PDB-2x0h: BtGH84 Michaelis complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x0h

タイトル

BtGH84 Michaelis complex

要素

O-GLCNACASE BT_4395

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / INHIBITOR / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-GlcNAcase / : / : / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

He, Y. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Visualizing the Reaction Coordinate of an O-Glcnac Hydrolase
著者: He, Y. / Macauley, M.S. / Stubbs, K.A. / Vocadlo, D.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2009年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月21日	Group: Database references / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x0h.cif.gz	563.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x0h.ent.gz	465.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x0h_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x0h_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2x0h_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	2x0h_validation.cif.gz	78.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wzhC 2wziC 2choS 2chn 2j47 2j4g 2jiw 2vvn 2vvs 2w4x 2w66 2w67 2wca C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2cho-1 4ais-2 5fky-2 5fky-1 2w66-2 2vvn-1 2xm2-1 2xm1-2 2w66-1 2xm1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: O-GLCNACASE BT_4395

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

171 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.630, 163.147, 224.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE ...BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / GH84 / BTGH84 分子量: 84587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 (バクテリア) プラスミド: YSBLLICPET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q89ZI2, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖	ChemComp-14T / 3,4-difluorophenyl 2-deoxy-2-[(difluoroacetyl)amino]-beta-D-glucopyranoside / 3,4-difluorophenyl 2-deoxy-2-[(difluoroacetyl)amino]-beta-D-glucoside / 3,4-difluorophenyl 2-deoxy-2-[(difluoroacetyl)amino]-D-glucoside / 3,4-difluorophenyl 2-deoxy-2-[(difluoroacetyl)amino]-glucoside タイプ: D-saccharide / 分子量: 369.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₁₅F₄NO₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.41 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1M IMIDAZOLE PH 8.0, 10% PEG8000 (W/V), 3% TRIMETHYLAMINE N-OXIDE DIHYDRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 95890 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 23.4
反射シェル	解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CHO

2cho

解像度: 2.21→48.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 11.07 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22589	4772	5 %	RANDOM
R_work	0.1942	-	-	-
obs	0.19581	90965	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→48.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10354	0	87	733	11174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	10858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.96	14717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.063	5	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.887	24.776	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.048	15	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.53	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.676	1.5	6454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.207	2	10461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.225	3	4404
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.393	4.5	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.209→2.266 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	342	-
R_work	0.244	6657	-
obs	-	-	99.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4556	-0.9708	1.0234	3.8998	-1.0845	4.1593	-0.1554	0.6095	0.6079	-0.5641	0.1282	-0.2029	-0.6789	0.5716	0.0272	0.3693	-0.1679	0.0485	0.3931	0.0503	0.2319	8.3451	54.3019	-2.8046
2	1.9982	0.3596	0.6019	0.9438	0.5809	2.0337	0.0007	0.0282	-0.1228	0.0411	0.0681	0.0011	0.1898	0.0788	-0.0688	0.1152	0.0382	0.0112	0.0637	-0.0444	0.1107	-1.4849	34.7964	18.0011
3	2.2686	-0.0552	1.0712	1.0875	-0.1359	3.405	-0.0093	-0.0977	-0.1378	0.2309	0.0852	-0.0888	0.0923	0.6812	-0.076	0.1929	0.0794	0.0111	0.3023	-0.1126	0.1547	17.8555	44.0694	46.1043
4	2.4524	0.4192	-0.5649	3.0004	-2.0224	4.925	-0.0336	-0.2854	-0.3659	0.0802	-0.012	-0.1388	0.5129	0.1483	0.0456	0.199	0.0157	-0.0231	0.1271	0.0254	0.1504	8.4834	53.3418	95.0824
5	2.2745	-0.2583	-0.1111	0.9528	0.339	1.7829	-0.0533	-0.017	0.2204	-0.0171	0.0561	0.0679	-0.2018	-0.0173	-0.0027	0.1428	-0.0329	-0.0228	0.0158	0.0027	0.1323	-1.202	73.9298	74.1564
6	2.1564	-0.1051	-0.6908	1.6929	0.1239	3.5703	-0.0773	0.3692	0.0935	-0.3102	0.2018	-0.1467	-0.199	0.6263	-0.1245	0.2127	-0.1317	-0.012	0.2901	-0.0677	0.1316	17.8452	64.5431	46.3847
7	6.2506	-1.1245	-1.69	5.0442	-0.4204	5.8526	-0.1936	-0.4631	-0.5776	0.1588	0.1502	0.2737	0.7065	-0.174	0.0434	0.5398	0.1075	0.0992	0.1782	0.0844	0.4839	-2.6977	28.1034	55.8577
8	10.9073	-0.2994	0.125	7.4816	-1.8792	6.6925	-0.1209	0.6357	0.6549	0.3109	0.2104	0.3658	-0.8494	-0.4779	-0.0894	0.8004	-0.0538	-0.0133	0.3315	0.1091	0.4406	-2.0399	79.2771	33.7322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	129 - 459
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1000
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	460 - 593
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1716
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	129 - 459
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1000
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	460 - 593
10	X-RAY DIFFRACTION	7	A	594 - 716
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	594 - 716

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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