PDB-2wlm: POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wlm

タイトル

POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM

要素

POTASSIUM CHANNEL

キーワード

METAL TRANSPORT / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT / TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.61 Å

データ登録者

Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels.
著者: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.

履歴

登録	2009年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月27日	Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wlm.cif.gz	451.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wlm.ent.gz	379.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wlm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wlm_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wlm_full_validation.pdf.gz	507.1 KB	表示
XML形式データ	2wlm_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	2wlm_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wlhC 2wliC 2wljC 2wlkC 2wllC 2wlnC 2wloC 2x6aC 2x6bC 2x6cC 1xl4S 1xl6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o9v-1 1xl4-1 2x6a-1 2wln-1 4zob-d 7k5j-8 4zoc-d 3f2b-d 4lp8-1 2wln-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: POTASSIUM CHANNEL

B: POTASSIUM CHANNEL

C: POTASSIUM CHANNEL

D: POTASSIUM CHANNEL

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.261, 151.193, 294.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND RESID 34:136
2	1	1	CHAIN B AND RESID 34:136
3	1	1	CHAIN C AND RESID 34:136
4	1	1	CHAIN D AND RESID 34:136
1	1	2	CHAIN A AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...
2	1	2	CHAIN B AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...
3	1	2	CHAIN C AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...
4	1	2	CHAIN D AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC3.1 分子量: 33782.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG APPENDED 由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 参照: UniProt: D9N164*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
配列の詳細	RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PRECIPITANT 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM BACL2 4MM LDAO 0.05% TDM 0.2MM PI(4,5)P2 PROTEIN AND PRECIPITANT WERE ...詳細: PRECIPITANT 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM BACL2 4MM LDAO 0.05% TDM 0.2MM PI(4,5)P2 PROTEIN AND PRECIPITANT WERE COMBINED IN A 1:1 RATIO AND EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR OF PRECIPITANT IN A SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SET UP.

結晶

マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PRECIPITANT 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM BACL2 4MM LDAO 0.05% TDM 0.2MM PI(4,5)P2 PROTEIN AND PRECIPITANT WERE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956608
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.956608 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 25733 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 81.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XL4

1xl4

解像度: 3.61→19.971 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: BARIUM IN CRYSTALLISATION CONDITION PRECIPITATED OUT DUE TO PRESENCE OF PHOSPHATE, AND WAS NOT OBSERVED IN THE STRUCTURE.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2881	1233	5.1 %
R_work	0.2632	-	-
obs	0.2645	24190	93.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.71 Å² / k_sol: 0.292 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 0 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.6718 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-38.7497 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.7882 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.61→19.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8609	0	4	0	8613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	12004
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.403	3015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1518

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	3	C	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
1	4	D	774	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
2	1	A	881	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	881	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
2	3	C	881	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
2	4	D	881	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.066

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6068-3.7503	0	0	0.331	2334	X-RAY DIFFRACTION	83
3.7503-3.9198	0.3541	149	0.3062	2440	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9198-4.1247	0.338	145	0.3119	2456	X-RAY DIFFRACTION	91
4.1247-4.3806	0.3171	224	0.256	2365	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3806-4.7147	0.2787	102	0.2476	2531	X-RAY DIFFRACTION	92
4.7147-5.1817	0.2471	191	0.2371	2498	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1817-5.9144	0.3069	133	0.2575	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9144-7.3882	0.3046	136	0.2647	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3882-19.9717	0.232	153	0.2289	2842	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.352	-1.0854	-2.8552	-2.1266	-5.1222	-1.8734	-0.8153	-1.0142	0.1851	0.4938	0.3298	-0.2779	0.2375	-1.1017	0.1213	1.49	-0.4008	-0.0872	1.5778	-0.2551	1.0023	15.7517	18.9207	59.8064
2	6.5119	-0.2476	-0.9106	-0.7757	0.805	0.9136	-0.2116	0.2756	0.9432	-0.0737	-0.3007	0.0493	-1.5622	0.2139	0.4952	1.4793	-0.5806	-0.0605	1.0645	-0.0626	1.0531	30.0826	36.6345	54.4045
3	5.8268	-2.7306	0.6709	2.8693	4.1413	2.6992	1.0092	-0.6603	1.3516	0.7271	0.0604	-0.1353	0.196	-0.1326	-1.0201	1.7463	-0.674	-0.8708	1.6429	0.1343	1.7079	46.6722	50.8531	53.1674
4	5.1891	0.758	-1.6418	6.7258	-3.5836	3.3821	0.2051	-0.5716	0.4333	-0.7323	-1.307	0.202	0.2086	0.8352	0.6981	1.014	-0.8946	-0.3696	1.2068	-0.0064	1.5226	37.2291	45.6409	48.9626
5	1.7341	-2.3831	-0.9182	2.3663	-0.9689	0.1613	-0.3131	-0.9718	0.5091	0.4378	-0.158	-0.5004	0.533	-1.0525	0.2826	1.1967	-0.591	-0.313	0.9672	0.3686	1.0732	45.1916	39.7116	46.6527
6	2.4681	0.0998	-0.9186	0.0784	-0.2771	0.5602	-0.8451	1.9568	-0.2434	0.7787	0.0315	-0.21	-0.5609	-0.5703	0.849	1.3542	-0.4033	-0.23	0.924	-0.1685	0.5659	21.5537	27.2711	43.7979
7	1.3667	0.4532	-0.0654	4.5919	-3.4826	5.5102	0.1745	-0.6512	0.3304	0.3012	0.1555	0.4407	-0.2372	-1.0306	-0.3646	0.7492	-0.2548	0.1483	1.4432	-0.2234	1.0077	-10.2515	11.0776	44.0032
8	7.1037	-2.9754	1.6666	-0.395	3.9813	4.893	0.4181	-3.3308	-0.7716	-0.8475	-0.5753	0.9634	-0.8182	1.5255	0.1512	0.8936	-0.152	0.5417	2.1325	-0.2682	0.9165	-6.496	-2.1366	66.5818
9	4.7055	-4.4287	8.3743	-3.5061	1.0751	-4.9479	1.1998	1.2017	-1.8436	-0.4878	-0.1668	0.8425	-0.0747	-1.2065	-0.9568	0.9126	0.6715	-0.0779	2.2075	0.2522	1.5317	-18.6495	23.741	23.8181
10	0.5712	-1.0315	0.1923	1.8698	1.6997	0.5812	-0.621	0.2722	0.3977	0.0391	0.8241	-0.2787	0.0798	-0.5633	0.0275	0.7719	-0.2436	0.0277	1.1236	0.0156	0.7431	34.1338	0.91	45.4909
11	0.1736	0.5367	3.1348	1.458	1.1074	2.1234	-0.3331	0.236	0.026	-0.2283	-0.7021	0.023	-0.032	0.7393	0.8406	0.8808	-0.4188	-0.1977	1.2101	0.1637	0.6977	45.6023	26.0473	38.2437
12	0.4107	1.0078	0.5696	5.0473	0.4188	1.644	0.2265	0.5173	-0.278	-1.7601	2.5518	0.0524	-0.0742	-0.7195	-2.5457	1.9075	-0.7554	-0.4474	1.7105	0.5124	1.5671	56.4594	44.1399	32.4431
13	0.8873	-0.8724	-0.4125	1.7238	-0.7095	1.3362	0.2793	-0.3044	-0.3756	0.2813	-0.8295	-0.9263	0.312	0.2794	0.3467	1.5291	-1.0803	-0.2509	1.3357	0.3794	1.5078	47.5637	38.5837	37.3413
14	0.0907	-0.5108	-0.9336	-0.3874	0.0212	0.3782	0.4282	-0.4895	-0.1563	0.1099	-0.3899	0.0056	0.3574	-0.6988	0.239	1.3601	-0.7273	-0.2249	1.3887	0.1755	1.1157	45.4229	39.483	27.4187
15	-0.8248	-2.1852	1.1114	0.8544	0.1125	-0.004	0.0748	0.1407	-0.3308	0.3983	0.4604	0.3316	-0.1097	0.162	-0.9772	0.7065	-0.5373	-0.0815	1.1072	0.2007	1.153	29.7682	21.6693	40.0508
16	2.1153	-2.1161	-1.0452	6.0012	-0.5867	0.0299	-0.5066	-0.5638	-0.0181	0.2128	0.3735	0.2494	-0.3049	-0.075	0.1727	1.1844	-0.2472	0.2559	1.2537	0.0625	0.7211	13.3538	-4.3024	58.3595
17	3.575	2.9941	0.9171	3.7312	-0.0661	2.0214	-0.1408	-1.1626	-0.4888	-1.892	-0.5624	-0.2624	1.2697	-1.2621	0.8854	2.2834	0.0509	0.06	1.2626	-0.0194	1.0086	24.1115	-24.2984	45.1617
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20	5.1835	0.7715	-0.5069	2.7956	-2.2768	6.4802	-0.5386	0.3874	-0.0661	0.3521	-0.0554	1.4733	-1.2564	0.383	0.4441	0.8081	-0.3518	-0.3342	0.7973	0.169	0.8999	32.1797	35.1696	19.5311
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24	1.1622	-1.7312	1.7074	2.2587	0.3845	0.5096	-0.2573	1.058	0.0904	1.1638	-0.6416	-0.2521	-0.0393	1.2124	0.746	0.7805	-0.2987	-0.271	0.7489	0.0589	0.8677	26.5378	23.825	30.1344
25	3.0096	2.0808	1.2998	6.9867	3.1996	3.1741	0.0273	0.0245	-0.224	0.449	0.2959	-0.0181	0.3349	0.1559	-0.3305	0.9194	-0.0419	0.0125	0.8828	0.0949	0.8625	23.2416	-12.006	30.5789
26	3.2334	3.2242	-0.4441	2.6722	0.6288	-0.3669	-0.3784	-0.2917	0.9399	-1.5099	-0.3567	0.9082	-0.3055	0.1535	0.2862	1.7174	0.0428	-0.3587	1.3694	-0.1511	1.523	7.3134	-14.0759	10.1976
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28	0.8241	1.217	-0.7537	3.605	1.3604	3.8796	0.6315	-0.0906	-0.1768	1.5044	0.0251	-0.9099	0.3572	-0.4248	0.3226	0.825	-0.1159	0.015	0.6871	-0.2683	0.72	-2.6913	24.9198	28.2161
29	0.8357	0.56	0.0973	-1.1934	-2.3806	1.3589	0.7759	-0.2122	0.3954	0.271	-0.526	-0.995	-0.7389	0.2469	-0.2084	1.2344	-0.2493	-0.1064	0.985	-0.1586	1.6972	16.5621	45.7216	35.6993
30	-0.5206	0.414	0.8586	0.65	-2.9581	0.1244	1.0348	0.5093	0.329	0.2358	-0.1738	2.0356	0.6363	0.1342	-0.9859	2.1912	-0.2809	-0.2306	1.3946	-0.3928	2.0241	29.2334	62.5244	41.7001
31	0.1692	-1.4834	-1.1337	0.1619	0.9281	1.2703	1.7268	-0.0883	-0.2409	-1.5662	-2.3777	-0.2781	-2.2589	0.166	0.4262	2.1233	-0.6195	-0.4658	1.1658	-0.0345	1.9306	27.4543	52.2083	36.7593
32	0.2601	0.6747	-0.0578	1.275	-0.7866	0.2396	-0.9321	-0.0812	-0.6064	-1.0594	1.2691	1.0795	-0.256	0.5665	-0.1134	1.3357	-0.4599	-0.2959	1.1351	0.0318	1.5293	28.7075	50.3029	47.0383
33	3.4715	1.1866	-0.3249	4.6142	1.1237	1.7258	0.7915	0.7937	0.0849	0.7081	-0.2071	-2.7232	-0.219	0.3677	-0.2937	0.6026	-0.1615	0.0321	0.6588	-0.1494	1.017	18.4156	29.4013	33.904
34	4.6363	0.7696	-0.2766	0.7793	-0.2714	1.9431	0.2115	0.0212	-0.0308	0.2372	-0.301	0.252	0.2057	-0.102	0.1304	0.9025	-0.0704	0.0297	0.8149	-0.1018	0.8162	0.8365	2.6316	17.7254
35	5.2649	1.6229	4.6251	7.2745	5.5069	-1.041	1.2058	-1.2186	0.124	2.167	1.0554	0.2391	1.5277	-1.3751	-1.8552	1.9137	-0.0151	-0.4719	1.8956	0.1051	1.4275	-22.0981	6.305	29.8022
36	1.3688	4.2896	4.1128	2.6733	0.6225	-0.4116	0.6342	-0.6085	-1.0295	1.2723	-0.3958	-1.5406	1.343	-0.2829	-0.1212	1.2666	0.0663	-0.1704	0.8844	0.3869	1.1542	20.326	-3.9808	4.4723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 12:43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 44:71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 72:81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 82:100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESID 101:120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND RESID 121:137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND RESID 183:193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND RESID 275:285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND RESID 12:43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND RESID 44:71
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND RESID 72:81
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND RESID 82:100
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND RESID 101:120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND RESID 121:137
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND RESID 183:193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND RESID 275:285
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND RESID 12:43
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND RESID 44:71
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND RESID 72:81
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND RESID 82:100
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN C AND RESID 101:120
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN C AND RESID 121:137
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN C AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN C AND RESID 183:193
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN C AND RESID 275:285
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND RESID 12:43
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN D AND RESID 44:71
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN D AND RESID 72:81
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN D AND RESID 82:100
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN D AND RESID 101:120
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN D AND RESID 121:137
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN D AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN D AND RESID 183:193
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN D AND RESID 275:285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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