- PDB-2wbz: 1.6 A Structure of Thaumatin Crystallized without Tartrate at 4 C -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbz
タイトル
1.6 A Structure of Thaumatin Crystallized without Tartrate at 4 C
要素
Thaumatin Iソーマチン
キーワード
PLANT PROTEIN (植物) / TASTE-MODIFYING PROTEIN / KINETICS OF CRYSTALLIZATION / SWEET PROTEIN (甘味) / DISULFIDE BOND (ジスルフィド) / THAUMATIN (ソーマチン) / CHIRALITY / MICROBATCH / TEMPERATURE / CYTOPLASMIC VESICLE
モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.8209 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.6→23 Å / Num. obs: 35012 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル
解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.5.0087
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
MOLREP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→21.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.181 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.175
1755
5 %
RANDOM
Rwork
0.156
-
-
-
obs
0.157
33194
100 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK