PDB-2wlk: STRUCTURE OF THE ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wlk

タイトル

STRUCTURE OF THE ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM

要素

ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10

キーワード

METAL TRANSPORT / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT / TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Two Intermediate Gating State Crystal Structures of the Kirbac3.1 K+ Channel
著者: Gulbis, J.M. / Kuo, A. / Smith, B. / Doyle, D.A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M.

履歴

登録	2009年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references / Non-polymer description ...Database references / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 0

THIS ENTRY 2WLK REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1XL6SF) ...

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wlk.cif.gz	307.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wlk.ent.gz	259.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wlk_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wlk_full_validation.pdf.gz	508.8 KB	表示
XML形式データ	2wlk_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	2wlk_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wlhC 2wliC 2wljC 2wllC 2wlmC 2wlnC 2wloC 2x6aC 2x6bC 2x6cC 1p7bS 1xl4 1xl6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2p82-d 1gju-1 1qbk-d 2wlj-1 4u4c-d 3bny-d 5e02-d 5hsh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10

B: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10

ヘテロ分子

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10

B: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10

ヘテロ分子

A: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10

B: ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.760, 107.530, 89.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1302- K
2	1	A-1303- K
3	1	A-1304- K
4	1	A-1305- K
5	1	A-1307- K
6	1	B-1302- SPM

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label alt-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	THR	B	THR	A	A	34 - 136	34 - 136
2	1	LEU	LEU	THR	B	THR	B	B	34 - 136	34 - 136
1	2	LYS	LYS	HIS		HIS	A	A	11 - 301	11 - 301
2	2	LYS	LYS	HIS		HIS	B	B	11 - 301	11 - 301

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ATP-SENSITIVE INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 10 / KIRBAC3.1 分子量: 33782.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア) プラスミド: PET-30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: D9N164*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1XL6.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 90MM HEPES, 2.5% PEG 8000, 2.5% PEG 4000, 20% PEG 400, 12.5MM MAGNESIUM CHLORIDE, 42.5MM MAGNESIUM ACETATE, 2.5% GLYCEROL, 14MM HEGA-10 , PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 28510 / B_iso Wilson estimate: 0 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P7B

1p7b

解像度: 2.8→28.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 30.591 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. REREFINEMENT OF PDB ENTRY 1XL6. IMPROVED REFINEMENT STATISTICS WERE OBTAINED, AND AN ALTERNATE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2801	1308	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24668	-	-	-
obs	0.24836	24241	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.034 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4569	0	20	33	4622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.947	8462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.535	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.617	22.49	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.399	15	929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.603	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.967	1.5	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.361	2	6249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.062	3	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.408	4.5	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	770	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	770	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	2249	tight positional	0.07	0.05
2	2	B	2249	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	770	tight thermal	1.09	0.5
1	2	B	770	tight thermal	1.09	0.5
2	1	A	2249	tight thermal	3.6	0.5
2	2	B	2249	tight thermal	3.6	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.51	77	-
R_work	0.381	1720	-
obs	-	-	97.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.3207	4.1641	0.3793	1.6812	0.154	0.0156	-0.5151	1.2414	-0.282	-0.2044	0.5131	-0.1134	-0.0184	0.0569	0.002	0.0739	-0.0481	-0.0216	0.2319	0.0122	0.0835	45.8151	-81.6945	212.9958
2	0.3136	-0.0194	0.8387	0.1151	0.1379	2.576	0.0095	-0.0267	0.0222	0.14	-0.0815	0.02	0.309	-0.1685	0.0719	0.2716	-0.0185	-0.0244	0.1599	-0.0372	0.0489	45.7963	-64.8813	174.8081
3	0.2705	-0.2433	0.4645	0.3291	-0.796	2.2511	0.0233	0.0683	-0.0427	0.079	-0.0844	0.0299	-0.1884	0.2836	0.0611	0.1837	0.0425	0.0361	0.0751	0.0404	0.1242	61.9817	-74.129	221.8414
4	0.0024	-0.0834	-0.0292	4.4751	1.59	0.5703	0.1022	0.0071	-0.0255	-1.3389	-0.6628	1.3044	-0.454	-0.2495	0.5606	0.4874	0.2755	-0.3036	0.2268	-0.1355	0.4759	24.9253	-46.8804	213.0124
5	0.3499	0.3246	-0.4215	0.8191	-1.492	2.8909	-0.0263	-0.1451	0.1381	0.064	0.0397	0.036	-0.1147	-0.2844	-0.0134	0.1181	-0.0013	-0.0393	0.2739	-0.0148	0.1076	41.745	-46.7359	174.5787
6	0.6572	0.1693	-0.8415	0.7317	-0.1765	1.3549	-0.0115	-0.1781	0.1037	-0.1958	0.0597	-0.053	0.118	0.0295	-0.0482	0.103	-0.107	0.0497	0.2421	-0.0588	0.1381	32.7066	-62.8627	221.9381

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	137 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	11 - 27
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	33 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	137 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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