PDB-2wln: POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wln

タイトル

POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM

要素

POTASSIUM CHANNEL

キーワード

METAL TRANSPORT / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT / TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.44 Å

データ登録者

Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels.
著者: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.

履歴

登録	2009年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月27日	Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2013年4月17日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wln.cif.gz	911.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wln.ent.gz	772.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wln_validation.pdf.gz	515.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wln_full_validation.pdf.gz	660.8 KB	表示
XML形式データ	2wln_validation.xml.gz	98.6 KB	表示
CIF形式データ	2wln_validation.cif.gz	122.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wlhC 2wliC 2wljC 2wlkC 2wllC 2wlmC 2wloC 2x6aC 2x6bC 2x6cC 1xl4S 1xl6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wlh-1 1xl4-1 4lp8-1 2x6b-1 6o9v-1 2wlm-d 2g2i-3 2wlj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: POTASSIUM CHANNEL

B: POTASSIUM CHANNEL

C: POTASSIUM CHANNEL

D: POTASSIUM CHANNEL

E: POTASSIUM CHANNEL

F: POTASSIUM CHANNEL

G: POTASSIUM CHANNEL

H: POTASSIUM CHANNEL

ヘテロ分子

270 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POTASSIUM CHANNEL

B: POTASSIUM CHANNEL

C: POTASSIUM CHANNEL

D: POTASSIUM CHANNEL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: POTASSIUM CHANNEL

F: POTASSIUM CHANNEL

G: POTASSIUM CHANNEL

H: POTASSIUM CHANNEL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.680, 109.060, 146.390
Angle α, β, γ (deg.)	73.95, 82.30, 89.88
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 137:184 OR RESSEQ 193:275 OR RESSEQ 285:295 )
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 34:136 )
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 34:136 )
3	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 34:136 )
4	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 34:136 )
5	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 34:136 )
6	1	2	CHAIN F AND (RESSEQ 34:136 )
7	1	2	CHAIN G AND (RESSEQ 34:136 )
8	1	2	CHAIN H AND (RESSEQ 34:136 )
1	1	3	CHAIN A AND (RESSEQ 12:27 )
2	1	3	CHAIN B AND (RESSEQ 12:27 )
3	1	3	CHAIN C AND (RESSEQ 12:27 )
4	1	3	CHAIN D AND (RESSEQ 12:27 )
5	1	3	CHAIN E AND (RESSEQ 12:27 )
6	1	3	CHAIN F AND (RESSEQ 12:27 )
7	1	3	CHAIN G AND (RESSEQ 12:27 )
8	1	3	CHAIN H AND (RESSEQ 12:27 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC3.1 分子量: 33782.766 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: D9N164*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
配列の詳細	RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625, WITH LEU285ILE CONFLICT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.8 % 解説: THESE ARE THE STATISTICS FOR THE RAW STRUCTURE FACTORS. THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST DATA ANISOTROPICALLY SCALED AND ELLIPSOIDALLY TRUNCATED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER, AND ...解説: THESE ARE THE STATISTICS FOR THE RAW STRUCTURE FACTORS. THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST DATA ANISOTROPICALLY SCALED AND ELLIPSOIDALLY TRUNCATED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER, AND THESE STRUCTURE FACTORS HAVE BEEN DEPOSITED WITH THE PDB.
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PRECIPITANT: 15 % PEG 400 2.5 % PEG 4000 2.5 % PEG 8000 10 % GLYCEROL 90 MM HEPES PH 7.5 PROTEIN: KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 0.05% TDM 10MM EDTA 4MM LDAO PROTEIN AND ...詳細: PRECIPITANT: 15 % PEG 400 2.5 % PEG 4000 2.5 % PEG 8000 10 % GLYCEROL 90 MM HEPES PH 7.5 PROTEIN: KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 0.05% TDM 10MM EDTA 4MM LDAO PROTEIN AND PRECIPITANT WERE MIXED IN A 1:1 RATIO AND EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR OF PRECIPITANT SOLUTION IN A SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SET-UP.

結晶

マシュー密度: 6.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.8 %
解説: THESE ARE THE STATISTICS FOR THE RAW STRUCTURE FACTORS. THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST DATA ANISOTROPICALLY SCALED AND ELLIPSOIDALLY TRUNCATED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER, AND ...

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PRECIPITANT: 15 % PEG 400 2.5 % PEG 4000 2.5 % PEG 8000 10 % GLYCEROL 90 MM HEPES PH 7.5 PROTEIN: KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 0.05% TDM 10MM EDTA 4MM LDAO PROTEIN AND ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→70 Å / Num. obs: 94851 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 91.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 3.6→3.79 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XL4

1xl4

解像度: 3.44→15 Å / SU ML: 0.01 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2725	3918	5.1 %
R_work	0.266	-	-
obs	0.2664	76716	93.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.327 Å² / k_sol: 0.291 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 0 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.44→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17661	0	6	0	17667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	18110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.671	24636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.188	6198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	2856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3115

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.207
1	3	C	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.219
1	4	D	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.242
1	5	E	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.194
1	6	F	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.216
1	7	G	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.179
1	8	H	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.24
2	1	A	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.156
2	3	C	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.182
2	4	D	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.195
2	5	E	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.318
2	6	F	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.402
2	7	G	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.157
2	8	H	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.157
3	1	A	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
3	3	C	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
3	4	D	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
3	5	E	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
3	6	F	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
3	7	G	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
3	8	H	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4413-3.5627	0	0	0.4042	5480	X-RAY DIFFRACTION	66
3.5627-3.7033	0.4001	292	0.3666	6879	X-RAY DIFFRACTION	88
3.7033-3.869	0.3342	790	0.3475	7060	X-RAY DIFFRACTION	95
3.869-4.0692	0.3347	351	0.3211	7588	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0692-4.3184	0.2526	325	0.2736	7658	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3184-4.6426	0.2551	549	0.2488	7502	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6426-5.0932	0.2436	230	0.2372	7824	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0932-5.7927	0.2786	576	0.2365	7458	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7927-7.1633	0.2444	400	0.2435	7676	X-RAY DIFFRACTION	98
7.1633-15	0.2216	405	0.2019	7673	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5903	-1.6264	-0.0602	-0.5626	-2.8156	1.7367	-0.3146	-0.0418	-0.68	-0.3165	0.3011	-1.0182	-0.3147	0.8075	-0	1.4972	0.0837	0.2593	1.0651	-0.0963	1.4379	74.2156	-15.5303	-59.4218
2	2.8496	0.1296	-2.473	1.4658	-1.7699	1.1497	-0.8739	0.5845	0.2104	-1.166	-0.4748	0.5757	1.1931	-0.5729	0	1.5911	0.0653	0.5709	1.0143	0.0495	1.0415	66.6139	-16.9269	-87.1401
3	0.0554	0.1091	0.0821	0.1741	0.1838	0.1481	0.3285	-0.7593	0.5726	-0.579	-1.6412	-0.0273	-0.3476	0.3379	0	2.8388	-0.0841	0.8099	2.0574	-0.3201	1.5635	62.1054	-19.7612	-108.2103
4	0.3226	-0.0105	-0.205	0.0112	0.0427	0.0837	2.0552	-0.1879	0.5042	-2.8207	0.5351	-0.7705	-0.0891	-0.9811	0	2.2034	0.4495	0.2086	1.7935	0.0562	1.0474	62.3286	-13.2895	-98.5324
5	0.2572	-0.8066	-0.4446	0.2581	-0.2679	-0.13	-0.1749	1.1055	0.0215	-1.2636	0.6638	-0.3214	1.1259	-0.1824	0	2.3731	-0.3444	0.2527	1.2775	0.1576	0.7725	53.6997	-18.8588	-98.4629
6	-0.0551	0.2061	-0.108	0.9519	-0.9573	0.5895	-0.1296	-0.9635	0.6327	-0.8468	-0.4103	-0.6242	0.4666	-1.1266	0	1.2512	0.2187	0.2073	0.6137	-0.067	0.8163	60.0391	-8.5181	-74.4954
7	5.6332	1.3347	2.5541	5.5403	-0.6819	8.0947	-0.3653	-0.3435	-0.228	0.713	0.0898	-0.3909	0.4262	0.7395	-0	0.8167	0.0188	-0.0225	0.8301	-0.2322	1.0277	72.3292	3.3038	-42.5256
8	-0.0839	-0.0767	-0.1975	0.0734	-0.0343	-0.0385	-0.6498	-1.6706	-1.4893	1.3914	-0.7783	0.5117	2.0329	-0.2143	0	2.9218	0.4123	0.0344	2.3095	-0.0905	1.5649	77.7312	-20.4894	-33.0423
9	0.066	0.0695	0.018	0.0871	0.3234	0.302	-1.0995	-0.0525	4.7532	1.0545	-0.9787	0.0595	-1.7337	0.7576	-0	1.584	-0.1756	-0.2963	1.1253	0.064	2.5276	68.0955	26.539	-48.9363
10	-1.2303	3.464	-2.3978	1.0138	-0.4948	1.9099	-0.7612	0.3928	-1.0398	1.2095	0.045	0.5423	-1.0775	-1.2763	-0	1.185	0.0394	-0.1048	0.9652	-0.2019	1.2502	43.1914	-27.3423	-60.161
11	1.1634	0.9109	-0.4583	2.1257	0.9914	0.3935	-0.027	0.3728	0.1977	-1.6494	-0.0937	-0.0435	0.1313	-0.7002	-0	1.6655	-0.3201	-0.0168	1.1135	-0.459	1.1871	41.9506	-18.6513	-87.6996
12	0.1053	-0.1265	0.0711	-0.0207	0.0637	0.0033	-0.5063	0.3149	-0.8755	-0.6005	0.3165	-0.6244	0.0625	-1.5875	0	2.7961	-0.5262	0.2329	2.203	-0.235	1.1256	39.4895	-13.3877	-108.8199
13	-0.196	0.1959	-0.1463	0.2636	0.0353	-0.1677	0.7435	-0.1609	-0.3708	-0.6528	0.0384	-0.5435	2.901	-1.2757	0	2.759	0.0057	0.0565	1.9134	-0.0186	0.7814	45.5866	-14.0073	-99.0033
14	0.2311	0.9028	-0.0342	1.0915	0.3493	0.1399	2.1464	0.9876	0.3741	-1.4232	-1.1981	-2.1687	-0.209	-0.6455	-0	1.5201	-0.3088	-0.308	1.3537	0.1396	1.1793	40.1833	-5.3795	-98.6342
15	0.9888	1.1446	-0.6116	1.1092	0.7099	0.8747	-0.4406	1.0635	-0.1013	0.3057	-0.1808	-0.1794	-0.8283	1.3104	0	0.9263	-0.5107	-0.1746	0.8881	-0.0763	0.7747	50.2233	-12.3421	-75.2467
16	4.5971	-2.8793	-2.2437	5.0212	-1.7689	9.782	0.1966	-0.7287	-0.1157	-0.0059	-0.2565	-0.021	0.0713	1.1828	-0	0.8221	-0.0199	-0.0386	1.0225	0.0118	1.0284	62.1416	-26.2254	-43.2816
17	0.1526	0.0057	0.1739	0.119	-0.0662	0.1312	-1.1489	0.0173	0.6096	1.7073	-0.4956	0.1709	0.0136	-1.477	0	1.432	0.0408	0.0256	1.4521	-0.1572	1.5434	38.3158	-31.2834	-33.7267
18	-0.0289	0.0518	-0.117	-0.1196	-0.0531	0.0262	-0.5136	-0.1911	1.0925	-1.6818	0.8501	-4.6178	-0.5316	-0.0621	0	1.1725	0.025	0.0156	2.866	1.0285	3.1581	85.8485	-22.3607	-50.0186
19	0.6153	-2.4955	0.68	-0.207	0.921	1.6834	0.1352	-0.557	1.1352	0.4319	0.3808	1.3848	-0.4078	-0.5512	0	1.4294	0.0768	0.0768	1.2554	-0.0568	1.3579	31.3557	3.4042	-59.5251
20	1.7516	2.1034	2.1644	2.7569	-0.4456	1.4826	-0.2065	-0.2618	0.0907	-2.2659	-0.8642	-1.858	-0.028	0.502	-0.0754	1.3716	0.0762	-0.1957	1.122	0.2455	0.8064	40.1116	5.9939	-87.2518
21	0.0717	0.0687	0.1002	0.0142	-0.0807	-0.2101	-0.719	0.571	-0.3305	-1.5707	-0.6338	3.6191	-1.2417	-0.7118	-0	2.4688	0.3039	0.1251	2.1453	0.6942	1.3975	45.7683	9.3887	-108.1131
22	0.0876	-0.0458	-0.019	-0.0148	0.1507	-0.1698	1.2443	1.2106	0.9213	-1.2127	0.231	-0.4327	-0.6414	-0.7257	0	1.8725	-0.0418	0.0562	1.8389	0.4099	1.2577	45.0125	2.8825	-98.609
23	1.2079	-0.393	0.2242	0.0383	0.9573	-0.271	0.0669	0.7468	0.593	0.7075	1.2457	0.9388	-0.4071	-1.9721	0	1.7892	-0.0238	0.1596	1.1459	-0.002	0.9491	53.591	8.2836	-97.7516
24	0.621	-0.1468	0.788	1.4643	1.1107	0.461	-0.6647	0.1664	-0.5804	-1.4626	-0.1958	-0.1775	-0.3374	-0.1538	0	1.2946	0.1444	-0.0049	0.8893	0.246	0.6872	46.2131	-2.9396	-75.026
25	4.307	0.5352	-1.954	4.8435	0.9333	5.9639	0.2397	-0.3485	0.089	0.4857	0.0285	0.3008	-0.3096	-0.6841	-0	0.8998	0.0592	0.0815	0.8941	0.1632	1.0718	33.1192	-15.8625	-43.1635
26	-0.0046	-0.0652	-0.0783	-0.0221	0.1824	-0.0911	-0.564	0.1343	1.6475	1.1376	-3.5003	-0.1153	-2.5704	0.9254	0	2.9202	0.1928	0.4505	1.5944	-0.0129	2.1235	27.6969	7.5978	-32.9734
27	-0.1376	0.0195	-0.1949	0.0143	0.0096	0.0316	-1.0966	0.2044	-4.5283	-0.2344	-1.8691	-0.7739	2.3562	2.7697	-0	1.9206	-0.1098	0.4151	1.4973	-0.1964	2.6512	37.1162	-39.3329	-50.5247
28	-0.9231	2.4281	1.827	1.8242	-0.0349	2.0004	0.2301	0.0681	1.0085	-1.1899	-0.3722	-0.9418	-1.0642	0.715	-0	0.9322	0.0496	0.0604	1.0772	0.0882	1.1879	62.7902	15.365	-59.4158
29	1.2938	1.4804	1.4266	1.5436	-0.7287	0.9458	-0.9938	1.2016	-1.334	-1.2729	-0.4043	-0.0389	0.3316	0.2763	-0	1.5867	0.0674	0.4963	0.9227	0.1856	0.9711	64.7359	7.718	-86.392
30	0.0933	-0.0042	-0.0372	-0.0082	-0.0682	-0.0348	-0.0141	0.85	1.1992	-0.7433	-1.1165	0.3281	-2.136	0.921	0	2.3497	0.2635	0.5546	2.3933	0.4523	0.8662	68.5878	3.002	-107.4351
31	0.103	0.1033	-0.3308	0.1938	0.0872	0.0018	1.3753	2.6518	1.2257	-0.706	0.6163	-0.215	-1.3125	-1.4602	0	2.4663	-0.1809	0.5782	1.662	0.4018	1.03	61.8152	3.499	-98.0018
32	0.2492	1.0607	0.0907	0.7582	0.3197	-0.3769	1.482	1.3514	1.4356	-0.5352	-1.2807	-0.7251	-1.8822	0.7141	0.001	1.8235	-0.2347	0.4059	0.9527	-0.1217	0.9731	67.1797	-5.1928	-97.6277
33	1.6621	0.7141	0.782	1.115	-0.6534	0.5605	-0.6992	0.2845	0.7805	-1.3089	0.9112	0.7757	0.7495	-0.324	0	1.1686	-0.292	0.2236	0.8004	0.0643	0.6261	55.6302	0.9741	-74.722
34	3.6263	-0.843	0.726	4.8932	2.564	8.334	0.2675	-0.613	0.3546	0.0858	-0.3385	0.1475	0.381	-0.574	-0	0.7562	-0.0771	0.2064	0.9586	-0.0066	1.0126	43.1425	13.5468	-42.5563
35	0.0187	0.0968	0.1208	0.4107	0.229	-0.0128	0.0817	-1.8718	-0.7467	1.1425	0.4411	-0.0417	-0.8063	3.4405	-0	1.3547	-0.1412	-0.0561	1.8055	-0.3926	1.4887	67.0568	18.3252	-32.4615
36	-0.0644	0.0151	0.136	0.0603	-0.0001	-0.0069	0.1243	-1.7925	-1.3001	-1.5547	0.0533	2.9421	-0.7131	0.7538	0	1.5255	-0.3106	-0.0369	4.1224	-1.8949	3.1848	19.6842	10.0712	-49.9889
37	-0.5896	-2.345	0.3563	1.8536	1.5283	2.6835	-0.6027	0.4159	0.9094	-0.2731	0.1549	0.7246	0.4503	-1.2101	0	0.7932	0.0024	0.105	1.2041	0.1879	1.2968	-10.1094	-39.2047	-23.2297
38	0.5976	-1.6984	1.4697	2.0654	0.4632	1.2379	-0.4114	0.3228	-1.151	2.3617	-0.0046	0.2269	-0.9637	-0.7791	-0	2.0815	-0.0008	0.5037	0.5587	-0.2078	0.9462	-12.6116	-46.9769	4.2953
39	-0.0504	0.2409	-0.1789	0.0868	-0.1532	0.0832	-0.2467	-1.5841	1.2945	0.9839	-0.6191	-2.0056	0.8549	0.841	0	2.8437	0.2395	0.3007	2.4785	-0.207	1.2343	-16.1996	-51.3447	25.1989
40	-0.4102	-0.5261	0.0945	0.2928	0.0073	0.1499	0.4321	-0.8133	1.046	2.894	0.6298	1.2114	-0.3895	0.7211	0	2.7504	0.0414	0.634	1.3615	0.0335	0.9144	-9.5865	-51.1845	15.837
41	0.7931	-1.6183	0.4556	1.3589	-0.5913	-0.0216	0.2583	-0.4755	1.218	0.3662	-0.9774	1.0066	0.6727	-0.0496	-0	2.1642	0.1162	0.4164	1.5486	0.1326	0.9627	-14.9788	-59.7757	15.3866
42	1.4085	-1.1723	0.9705	1.0661	0.4473	0.6437	-0.7161	-0.1111	0.0527	-0.1399	0.758	-1.7282	1.5086	0.5071	0	1.2129	0.1162	0.4348	0.7466	-0.1305	0.8901	-3.498	-53.5962	-7.5092
43	2.6311	1.1491	1.0331	6.2718	-1.1035	8.6186	-0.0657	0.647	-0.0232	-0.5097	0.0858	-0.2984	0.0788	0.4512	-0	0.6557	0.0487	0.1852	0.9269	0.0075	1.0546	8.8781	-40.9046	-39.6468
44	0.1023	-0.1852	-0.0539	0.1214	-0.1558	-0.0524	-0.7072	-0.4244	0.2244	-1.9157	-0.958	-0.2207	-0.8394	-1.5223	-0	0.9125	0.185	-0.1214	1.5833	0.2799	2.069	-14.8539	-35.9553	-49.5548
45	-0.0353	-0.0218	0.0355	-0.0033	0.0789	-0.0919	-0.004	1.291	-1.5499	1.8669	-0.8737	-3.5593	-1.606	0.6713	0	1.4243	0.2169	-0.1151	3.8566	1.8324	3.2149	32.3517	-44.3099	-32.2511
46	0.7264	1.1615	-0.4874	0.343	2.9627	2.1772	0.2969	0.2235	-0.5993	-0.1449	-0.0913	1.3491	0.2491	-0.7526	-0	1.5053	-0.0287	0.1167	1.0999	0.0479	1.6257	-22.1222	-70.0444	-22.8477
47	2.249	0.3895	-1.6656	1.3511	1.2888	0.9011	0.2361	-0.61	-0.2018	0.2917	-0.4729	-0.6065	0.6329	-0.0452	-0	1.4476	-0.0447	0.4587	0.9235	0.0425	1.0861	-14.4714	-71.5767	4.8293
48	-0.0024	-0.2536	-0.1398	0.0443	0.0423	-0.1096	1.1942	-1.8375	2.2897	0.8179	-0.9639	2.6943	-0.5155	0.1338	0	3.1266	0.1543	0.5703	1.5052	0.2014	1.7989	-9.6897	-73.9171	26.1844
49	0.4482	0.2141	0.2517	0.1861	-0.2216	0.1233	-0.1324	-0.0548	-1.6733	2.1912	1.2386	-0.1077	-0.909	-0.079	-0	2.8257	0.0503	0.5421	1.4972	0.3032	0.8206	-10.1658	-68.0358	16.1891
50	0.5674	0.3273	0.2814	-0.0163	-0.0782	-0.3688	-0.0205	-0.3965	0.1184	3.153	0.8526	1.3176	2.188	-1.089	-0	2.2592	0.0699	0.2869	1.4048	0.1062	0.9304	-1.4175	-73.2737	16.2316
51	0.9702	-0.3245	-0.2427	1.0008	1.3661	0.6627	-0.5488	0.4263	0.1699	0.9888	0.6712	1.5089	-1.5614	0.1719	0	1.0758	-0.1949	0.1715	0.7684	0.0044	0.7858	-7.4975	-63.1075	-7.2989
52	4.7743	-1.2593	2.9463	5.417	-0.6537	9.1418	-0.1423	0.1874	-0.0736	-0.922	-0.0051	0.2488	0.6632	-0.6558	-0	0.709	-0.0505	0.0548	0.8757	0.2043	1.0547	-20.2763	-51.0807	-39.6552
53	0.0606	0.1252	-0.0397	-0.0167	0.1512	-0.0726	-0.6869	1.0107	-0.6591	-1.019	-1.4804	-0.1332	2.5623	-0.5221	-0	3.2546	-0.6036	-0.2374	1.9571	-0.0134	1.6529	-25.7561	-74.8391	-49.1435
54	0.1554	-0.1484	0.1376	0.0195	0.0105	0.0465	-1.1889	1.0107	4.5058	-0.5345	-0.8608	0.0908	-3.2894	0.3519	-0	1.7822	0.4014	-0.1696	1.6134	0.3147	2.7031	-15.8603	-27.8153	-33.2203
55	-0.5119	-1.6531	-0.9371	0.8451	-0.7049	2.3073	-0.079	0.2649	-0.574	0.5327	-0.2499	-0.1974	0.0914	1.0474	0	1.0234	-0.0889	-0.0239	1.0277	-0.0141	1.2431	8.7755	-81.9096	-22.2364
56	2.1618	-0.6165	-1.7448	2.7649	-1.5927	0.7744	0.0241	-1.3951	-0.1854	0.4189	-0.0229	-0.0847	-0.9647	0.0981	-0	1.1878	0.2012	0.0221	1.177	0.1861	0.6705	10.2505	-73.2998	5.5844
57	0.8458	-1.8654	-0.1779	5.42	0.6566	0.4219	-0.3514	1.5916	-1.8874	0.8182	-1.7264	3.6282	-0.1002	-0.7328	-0.0647	3.7058	0.2091	-0.4413	2.6182	0.731	0.6442	13.0148	-67.8273	26.4972
58	0.2144	-0.0279	-0.1121	0.286	-0.1148	0.4035	0.3257	-1.2925	0.1404	2.3132	2.442	-0.0313	-0.1513	0.4715	0	2.7488	0.223	-0.4579	1.5185	-0.2834	0.5604	6.581	-68.5173	16.802
59	0.0199	-0.5328	0.0286	0.6497	-0.3236	0.0508	0.6685	1.551	1.3725	1.0834	-0.3368	-1.0877	0.4755	0.4745	0	1.9469	-0.1493	0.1746	1.2901	0.0806	0.9066	12.2336	-59.9891	16.3475
60	1.8316	-0.4388	-0.8544	0.3929	-0.5742	0.8464	-0.009	-1.3959	-1.3275	0.0735	0.3238	-0.27	-1.9934	-1.9566	-0	1.3896	0.3532	0.2287	0.9317	0.1077	0.6623	1.885	-66.9833	-6.9909
61	4.4799	1.6922	-2.8003	7.7482	3.2326	8.6784	0.304	0.9158	0.1155	-0.0978	-0.2805	0.418	-0.1674	-0.6837	-0	0.6038	0.1163	-0.0631	0.9804	0.1463	1.0015	-10.1208	-80.5178	-39.0897
62	0.122	0.1149	0.0574	0.3761	0.3204	0.054	-1.2233	0.2994	0.2833	-0.2265	1.0441	0.4857	0.5846	2.8142	0	1.1927	0.0187	0.1383	1.6558	-0.3069	1.6826	13.6675	-85.7555	-48.641
63	-0.0477	-0.006	-0.1963	-0.0975	0.1021	-0.0509	-0.8528	0.8478	1.9587	-0.1766	-0.0705	4.3421	0.9408	-0.1391	-0	2.8557	0.683	0.4168	3.2897	-1.9223	3.3323	-33.611	-76.7996	-31.9578
64	0.7812	3.4973	0.9583	0.4621	-2.2137	1.6431	-0.1103	-0.7702	-0.5955	-0.6168	0.2622	-1.0604	-0.5296	1.285	0	1.2653	-0.1332	0.022	1.1313	-0.0531	1.565	20.7848	-51.2212	-22.6806
65	2.2187	-0.1365	1.263	0.8032	-1.3251	0.7742	0.2439	-0.3295	-0.5659	1.1663	-0.9654	0.9495	-1.9513	-0.8997	-0	1.711	-0.0933	-0.0818	1.0409	-0.2792	0.9699	12.0126	-48.7197	5.0873
66	-0.0819	0.0411	-0.0071	0.139	0.065	-0.08	-1.5585	-0.1571	0.324	1.1595	-0.7718	-0.9421	-0.5443	-0.7132	-0	3.5008	0.2673	-0.5303	2.7184	-1.0665	1.4952	6.6927	-44.846	25.6539
67	0.2963	0.0536	0.1037	-0.1249	-0.2361	0.0155	0.7711	-0.9055	-0.0684	1.9593	0.8361	-2.433	-1.244	1.1606	-0.0001	2.4606	-0.6125	0.2625	1.8823	-0.4065	0.7157	7.2309	-51.7412	16.434
68	0.6542	0.894	-0.0557	0.3894	-0.5056	0.0039	-0.7732	-1.1099	0.0332	1.7043	1.5798	0.564	-0.4857	0.0535	-0	2.0092	0.1615	0.3429	1.284	-0.0455	1.2069	-1.3153	-46.2787	15.5527
69	0.9375	0.4611	1.2701	1.4452	-1.0986	0.7007	-0.2535	0.8103	-0.6	1.5538	-0.1385	-1.5654	0.0822	-1.5936	-0	1.4411	-0.1914	0.1582	0.6967	-0.1032	0.8058	5.9224	-57.5789	-7.1556
70	5.1954	0.2386	-2.1319	2.0144	-0.3568	6.0108	0.0588	0.4398	-0.0773	-0.2642	0.221	-0.4961	-0.5951	0.3298	-0	0.9258	0.073	0.1145	0.8074	-0.1359	1.2194	18.8106	-70.3498	-39.222
71	-0.0357	0.1572	-0.0236	0.0011	-0.2346	-0.0462	0.3323	-0.2351	2.5894	-0.2727	-1.5097	0.2615	-1.8055	0.0726	-0	2.5381	-0.3022	0.3757	1.7267	0.0147	1.9248	24.3026	-46.8649	-49.2342
72	-0.0301	0.0577	-0.2642	0.1139	0.093	0.0714	0.3756	0.8805	-5.7625	-0.3057	-1.5616	0.443	3.428	-0.4426	0	1.9908	0.2425	0.7328	0.9926	0.1744	2.8282	14.5597	-93.5523	-32.2923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 12:43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 44:71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 72:81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 82:100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESID 101:120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND RESID 121:137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND RESID 183:193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND RESID 275:285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND RESID 12:43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND RESID 44:71
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND RESID 72:81
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND RESID 82:100
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND RESID 101:120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND RESID 121:137
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND RESID 183:193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND RESID 275:285
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND RESID 12:43
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND RESID 44:71
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND RESID 72:81
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND RESID 82:100
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN C AND RESID 101:120
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN C AND RESID 121:137
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN C AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN C AND RESID 183:193
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN C AND RESID 275:285
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND RESID 12:43
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN D AND RESID 44:71
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN D AND RESID 72:81
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN D AND RESID 82:100
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN D AND RESID 101:120
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN D AND RESID 121:137
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN D AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN D AND RESID 183:193
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN D AND RESID 275:285
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN E AND RESID 12:43
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN E AND RESID 44:71
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN E AND RESID 72:81
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN E AND RESID 82:100
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN E AND RESID 101:120
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN E AND RESID 121:137
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN E AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN E AND RESID 183:193
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN E AND RESID 275:285
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN F AND RESID 12:43
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN F AND RESID 44:71
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN F AND RESID 72:81
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN F AND RESID 82:100
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN F AND RESID 101:120
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN F AND RESID 121:137
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN F AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN F AND RESID 183:193
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN F AND RESID 275:285
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN G AND RESID 12:43
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN G AND RESID 44:71
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN G AND RESID 72:81
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN G AND RESID 82:100
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN G AND RESID 101:120
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN G AND RESID 121:137
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN G AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN G AND RESID 183:193
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN G AND RESID 275:285
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN H AND RESID 12:43
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN H AND RESID 44:71
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN H AND RESID 72:81
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN H AND RESID 82:100
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN H AND RESID 101:120
69	X-RAY DIFFRACTION	69	CHAIN H AND RESID 121:137
70	X-RAY DIFFRACTION	70	CHAIN H AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN H AND RESID 183:193
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN H AND RESID 275:285

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)