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万見
- PDB-3fh6: Crystal structure of the resting state maltose transporter from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fh6
タイトルCrystal structure of the resting state maltose transporter from E. coli
要素
  • Maltose transport system permease protein malF
  • Maltose transport system permease protein malG
  • Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / maltose transporter / ground state / ABC transporter / membrane protein / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Sugar transport / Transmembrane / Transport / ATP-binding / Hydrolase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / DNA-binding transcription factor binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / MalK OB fold domain ...Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Khare, D. / Oldham, M.L. / Orelle, C. / Davidson, A.L. / Chen, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Alternating access in maltose transporter mediated by rigid-body rotations.
著者: Khare, D. / Oldham, M.L. / Orelle, C. / Davidson, A.L. / Chen, J.
履歴
登録2008年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Maltose transport system permease protein malF
G: Maltose transport system permease protein malG
A: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
B: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
H: Maltose transport system permease protein malF
I: Maltose transport system permease protein malG
C: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
D: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,4178
ポリマ－339,4178
非ポリマー00
水00
1
F: Maltose transport system permease protein malF
G: Maltose transport system permease protein malG
A: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
B: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7084
ポリマ－169,7084
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area62150 Å2
手法PISA
2
H: Maltose transport system permease protein malF
I: Maltose transport system permease protein malG
C: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
D: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7084
ポリマ－169,7084
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10940 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area62150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.097, 209.480, 438.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.88774, 0.08265, 0.45286), (-0.09761, 0.99518, 0.00972), (-0.44987, -0.05283, 0.89153)
ベクター: 24.0031, -64.79521, -0.99527)

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要素

#1: タンパク質 Maltose transport system permease protein malF


分子量: 53093.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b4033, JW3993, malF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02916
#2: タンパク質 Maltose transport system permease protein malG


分子量: 32246.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b4032, JW3992, malG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68183
#3: タンパク質
Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK


分子量: 42184.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b4035, JW3995, malK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68187, EC: 3.6.3.19

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 11.5 % PEG 4000, 0.1M ADA pH 6.5, 0.1 M NaCl, 0.1 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942, 0.9794, 0.9795, 0.9494
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.97941
30.97951
40.94941
反射解像度: 4.5→100 Å / Num. obs: 40160 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.975 / Net I/σ(I): 11.126
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
4.5-4.662.50.78430222.038169.1
4.66-4.852.70.81531581.959172.2
4.85-5.072.80.68132952.001175.1
5.07-5.342.90.59934021.991177.8
5.34-5.673.10.61139252189.5
5.67-6.113.60.57143111.849197.7
6.11-6.723.90.37244101.956199.7
6.72-7.6940.21444252.245199.5
7.69-9.693.90.1144461.914199.3
9.69-1003.80.08643671.83193.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB entries 1Q1B, 1Q1E, 2R6G

1q1b

1q1e

2r6g


解像度: 4.5→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
詳細: The structure was refined with strict NCS restraints applied to the refined molecules F,G,A,B. The molecules H,I,C,D that build the complete asymmetric unit, are the respective NCS-mates
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 2012 4.3 %
Rwork0.34 --
obs-38761 85.2 %
溶媒の処理Bsol: 137.42 Å2
原子変位パラメータBiso max: 521.43 Å2 / Biso mean: 300.466 Å2 / Biso min: 94.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20236 0 0 0 20236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.998
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_between.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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