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- PDB-2wzi: BtGH84 D243N in complex with 5F-oxazoline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wzi
タイトルBtGH84 D243N in complex with 5F-oxazoline
要素O-GLCNACASE BT_4395
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / INHIBITOR / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5FN / O-GlcNAcase BT_4395
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者He, Y. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Visualizing the Reaction Coordinate of an O-Glcnac Hydrolase
著者: He, Y. / Macauley, M.S. / Stubbs, K.A. / Vocadlo, D.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2009年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GLCNACASE BT_4395
B: O-GLCNACASE BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,20313
ポリマ－169,1742
非ポリマー1,02911
水20,1411118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-45.5 kcal/mol
Surface area52890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.380, 93.820, 98.880
Angle α, β, γ (deg.)104.14, 94.06, 103.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE ...BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / GH84 / BTGH84


分子量: 84586.938 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 (バクテリア)
プラスミド: YSBLLICPET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q89ZI2, beta-N-acetylhexosaminidase

-
非ポリマー , 5種, 1129分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-5FN / (3AS,5S,6S,7R,7AR)-5-FLUORO-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]OXAZOLE-6,7-DIOL


分子量: 221.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12FNO5
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 264 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 264 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.6M NH4AC, 10% GLYCEROL, 14% PEG3350, 0.1M MES PH6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→34.33 Å / Num. obs: 132087 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CHO

2cho


解像度: 1.9→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.784 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22349 6621 5 %RANDOM
Rwork0.18409 ---
obs0.18608 124524 96.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å2-0.42 Å2-0.5 Å2
2--0.59 Å2-1.75 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10361 0 64 1118 11543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.95914736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93251297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3224.888536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.549151885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4761551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5631.56489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.949210523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79834375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7074.54210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 490 -
Rwork0.293 9032 -
obs--95.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6128-0.73510.34885.11591.39412.5093-0.0058-0.0811-0.39720.36390.00420.10160.5233-0.11740.00150.1935-0.0379-0.00640.07590.010.1209-25.5834-33.2167-3.322
21.79520.1721-0.32250.9310.21851.4144-0.01230.09570.0427-0.05990.0155-0.0464-0.0631-0.0109-0.00320.06650.0104-0.01870.01640.00980.0268-16.7122-4.1162-1.6982
32.3318-0.8581-0.70312.38860.87581.97210.0077-0.14570.28470.1103-0.13690.1605-0.1583-0.26780.12930.12530.0271-0.03730.13-0.04620.1011-35.5288.219324.813
42.97151.4043-0.27375.06651.41483.21420.0635-0.14280.7851-0.3391-0.2070.3829-0.7483-0.44080.14350.260.10210.02910.1743-0.11330.3251-26.153534.107767.8142
52.06890.25590.73570.93820.3681.57240.0558-0.1905-0.05180.0732-0.0734-0.06420.1142-0.14250.01760.0646-0.01220.02090.02710.01110.0256-16.15425.667965.3989
62.5651.12570.89112.43871.13632.060.05720.019-0.2115-0.0718-0.14780.12450.1633-0.23330.09060.1217-0.02660.03080.1614-0.03320.0604-35.2887-6.55538.9195
78.74892.38631.26444.93510.63763.1872-0.16180.66781.3253-0.34040.11110.0157-0.31870.12830.05070.38280.0094-0.04870.26820.20050.6365-15.256326.875521.2435
811.7318-3.5084-1.41835.73941.50714.9416-0.3041-0.7637-1.49490.52080.29590.18810.60820.28670.00820.38430.0250.0150.31970.17080.6049-15.3175-25.002342.3356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2A129 - 459
3X-RAY DIFFRACTION2A1719
4X-RAY DIFFRACTION3A460 - 593
5X-RAY DIFFRACTION4B2 - 128
6X-RAY DIFFRACTION5B129 - 459
7X-RAY DIFFRACTION5B1721
8X-RAY DIFFRACTION6B460 - 593
9X-RAY DIFFRACTION7A594 - 716
10X-RAY DIFFRACTION8B594 - 716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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