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- PDB-2vmd: Structure of the complex of discoidin II from Dictyostelium disco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vmd
タイトルStructure of the complex of discoidin II from Dictyostelium discoideum with beta-methyl-galactose
要素DISCOIDIN-2
キーワードCELL ADHESION / DDR / LECTIN / AGGREGATION
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase-activating G protein-coupled cAMP receptor signaling pathway / spore wall / N-acetylgalactosamine binding / protein complex involved in cell adhesion / galactoside binding / oligosaccharide binding / polysaccharide binding / phagocytic vesicle / cytoskeleton organization / extracellular matrix ...adenylate cyclase-activating G protein-coupled cAMP receptor signaling pathway / spore wall / N-acetylgalactosamine binding / protein complex involved in cell adhesion / galactoside binding / oligosaccharide binding / polysaccharide binding / phagocytic vesicle / cytoskeleton organization / extracellular matrix / response to bacterium / cell-cell adhesion / carbohydrate binding / vesicle / cell adhesion / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #2080 / H-type lectin domain / H-type lectin domain superfamily / H-type lectin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain ...: / Immunoglobulin-like - #2080 / H-type lectin domain / H-type lectin domain superfamily / H-type lectin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / methyl beta-D-galactopyranoside / Discoidin-2
類似検索 - 構成要素
生物種DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Aragao, K.S. / Satre, M. / Imberty, A. / Varrot, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure Determination of Discoidin II from Dictyostelium Discoideum and Carbohydrate Binding Properties of the Lectin Domain.
著者: Aragao, K.S. / Satre, M. / Imberty, A. / Varrot, A.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DISCOIDIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4427
ポリマ－28,6061
非ポリマー8366
水4,107228
1
A: DISCOIDIN-2
ヘテロ分子

A: DISCOIDIN-2
ヘテロ分子

A: DISCOIDIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,32621
ポリマ－85,8173
非ポリマー2,50918
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area16140 Å2
ΔGint-29.7 kcal/mol
Surface area27420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.140, 81.140, 259.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-499-

CL

21A-2006-

HOH

31A-2013-

HOH

41A-2014-

HOH

51A-2015-

HOH

61A-2080-

HOH

71A-2200-

HOH

81A-2216-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 DISCOIDIN-2 / DISCOIDIN II


分子量: 28605.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: AX2 / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: P42530
#4: 糖 ChemComp-MBG / methyl beta-D-galactopyranoside / METHYL-BETA-GALACTOSE / methyl beta-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside / メチルβ-D-ガラクトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGalp[1Me]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-methyl-galactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 233分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY) -ETHANOL (1PG):

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 25 % PEG550 MME, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.7 Å / Num. obs: 26194 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 4.06 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VM9

2vm9


解像度: 1.9→36.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.276 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-5 ARE DISORDERED.DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1326 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.181 24868 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20.79 Å20 Å2
2--1.58 Å20 Å2
3----2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 37 228 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212075
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.9252814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4265253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85624.51102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82715327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3191511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.51274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46522040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3613895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4834.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.327 94
Rwork0.257 1745

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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