[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4j0j: Tannin acyl hydrolase in complex with ethyl 3,5-dihydroxybenzoate -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j0j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Tannin acyl hydrolase in complex with ethyl 3,5-dihydroxybenzoate | ||||||
Components | Tannase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / tannin / hydrolysis | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Lactobacillus plantarum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum. Authors: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4j0j.cif.gz | 373 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4j0j.ent.gz | 306.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4j0j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4j0j_validation.pdf.gz | 457.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4j0j_full_validation.pdf.gz | 466.7 KB | Display | |
Data in XML | 4j0j_validation.xml.gz | 38.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4j0j_validation.cif.gz | 56.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0j | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4j0cC 4j0dC 4j0gC 4j0hC 4j0iC 4j0kC 4juiC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 53294.539 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus plantarum (bacteria) / Gene: tanLpl / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B3Y018 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.5 % / Description: STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL'S PAIRS |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Highest resolution: 2 Å / Num. obs: 113748 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2→19.691 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.8348 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.22 / Phase error: 23.79 / Stereochemistry target values: ML Details: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.668 Å2 / ksol: 0.426 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.74 Å2 / Biso mean: 33.1991 Å2 / Biso min: 11.77 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→19.691 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|