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万見
- PDB-2x39: Structure of 4-Amino-N-(4-chlorobenzyl)-1-(7H-pyrrolo(2,3-d)pyrim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x39
タイトルStructure of 4-Amino-N-(4-chlorobenzyl)-1-(7H-pyrrolo(2,3-d)pyrimidin- 4-yl)piperidine-4-carboxamide bound to PKB
要素
  • GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
  • RAC-BETA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / WNT SIGNALING PATHWAY / KINASE / PHOSPHOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / positive regulation of cap-dependent translational initiation / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Negative regulation of the PI3K/AKT network / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus ...retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / positive regulation of cap-dependent translational initiation / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Negative regulation of the PI3K/AKT network / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus / neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / mammary gland epithelial cell differentiation / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / positive regulation of glucose metabolic process / CRMPs in Sema3A signaling / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / heart valve development / tau-protein kinase / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / peripheral nervous system myelin maintenance / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / glycogen biosynthetic process / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / regulation of long-term synaptic potentiation / Wnt signalosome / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / tau-protein kinase activity / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / positive regulation of cell motility / regulation of dendrite morphogenesis / Co-inhibition by CTLA4 / ER overload response / glycogen metabolic process / regulation of neuron projection development / establishment of cell polarity / protein kinase A catalytic subunit binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / fat cell differentiation / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / dynactin binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / positive regulation of protein targeting to membrane / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of osteoblast differentiation / epithelial to mesenchymal transition / canonical Wnt signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of autophagy / FLT3 Signaling / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission
類似検索 - 分子機能
Protein Kinase B beta, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain ...Protein Kinase B beta, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X39 / RAC-beta serine/threonine-protein kinase / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Davies, T.G. / McHardy, T. / Caldwell, J.J. / Cheung, K.M. / Hunter, L.J. / Taylor, K. / Rowlands, M. / Ruddle, R. / Henley, A. / Brandon, A.D. ...Davies, T.G. / McHardy, T. / Caldwell, J.J. / Cheung, K.M. / Hunter, L.J. / Taylor, K. / Rowlands, M. / Ruddle, R. / Henley, A. / Brandon, A.D. / Valenti, M. / Fazal, L. / Seavers, L. / Raynaud, F.I. / Eccles, S.A. / Aherne, G.W. / Garrett, M.D. / Collins, I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Discovery of 4-Amino-1-(7H-Pyrrolo[2,3-D]Pyrimidin-4-Yl)Piperidine-4-Carboxamides as Selective, Orally Active Inhibitors of Protein Kinase B (Akt).
著者: Mchardy, T. / Caldwell, J.J. / Cheung, K.M. / Hunter, L.J. / Taylor, K. / Rowlands, M. / Ruddle, R. / Henley, A. / De Haven Brandon, A. / Valenti, M. / Davies, T.G. / Fazal, L. / Seavers, L. ...著者: Mchardy, T. / Caldwell, J.J. / Cheung, K.M. / Hunter, L.J. / Taylor, K. / Rowlands, M. / Ruddle, R. / Henley, A. / De Haven Brandon, A. / Valenti, M. / Davies, T.G. / Fazal, L. / Seavers, L. / Raynaud, F.I. / Eccles, S.A. / Aherne, G.W. / Garrett, M.D. / Collins, I.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-BETA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
C: GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3683
ポリマ－40,9842
非ポリマー3851
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.273, 60.518, 132.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RAC-BETA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / RAC-PK-BETA / PROTEIN KINASE AKT-2 / PROTEIN KINASE B\ / BETA / PKB BETA


分子量: 39860.383 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 146-467 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PIFTIDE SEQUENCE (EEQEMFEDFDYIADW) REPLACES NATURAL PKB SEQUENCE AFTER RESIDUE 464C
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P31751, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA / GSK-3 BETA / GSK-3 BETA


分子量: 1123.220 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PEPTIDE DERIVED FROM THE KINASE GSK3-BETA / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-X39 / 4-AMINO-N-(4-CHLOROBENZYL)-1-(7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-4-YL)PIPERIDINE-4-CARBOXAMIDE


分子量: 384.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21ClN6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CLONE DOES NOT CONTAIN THE FIRST 145 RESIDUES OF THE P31751 SEQUENCE (PH-DOMAIN). RESIDUES GAMDP AT ...CLONE DOES NOT CONTAIN THE FIRST 145 RESIDUES OF THE P31751 SEQUENCE (PH-DOMAIN). RESIDUES GAMDP AT THE START OF THE CLONED SEQUENCE ARE ARTEFACTS FROM A PURIFICATION TAG, HOWEVER THESE ARE NOT VISIBLE IN THE STRUCTURE AND WERE NOT BUILT. THE CLONE CONTAINS THE SEQUENCE EEQEMFEDFDYIADW (PIFTIDE) INSTEAD OF THE P31751 SEQUENCE FROM POSITION 465 ONWARDS. RESIDUES 450 - 466 ARE DISORDERED AND HAVE NOT BEEN BUILT IN THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→55.1 Å / Num. obs: 27266 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 7.896 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1349 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.169 25875 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2670 0 27 246 2943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9613726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8922.9824661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9645.092326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71322.934137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64815.01489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7451522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.353.51625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0013.5661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.63652615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.78251136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.56571111
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 81 -
Rwork0.268 1754 -
obs--89.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3390.1042-0.37930.07660.03831.4663-0.03250.22290.0043-0.0152-0.05480.0286-0.10710.04860.08740.08020.0022-0.0140.1198-0.01460.017340.292637.3913104.1459
20.55290.02540.07690.5179-0.31840.474-0.0621-0.0083-0.021-0.00490.06250.0275-0.01540.0143-0.00040.0369-0.0006-0.00330.0251-0.0070.052938.206729.461124.7469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A146 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2C3 - 12
3X-RAY DIFFRACTION2A232 - 479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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