PDB-2wlj: Potassium channel from Magnetospirillum magnetotacticum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wlj

タイトル

Potassium channel from Magnetospirillum magnetotacticum

要素

POTASSIUM CHANNEL

キーワード

METAL TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Two Intermediate Gating State Crystal Structures of the Kirbac3.1 K+ Channel
著者: Gulbis, J.M. / Kuo, A. / Smith, B. / Doyle, D.A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M.

履歴

登録	2009年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 0

THIS ENTRY 2WLJ REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1XL4SF) ...

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wlj.cif.gz	243.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wlj.ent.gz	200 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wlj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wlj_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wlj_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	2wlj_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	2wlj_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wlhC 2wliC 2wlkC 2wllC 2wlmC 2wlnC 2wloC 2x6aC 2x6bC 2x6cC 1p7bS 1xl4 1xl6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wlh-1 6o9u-1 1xl4-1 1t7l-d 4zo8-d 2x6a-1 6kj0-d 2wlm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: POTASSIUM CHANNEL

B: POTASSIUM CHANNEL

ヘテロ分子

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POTASSIUM CHANNEL

B: POTASSIUM CHANNEL

ヘテロ分子

A: POTASSIUM CHANNEL

B: POTASSIUM CHANNEL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.627, 109.385, 88.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1300- K
2	1	A-1301- K
3	1	A-1305- CA

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC3.1 分子量: 33782.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG APPENDED 由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: D9N164*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 180分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

配列の詳細	RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1XL4.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 90MM HEPES, 2.5% PEG 8000, 2.5% PEG 4000, 20% PEG 400, 12.5MM MAGNESIUM CHLORIDE, 42.5MM MAGNESIUM ACETATE, 2.5% GLYCEROL, 14MM HEGA-10, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.6→26 Å / Num. obs: 29551

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P7B

1p7b

解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 17.526 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. THIS ENTRY IS A RE-REFINEMENT OF PDB ENTRY 1XL4. IMPROVED REFINEMENT STATISTICS WERE OBTAINED ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24331	1525	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22028	-	-	-
obs	0.22148	27897	91.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.133 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4331	0	20	173	4524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	4562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.934	6207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.821	5	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.239	21.932	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.305	15	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.804	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.334	1.5	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.083	2	4482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.128	3	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.209	4.5	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	122	-
R_work	0.328	1771	-
obs	-	-	82.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1462	0.4983	0.3902	1.7075	1.3411	1.0552	0.0056	-0.0195	0.0504	0.0577	-0.0826	0.134	0.0487	-0.0616	0.077	0.019	-0.0305	-0.0383	0.0503	0.0552	0.201	45.7151	-77.8281	204.3821
2	3.4648	-0.9597	5.1033	0.9008	-1.1219	8.0739	0.005	0.2517	-0.0615	0.219	-0.0631	0.1989	0.35	0.2835	0.058	0.2286	-0.0469	0.0845	0.0379	-0.0183	0.0799	47.0158	-71.0043	176.0112
3	6.1866	2.9694	-1.8686	1.9504	-2.1894	3.7547	-0.0336	0.6602	0.1174	-0.0766	0.3629	0.185	0.1255	-0.2971	-0.3293	0.0771	0.0091	-0.0527	0.0775	0.0121	0.0543	42.252	-67.3206	154.567
4	2.4106	2.5813	1.3382	3.0582	1.343	0.772	0.1159	0.1003	-0.1163	-0.0629	-0.0181	0.0214	0.0988	0.1058	-0.0978	0.1914	0.0284	-0.0819	0.108	-0.0796	0.079	48.4201	-65.708	164.1201
5	3.3534	0.4528	0.4209	3.5366	0.178	0.0573	0.2088	0.2405	-0.2486	0.1377	-0.2042	0.6752	0.0333	0.0212	-0.0046	0.0624	-0.0092	-0.0087	0.0771	-0.0538	0.1698	40.3444	-59.5661	164.4426
6	7.0928	-2.6606	7.6082	2.272	-3.008	8.1862	0.2073	-0.0802	-0.0351	-0.0218	-0.1574	0.0789	0.1948	-0.0746	-0.0499	0.0793	0.0248	0.0145	0.0476	-0.0024	0.006	51.9403	-61.7454	188.2817
7	0.1212	-0.188	0.0026	0.5129	-0.2887	0.8256	0.0299	-0.033	0.0348	-0.0355	0.03	0.0623	0.0898	0.1279	-0.0599	0.0344	0.0148	0.0263	0.033	-0.0046	0.0892	62.2344	-75.134	220.2313
8	7.3102	-3.8849	-2.9016	2.1521	1.7868	2.3498	0.0777	0.1788	-0.0733	-0.0375	-0.0036	0.0186	-0.0117	-0.0069	-0.0741	0.0014	-0.003	0.0006	0.1462	0.0083	0.0534	37.7897	-78.9431	229.7489
9	6.1668	-4.2251	-2.695	2.923	2.1552	4.5459	0.02	0.0716	-0.0379	-0.0443	-0.0612	0.0286	-0.3133	-0.1177	0.0412	0.0286	0.0138	0.0031	0.028	0.0242	0.0264	85.1541	-75.8257	210.3411
10	0.9078	-0.7181	0.9461	0.5717	-0.7488	0.9862	-0.4581	-0.0267	0.2616	0.4638	0.0959	-0.1688	-0.5749	-0.0249	0.3622	0.5994	-0.0593	0.1483	0.178	-0.1843	0.4815	33.3781	-42.877	197.4337
11	1.0076	1.5814	-1.3578	2.6075	-2.8058	5.5632	-0.1467	-0.2064	0.0679	-0.3094	-0.1243	0.0413	0.4011	-0.7263	0.271	0.058	0.008	0.0142	0.3283	-0.0954	0.0403	36.5666	-48.7602	175.8991
12	1.1559	-2.851	-2.0202	7.0347	4.9826	3.5309	0.1951	0.0451	0.0453	-0.5077	-0.107	-0.1017	-0.3521	-0.079	-0.0881	0.0847	-0.0024	-0.0197	0.0868	0.0554	0.045	40.0023	-44.0161	154.6615
13	7.5212	-0.0146	1.1684	0.002	-0.0039	0.1949	-0.0127	0.2361	0.2282	-0.0087	0.0013	0.0079	0.0336	0.0614	0.0114	0.0997	0.0307	-0.059	0.1418	0.022	0.0503	41.9499	-50.2361	164.0562
14	5.005	0.1007	0.4075	3.3023	-1.4222	0.6632	-0.1735	0.0016	0.8887	-0.037	0.2769	0.4693	0.0074	-0.0919	-0.1034	0.0464	0.0163	-0.0277	0.0738	0.0557	0.2268	47.9669	-42.0529	164.4215
15	4.6352	3.9654	-3.6526	9.1156	-8.4067	7.7534	0.2005	-0.1264	-0.1293	0.1011	-0.1089	0.0976	-0.096	0.1036	-0.0916	0.0338	-0.0396	-0.0066	0.0516	0.0013	0.0113	45.6229	-53.5128	188.2469
16	0.2011	0.0199	-0.0693	0.0793	-0.1626	0.8242	-0.003	-0.0013	0.1083	-0.0075	-0.0166	-0.04	0.1381	-0.0906	0.0196	0.0318	-0.0284	-0.0071	0.0455	0.0174	0.0962	33.1343	-63.8792	220.4593
17	3.4443	5.0393	1.4815	9.1616	4.0532	2.626	-0.0569	-0.1377	0.2508	-0.3163	-0.1284	0.4452	-0.2631	0.0214	0.1852	0.0506	0.0222	-0.0476	0.0527	-0.0616	0.0931	28.3693	-39.7609	229.889
18	2.4893	-1.2295	-0.2587	6.2881	1.8703	2.8998	0.042	-0.0944	-0.1204	0.3329	0.0906	0.0415	0.1624	-0.011	-0.1326	0.0254	-0.0006	-0.0045	0.005	0.005	0.0179	36.2786	-86.9096	213.6158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	82 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	101 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	121 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	138 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	194 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	286 - 299
10	X-RAY DIFFRACTION	8	A	183 - 193
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	275 - 285
12	X-RAY DIFFRACTION	10	B	12 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	44 - 71
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	72 - 81
15	X-RAY DIFFRACTION	13	B	82 - 100
16	X-RAY DIFFRACTION	14	B	101 - 120
17	X-RAY DIFFRACTION	15	B	121 - 137
18	X-RAY DIFFRACTION	16	B	138 - 182
19	X-RAY DIFFRACTION	16	B	194 - 274
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	286 - 299
21	X-RAY DIFFRACTION	17	B	183 - 193
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	275 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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