868670.1730.3250.27499.7
1.82-1.93.40.189466510.120.2250.18999.6
1.9-23.20.1345.562210.0880.1610.13499.4
2-2.13.50.1076.960490.0660.1260.10799.8
2.1-2.233.50.0878.356710.0540.1030.08799.7
2.23-2.393.40.0759.353680.0470.0890.07599.6
2.39-2.583.20.06610.349400.0430.0790.06699.4
2.58-2.823.50.0611.145980.0380.0710.0699.7
2.82-3.163.40.05611.741230.0350.0660.05699.6
3.16-3.643.10.05112.236540.0330.0610.05198.4
3.64-4.463.40.04912.630940.030.0570.04999.6
4.46-6.313.40.04712.124110.0290.0560.04799.6
6.31-47.2443.30.04611.713490.0290.0550.04698.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMarch 15th 2012データ削減
XSCALEMarch 15th 2012データスケーリング
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE

解像度: 1.63→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.728 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0832 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 3797 5 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.179 71708 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.24 Å2 / Biso mean: 24.587 Å2 / Biso min: 12.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3643 0 43 628 4314
Biso mean--50.96 40.04 -
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.9555152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8463.0045973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4385477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57825.031161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.62715604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0421514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02730
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 276 -
Rwork0.318 5117 -
all-5393 -
obs--99.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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