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- PDB-2wze: High resolution crystallographic structure of the Clostridium the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wze
タイトルHigh resolution crystallographic structure of the Clostridium thermocellum N-terminal endo-1,4-beta-D-xylanase 10B (Xyn10B) CBM22-1- GH10 modules complexed with xylohexaose
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
キーワードHYDROLASE / XYLAN DEGRADATION / CELLULOSOME / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulosome / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain ...Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylotriose / PHOSPHATE ION / Endo-1,4-beta-xylanase Y
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Najmudin, S. / Pinheiro, B.A. / Romao, M.J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Putting an N-Terminal End to the Clostridium Thermocellum Xylanase Xyn10B Story: Crystal Structure of the Cbm22-1-Gh10 Modules Complexed with Xylohexaose.
著者: Najmudin, S. / Pinheiro, B.A. / Prates, J.A.M. / Gilbert, H.J. / Romao, M.J. / Fontes, C.M.G.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Purification, Crystallization and Crystallographic Analysis of Clostridium Thermocellum Endo-1,4-Beta- D-Xylanase 10B in Complex with Xylohexaose.
著者: Najmudin, S. / Pinheiro, B.A. / Romao, M.J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A.
履歴
登録2009年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,52020
ポリマ－121,3172
非ポリマー2,20418
水16,826934
1
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,76010
ポリマ－60,6581
非ポリマー1,1029
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,76010
ポリマ－60,6581
非ポリマー1,1029
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.037, 173.037, 136.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2130-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y / XYLANASE Y / 1\ / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE Y / XYLY / ENDO-1\ / 4-BETA-D-XYLANASE 10B


分子量: 60658.254 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM22-1, GH10, RESIDUES 33-551 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2 XYLOHEXAOSES (BUT ONLY 3 OF THE 6 XYLOSE RINGS CAN BE SEEN IN THE ELECTRON DENSITY), 2 PHOSPHATE, 2 CALCIUM IONS AND 12 GLYCEROL MOLECULES.
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
株: YS / プラスミド: PGEM T-EASY AND PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): METHIONINE AUXOTROPH B834(DE3) / 参照: UniProt: P51584, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 950分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 934 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 337 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 337 TO ALA
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細PHOSPHATE ION (PO4): FROM CRYSTALLIZATION BUFFER GLYCEROL (GOL): FROM CRYOPROTECTANT CALCIUM ION ...PHOSPHATE ION (PO4): FROM CRYSTALLIZATION BUFFER GLYCEROL (GOL): FROM CRYOPROTECTANT CALCIUM ION (CA): FROM STORAGE BUFFER OF WATER AND 2MM CACL2 CELLOHEXAOSE (XYP): ONLY THREE OF THE XYP UNITS OF THE XYLOHEXAOSE ARE DEFINED.
配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE OF THE CONSTRUCT CORRESPONDS TO AMINO ACID RESIDUES 32 TO 551 WITH THE E337A ...THE PROTEIN SEQUENCE OF THE CONSTRUCT CORRESPONDS TO AMINO ACID RESIDUES 32 TO 551 WITH THE E337A MUTATION AND AN ADDITIONAL TWENTY AMINO ACID RESIDUES AT THE N-TERMINUS, MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH. LINKER REGION BETWEEN AMINO ACID RESIDUES A182 TO A188 AND B182 AND B185 ARE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M NA CITRATE, PH 5.6, 1.0M (NH4)H2PO4 AT 292 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→101.1 Å / Num. obs: 81445 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 61.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXSOLVE RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→101.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 10.734 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1892 4129 5.1 %RANDOM
Rwork0.14677 ---
obs0.1489 77275 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å2-0.71 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→101.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8086 0 140 934 9160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0228474
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0191.93611512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.42451052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16825.37432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.902151347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2181534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0141.55139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90628280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37433335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0984.53218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 309 -
Rwork0.298 5655 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.67512.6129-0.65644.78651.80312.74370.5238-1.21120.0069-0.4089-0.88380.5053-0.7053-0.26510.35990.83430.2978-0.26280.31120.04240.5832115.842966.883927.3428
21.9068-0.2731-0.09692.04670.37963.8899-0.0893-0.0989-0.36360.0875-0.08520.8865-0.5322-0.60760.17440.33760.251-0.13770.16910.03690.7592109.802660.899720.3052
32.8297-0.04750.38311.8274-2.36387.9556-0.4701-0.8164-0.49430.3070.24340.943-0.4742-1.2910.22670.18420.30620.20270.4076-0.01840.9997101.858561.230728.5509
44.4059-0.3031-2.21921.5787-0.65989.5859-0.4507-0.5428-0.50360.4796-0.1260.4062-0.963-0.05570.57670.33880.18610.02240.11810.09370.886111.479161.436329.0916
51.236-0.2520.361.5996-0.25741.4057-0.02320.2020.0727-0.3105-0.05050.1958-0.10180.01080.07370.26340.0398-0.05960.19730.07690.3037130.634145.227613.8641
61.0290.06160.30371.5278-0.24781.4373-0.0460.06530.22730.0596-0.0474-0.1326-0.25250.13210.09340.2164-0.0082-0.03620.19890.06620.3295144.375546.150928.7341
72.2121-0.3112-2.60393.0115-1.61316.07450.14230.59060.2452-0.53010.20460.39860.5893-1.2455-0.34680.1858-0.16860.04180.41190.09640.485797.818515.742435.4772
83.1911-0.4945-1.50162.31480.00854.31440.35780.01630.5588-0.00910.23690.0497-0.2724-0.5832-0.59470.0567-0.03710.14880.31120.07980.609697.068524.760742.0869
98.7145-0.6249-7.3292.21270.04279.90261.25421.11021.2632-0.47340.0685-0.0525-0.9994-1.6153-1.32270.17240.2230.28580.54910.52810.637391.103429.206733.2223
104.2643-1.2865-2.46422.6817-0.01746.04770.2098-0.00120.2842-0.24560.1011-0.64740.65370.4842-0.31090.25370.05940.13060.36660.02030.7692110.196817.667132.6222
111.06280.1233-0.0960.79960.1951.1120.0666-0.15740.05540.1072-0.10810.07290.0688-0.04760.04150.1962-0.03690.02310.1953-0.01480.2941127.811722.393546.8815
121.62620.309-0.77944.4134-0.40731.68950.02910.0019-0.065-0.0877-0.05350.17330.2959-0.27640.02440.2609-0.0226-0.0120.1936-0.04930.2775126.77686.358327.1659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3A97 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4A152 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5A189 - 414
6X-RAY DIFFRACTION6A415 - 551
7X-RAY DIFFRACTION7B32 - 48
8X-RAY DIFFRACTION8B49 - 96
9X-RAY DIFFRACTION9B97 - 151
10X-RAY DIFFRACTION10B152 - 181
11X-RAY DIFFRACTION11B186 - 523
12X-RAY DIFFRACTION12B524 - 551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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