[日本語] English
万見
- PDB-2wlm: POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wlm
タイトルPOTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM
要素POTASSIUM CHANNEL
キーワードMETAL TRANSPORT / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set ...G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels.
著者: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
履歴
登録2009年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM CHANNEL
B: POTASSIUM CHANNEL
C: POTASSIUM CHANNEL
D: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2878
ポリマ－135,1314
非ポリマー1564
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16720 Å2
ΔGint-115.4 kcal/mol
Surface area49340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.261, 151.193, 294.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND RESID 34:136
211CHAIN B AND RESID 34:136
311CHAIN C AND RESID 34:136
411CHAIN D AND RESID 34:136
112CHAIN A AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...
212CHAIN B AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...
312CHAIN C AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...
412CHAIN D AND (RESID 138:184 OR RESID 208:273 OR RESID...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC3.1


分子量: 33782.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG APPENDED
由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 参照: UniProt: D9N164*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
配列の詳細RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PRECIPITANT 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM BACL2 4MM LDAO 0.05% TDM 0.2MM PI(4,5)P2 PROTEIN AND PRECIPITANT WERE ...詳細: PRECIPITANT 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN KIRBAC3.1, 8MG/ML 150MM KCL 20MM BACL2 4MM LDAO 0.05% TDM 0.2MM PI(4,5)P2 PROTEIN AND PRECIPITANT WERE COMBINED IN A 1:1 RATIO AND EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR OF PRECIPITANT IN A SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SET UP.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956608
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956608 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 25733 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 81.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XL4

1xl4


解像度: 3.61→19.971 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: BARIUM IN CRYSTALLISATION CONDITION PRECIPITATED OUT DUE TO PRESENCE OF PHOSPHATE, AND WAS NOT OBSERVED IN THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 1233 5.1 %
Rwork0.2632 --
obs0.2645 24190 93.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.71 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.6718 Å20 Å20 Å2
2---38.7497 Å20 Å2
3----21.7882 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.61→19.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8609 0 4 0 8613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03512004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4033015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061518
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
13C778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
14D774X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
21A881X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B881X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
23C881X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
24D881X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6068-3.7503000.3312334X-RAY DIFFRACTION83
3.7503-3.91980.35411490.30622440X-RAY DIFFRACTION91
3.9198-4.12470.3381450.31192456X-RAY DIFFRACTION91
4.1247-4.38060.31712240.2562365X-RAY DIFFRACTION92
4.3806-4.71470.27871020.24762531X-RAY DIFFRACTION92
4.7147-5.18170.24711910.23712498X-RAY DIFFRACTION95
5.1817-5.91440.30691330.25752723X-RAY DIFFRACTION99
5.9144-7.38820.30461360.26472768X-RAY DIFFRACTION100
7.3882-19.97170.2321530.22892842X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.352-1.0854-2.8552-2.1266-5.1222-1.8734-0.8153-1.01420.18510.49380.3298-0.27790.2375-1.10170.12131.49-0.4008-0.08721.5778-0.25511.002315.751718.920759.8064
26.5119-0.2476-0.9106-0.77570.8050.9136-0.21160.27560.9432-0.0737-0.30070.0493-1.56220.21390.49521.4793-0.5806-0.06051.0645-0.06261.053130.082636.634554.4045
35.8268-2.73060.67092.86934.14132.69921.0092-0.66031.35160.72710.0604-0.13530.196-0.1326-1.02011.7463-0.674-0.87081.64290.13431.707946.672250.853153.1674
45.18910.758-1.64186.7258-3.58363.38210.2051-0.57160.4333-0.7323-1.3070.2020.20860.83520.69811.014-0.8946-0.36961.2068-0.00641.522637.229145.640948.9626
51.7341-2.3831-0.91822.3663-0.96890.1613-0.3131-0.97180.50910.4378-0.158-0.50040.533-1.05250.28261.1967-0.591-0.3130.96720.36861.073245.191639.711646.6527
62.46810.0998-0.91860.0784-0.27710.5602-0.84511.9568-0.24340.77870.0315-0.21-0.5609-0.57030.8491.3542-0.4033-0.230.924-0.16850.565921.553727.271143.7979
71.36670.4532-0.06544.5919-3.48265.51020.1745-0.65120.33040.30120.15550.4407-0.2372-1.0306-0.36460.7492-0.25480.14831.4432-0.22341.0077-10.251511.077644.0032
87.1037-2.97541.6666-0.3953.98134.8930.4181-3.3308-0.7716-0.8475-0.57530.9634-0.81821.52550.15120.8936-0.1520.54172.1325-0.26820.9165-6.496-2.136666.5818
94.7055-4.42878.3743-3.50611.0751-4.94791.19981.2017-1.8436-0.4878-0.16680.8425-0.0747-1.2065-0.95680.91260.6715-0.07792.20750.25221.5317-18.649523.74123.8181
100.5712-1.03150.19231.86981.69970.5812-0.6210.27220.39770.03910.8241-0.27870.0798-0.56330.02750.7719-0.24360.02771.12360.01560.743134.13380.9145.4909
110.17360.53673.13481.4581.10742.1234-0.33310.2360.026-0.2283-0.70210.023-0.0320.73930.84060.8808-0.4188-0.19771.21010.16370.697745.602326.047338.2437
120.41071.00780.56965.04730.41881.6440.22650.5173-0.278-1.76012.55180.0524-0.0742-0.7195-2.54571.9075-0.7554-0.44741.71050.51241.567156.459444.139932.4431
130.8873-0.8724-0.41251.7238-0.70951.33620.2793-0.3044-0.37560.2813-0.8295-0.92630.3120.27940.34671.5291-1.0803-0.25091.33570.37941.507847.563738.583737.3413
140.0907-0.5108-0.9336-0.38740.02120.37820.4282-0.4895-0.15630.1099-0.38990.00560.3574-0.69880.2391.3601-0.7273-0.22491.38870.17551.115745.422939.48327.4187
15-0.8248-2.18521.11140.85440.1125-0.0040.07480.1407-0.33080.39830.46040.3316-0.10970.162-0.97720.7065-0.5373-0.08151.10720.20071.15329.768221.669340.0508
162.1153-2.1161-1.04526.0012-0.58670.0299-0.5066-0.5638-0.01810.21280.37350.2494-0.3049-0.0750.17271.1844-0.24720.25591.25370.06250.721113.3538-4.302458.3595
173.5752.99410.91713.7312-0.06612.0214-0.1408-1.1626-0.4888-1.892-0.5624-0.26241.2697-1.26210.88542.28340.05090.061.2626-0.01941.008624.1115-24.298445.1617
18-1.9243-0.4753-8.84752.1624-5.5201-5.4216-1.3117-0.4572-0.13621.1727-0.3371-0.97823.0474-1.82971.67541.03410.01890.15261.8243-0.23910.6964.36112.844574.7512
19-0.0471.35830.93481.36841.65511.5196-0.00220.25450.3336-0.38210.4549-0.3592-0.73420.2651-0.54480.5065-0.05630.04880.74530.09720.743822.56197.788715.2391
205.18350.7715-0.50692.7956-2.27686.4802-0.53860.3874-0.06610.3521-0.05541.4733-1.25640.3830.44410.8081-0.3518-0.33420.79730.1690.899932.179735.169619.5311
211.10840.87291.3563-0.86551.42234.4903-0.5567-0.1121.1197-0.05241.43851.9917-2.56180.7436-0.5853.1255-0.9366-0.19741.12240.43251.572839.254155.844220.7506
220.2879-1.3269-0.43542.10841.48062.83950.1058-0.2286-0.6315-1.5484-1.8265-0.7792-2.16120.40991.79972.3307-0.8784-0.46491.09710.26711.376837.864945.159724.9825
230.6387-1.5446-0.88632.70050.80972.5153-0.29020.16870.4745-1.17090.24150.581.31930.19050.32361.2589-0.4873-0.60870.96770.11421.41729.393150.375227.2026
241.1622-1.73121.70742.25870.38450.5096-0.25731.0580.09041.1638-0.6416-0.2521-0.03931.21240.7460.7805-0.2987-0.2710.74890.05890.867726.537823.82530.1344
253.00962.08081.29986.98673.19963.17410.02730.0245-0.2240.4490.2959-0.01810.33490.1559-0.33050.9194-0.04190.01250.88280.09490.862523.2416-12.00630.5789
263.23343.2242-0.44412.67220.6288-0.3669-0.3784-0.29170.9399-1.5099-0.35670.9082-0.30550.15350.28621.71740.0428-0.35871.3694-0.15111.5237.3134-14.075910.1976
275.6739-3.7691-7.03116.4272-7.42522.00480.5228-0.43-0.08661.73051.49840.42741.27320.0896-2.23532.32680.5841-0.96341.2348-0.28761.176239.6799-14.033449.3808
280.82411.217-0.75373.6051.36043.87960.6315-0.0906-0.17681.50440.0251-0.90990.3572-0.42480.32260.825-0.11590.0150.6871-0.26830.72-2.691324.919828.2161
290.83570.560.0973-1.1934-2.38061.35890.7759-0.21220.39540.271-0.526-0.995-0.73890.2469-0.20841.2344-0.2493-0.10640.985-0.15861.697216.562145.721635.6993
30-0.52060.4140.85860.65-2.95810.12441.03480.50930.3290.2358-0.17382.03560.63630.1342-0.98592.1912-0.2809-0.23061.3946-0.39282.024129.233462.524441.7001
310.1692-1.4834-1.13370.16190.92811.27031.7268-0.0883-0.2409-1.5662-2.3777-0.2781-2.25890.1660.42622.1233-0.6195-0.46581.1658-0.03451.930627.454352.208336.7593
320.26010.6747-0.05781.275-0.78660.2396-0.9321-0.0812-0.6064-1.05941.26911.0795-0.2560.5665-0.11341.3357-0.4599-0.29591.13510.03181.529328.707550.302947.0383
333.47151.1866-0.32494.61421.12371.72580.79150.79370.08490.7081-0.2071-2.7232-0.2190.3677-0.29370.6026-0.16150.03210.6588-0.14941.01718.415629.401333.904
344.63630.7696-0.27660.7793-0.27141.94310.21150.0212-0.03080.2372-0.3010.2520.2057-0.1020.13040.9025-0.07040.02970.8149-0.10180.81620.83652.631617.7254
355.26491.62294.62517.27455.5069-1.0411.2058-1.21860.1242.1671.05540.23911.5277-1.3751-1.85521.9137-0.0151-0.47191.89560.10511.4275-22.09816.30529.8022
361.36884.28964.11282.67330.6225-0.41160.6342-0.6085-1.02951.2723-0.3958-1.54061.343-0.2829-0.12121.26660.0663-0.17040.88440.38691.154220.326-3.98084.4723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 12:43
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 44:71
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 72:81
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 82:100
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 101:120
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 121:137
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 183:193
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND RESID 275:285
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESID 12:43
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 44:71
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND RESID 72:81
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND RESID 82:100
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND RESID 101:120
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND RESID 121:137
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND RESID 183:193
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND RESID 275:285
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND RESID 12:43
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND RESID 44:71
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND RESID 72:81
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN C AND RESID 82:100
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND RESID 101:120
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN C AND RESID 121:137
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN C AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN C AND RESID 183:193
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN C AND RESID 275:285
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN D AND RESID 12:43
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN D AND RESID 44:71
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN D AND RESID 72:81
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN D AND RESID 82:100
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN D AND RESID 101:120
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN D AND RESID 121:137
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN D AND (RESID 138:182 OR RESID 194:274 OR RESID 286:299)
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN D AND RESID 183:193
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN D AND RESID 275:285

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る