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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j0g | ||||||
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Title | Tannin acyl hydrolase (mercury derivative) | ||||||
![]() | Tannase | ||||||
![]() | HYDROLASE / tannin / hydrolysis | ||||||
Function / homology | ![]() : / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum. Authors: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 352 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 288 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 464 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 483.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4j0cC ![]() 4j0dC ![]() 4j0hC ![]() 4j0iC ![]() 4j0jC ![]() 4j0kC ![]() 4juiC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50822.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HG / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-1PE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Highest resolution: 2.5 Å / Num. obs: 25246 / % possible obs: 97.3 % / Biso Wilson estimate: 20.76 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 97.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.55 Å2 / Biso mean: 22.5707 Å2 / Biso min: 0 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→19.768 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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