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- PDB-2wlh: POTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wlh
タイトルPOTASSIUM CHANNEL FROM MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM
要素POTASSIUM CHANNEL
キーワードMETAL TRANSPORT / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set ...G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Domain Reorientation and Rotation of an Intracellular Assembly Regulate Conduction in Kir Potassium Channels.
著者: Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / Vandenberg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
履歴
登録2009年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0538
ポリマ－33,7831
非ポリマー2707
水181
1
A: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子

A: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子

A: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子

A: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,21132
ポリマ－135,1314
非ポリマー1,08028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area24190 Å2
ΔGint-137.1 kcal/mol
Surface area46710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.279, 106.279, 90.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1300-

K

21A-1301-

K

31A-1302-

K

41A-1304-

K

51A-1305-

K

61A-1306-

K

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要素

#1: タンパク質 POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC3.1


分子量: 33782.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG APPENDED
由来: (組換発現) MAGNETOSPIRILLUM MAGNETOTACTICUM (バクテリア)
解説: EXPRESSED RECOMBINANTLY IN ESCHERICHIA COLI. / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: D9N164*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 5-295 CORRESPOND TO GENBANK ACCESSION ZP_00055625

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PRECIPITANT: 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN: 8MG/ML KB3.1 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 0.05% TDM 4MM LDAO PROTEIN PRECIPITANT COMBINED IN 1:1 RATIO, ...詳細: PRECIPITANT: 40 % PEG 200 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 6.0 PROTEIN: 8MG/ML KB3.1 150MM KCL 20MM TRIS PH 8.0 0.05% TDM 4MM LDAO PROTEIN PRECIPITANT COMBINED IN 1:1 RATIO, THEN EQUILIBRATED IN SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION SET-UP WITH RESERVOIR OF PRECIPITANT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956668
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956668 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→50 Å / Num. obs: 8448 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 3.28→3.4 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XL4

1xl4


解像度: 3.28→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 44.264 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.481 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-11, 28-32 AND 300-301 ARE DISORDERED. STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED IN PHENIX, THEN TRANSFERRED TO REFMAC FOR FINAL REFINEMENT. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-11, 28-32 AND 300-301 ARE DISORDERED. STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED IN PHENIX, THEN TRANSFERRED TO REFMAC FOR FINAL REFINEMENT. ANISOTROPIC THERMAL PARAMETERS WERE INTRODUCED USING TLS IN PHENIX, NOT REFINED EXPLICITLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 497 6.16 %SHELLS
Rwork0.2128 ---
obs0.216 8140 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 95.905 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.605 Å20 Å20 Å2
2--2.605 Å20 Å2
3----5.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.28→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 7 1 2234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.9373104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5415281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.15522.33103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.15115358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0251517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2641.51405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.87122268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.293878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9474.5836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.279→3.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.284 556 -
Rfree-0 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.254-0.96921.28811.53850.12942.92810.1825-0.0001-0.0379-0.4805-0.36130.1713-0.2666-0.49340.17880.18110.149-0.00370.16-0.01530.502-9.833-31.94718.741
20.20750.1336-0.08990.1635-0.53923.1267-0.1574-0.0718-0.2336-0.0094-0.0259-0.1608-0.4791-0.30690.18320.1960.11570.14470.21480.03650.2735-11.541-40.18146.291
36.3910.62933.319711.21427.49936.33890.3635-0.5234-0.1354-0.5014-0.36980.1116-0.171-0.49680.00630.21090.06320.10280.31490.0160.096-14.747-45.40467.494
45.1723-0.483-0.30710.04770.10312.3945-0.1037-0.326-0.16880.00740.03490.0179-0.0792-0.16660.06880.26510.0740.06640.1655-0.02690.1237-8.317-44.63757.987
53.773-1.5192-3.2594.35022.22553.0410.21390.62710.31340.31380.0417-0.0204-0.0768-0.4923-0.25560.1335-0.01820.02140.32720.09640.1464-13.562-53.49757.636
67.4121.4774-5.07634.8026-1.67913.5821-0.4115-0.1197-0.32280.05180.0826-0.54290.2760.03290.32890.1764-0.04230.01620.1856-0.15540.2714-2.845-46.43934.275
70.72440.41380.26691.0503-1.08314.1321-0.01020.07980.0084-0.0417-0.01820.1271-0.10720.24550.02850.1657-0.02450.0290.12260.00920.19239.186-33.4922.13
88.71746.58069.104613.38076.82049.5145-0.1623-0.3698-0.2678-0.29440.43670.4717-0.1855-0.3725-0.27440.18980.0606-0.08810.24650.05520.1348-14.588-28.877-7.526
926.95844.137915.79814.6946.411713.18460.09450.9802-1.1459-0.48480.3906-0.0818-0.41260.8039-0.48510.465-0.0380.01060.35270.16950.777732.486-36.899.226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3A72 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4A82 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5A101 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6A121 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7A138 - 182
8X-RAY DIFFRACTION7A194 - 274
9X-RAY DIFFRACTION7A286 - 299
10X-RAY DIFFRACTION8A183 - 193
11X-RAY DIFFRACTION9A275 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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