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- PDB-2wxy: Crystal structure of mouse angiotensinogen in the reduced form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wxy
タイトルCrystal structure of mouse angiotensinogen in the reduced form
要素ANGIOTENSINOGEN
キーワードHORMONE / GLYCOPROTEIN / HYPERTENSION / VASOCONSTRICTOR / RENIN / SERPINS / VASOACTIVE / ANGIOTENSIN
機能・相同性
機能・相同性情報


renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of tissue remodeling / uterine smooth muscle contraction / positive regulation of L-lysine import across plasma membrane / establishment of blood-nerve barrier / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system ...renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of tissue remodeling / uterine smooth muscle contraction / positive regulation of L-lysine import across plasma membrane / establishment of blood-nerve barrier / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / ovarian follicle rupture / regulation of transmission of nerve impulse / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / : / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / vasopressin secretion / Peptide ligand-binding receptors / cell growth involved in cardiac muscle cell development / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / operant conditioning / G alpha (q) signalling events / vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of renal output by angiotensin / regulation of norepinephrine secretion / artery smooth muscle contraction / G alpha (i) signalling events / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / drinking behavior / peristalsis / positive regulation of organ growth / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of blood pressure / positive regulation of multicellular organism growth / vasoconstriction / intracellular sodium ion homeostasis / hormone metabolic process / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / organ growth / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / blood vessel development / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / associative learning / regulation of calcium ion transport / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to salt stress / ERK1 and ERK2 cascade / regulation of heart rate / response to cold / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / cell-matrix adhesion / positive regulation of superoxide anion generation / kidney development / positive regulation of cytokine production / astrocyte activation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / hormone activity / negative regulation of cell growth / regulation of blood pressure / positive regulation of neuron projection development / vasodilation / protein import into nucleus / MAPK cascade / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / regulation of gene expression / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhou, A. / Wei, Z. / Carrell, R.W. / Read, R.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: A Redox Switch in Angiotensinogen Modulates Angiotensin Release.
著者: Zhou, A. / Carrell, R.W. / Murphy, M.P. / Wei, Z. / Yan, Y. / Stanley, P.L. / Stein, P.E. / Pipkin, F.B. / Read, R.J.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ANGIOTENSINOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,00810
ポリマ－49,6061
非ポリマー4029
水2,666148
1
C: ANGIOTENSINOGEN
ヘテロ分子

C: ANGIOTENSINOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,01720
ポリマ－99,2122
非ポリマー80518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area3470 Å2
ΔGint-61.1 kcal/mol
Surface area36970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.794, 64.794, 463.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 ANGIOTENSINOGEN / SERPIN A8


分子量: 49606.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PSUMO3-MANGT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11859
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.25 / 詳細: 1.6-2.0M NA2HPO4, PH4.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 32476 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0099精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 10.293 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24215 1644 5.1 %RANDOM
Rwork0.21877 ---
obs0.21996 30701 91.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20.33 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 24 148 3428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.9764578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84835539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1685422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45924.589146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84815551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3221517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.52104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1181.5839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11823412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47531262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3724.51162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 81 -
Rwork0.303 1458 -
obs--60.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.0315-0.77162.00356.9467-2.794510.4752-0.301-0.11961.2489-0.19070.2228-0.3952-1.34080.26220.07830.2741-0.0007-0.0480.49970.11670.575930.8757-9.0411-15.6043
20.9834-0.14770.23181.7644-1.44441.76820.03290.075-0.0631-0.0835-0.0074-0.08760.0301-0.1483-0.02550.0540.05620.04290.24360.11740.088712.8724-23.9322-15.6663
30.85030.81880.00342.2083-1.59182.16420.03940.1136-0.242-0.1829-0.0412-0.26440.1946-0.15810.00180.17320.07110.02160.43390.15150.280716.7836-37.0724-6.3608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2C28 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3C417 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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