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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jui | ||||||
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Title | crystal structure of tannase from from Lactobacillus plantarum | ||||||
![]() | Tannase | ||||||
![]() | HYDROLASE / gallate / hydrolysis / tannins | ||||||
Function / homology | ![]() : / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum. Authors: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 305.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 246.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 480 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 493.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 47.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 72.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4j0cC ![]() 4j0dC ![]() 4j0gC ![]() 4j0hC ![]() 4j0iC ![]() 4j0jC ![]() 4j0kC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 50806.883 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S163A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1145 molecules ![](data/chem/img/EGR.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 Details: 20% (w/v) PEG 3000, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 281K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→65 Å / Num. all: 99532 / Num. obs: 90575 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 23.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 83.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 154.33 Å2 / Biso mean: 20.8356 Å2 / Biso min: 3.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→19.523 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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