PDB-2wa4: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA WITH N,3-dihydroxybenzamide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wa4

タイトル

FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA WITH N,3-dihydroxybenzamide

要素

HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HYDROXYLASE / DIOXYGENASE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / HYPOXIA

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Conejo-Garcia, A. / Lienard, B.M.R. / Clifton, I.J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for binding of cyclic 2-oxoglutarate analogues to factor-inhibiting hypoxia-inducible factor.
著者: Conejo-Garcia, A. / McDonough, M.A. / Loenarz, C. / McNeill, L.A. / Hewitson, K.S. / Ge, W. / Lienard, B.M. / Schofield, C.J. / Clifton, I.J.

履歴

登録	2009年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年2月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wa4.cif.gz	154.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wa4.ent.gz	124 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wa4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wa4_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wa4_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	2wa4_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	2wa4_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wa4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w0xC 2wa3C 1h2nS 1h2k 1h2l 1h2m 1iz3 1mze 1mzf 1yci 2cgn 2cgo C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1h2n-1 1mzf-2 1mze-2 3kcy-1 1iz3-1 4bio-1 4b7k-1 6ha6-1 2wa3-1 4z1v-1 3kcx-1 6hl5-1 6hl6-1 2w0x-1 5opc-1 1yci-1 5op8-1 4ai8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (11)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

ヘテロ分子

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.115, 87.115, 150.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2015- HOH

#1: タンパク質	HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR / FACTOR INHIBITING HIF1 / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR ASPARAGINE HYDROXYLASE / FACTOR INHIBITING HIF-1 / FIH-1 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NWT6, peptide-aspartate beta-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-069 / N,3-DIHYDROXYBENZAMIDE 分子量: 153.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇NO₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	N,3-DIHYDROXYBENZAMIDE (069): PUBCHEM CID 24701909

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 1.5M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, 3% PEG400, 1MM FESO4, 28MB/ML PROTEIN, 10MM SUBSTRATE. CRYSTALS ARE DEEP RED.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.488
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月10日 / 詳細: RH COATED MIRROR
放射	モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→37.77 Å / Num. obs: 20923 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 77 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H2N

1h2n

解像度: 2.5→75.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 17.271 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC U FACTORS CALCULATED FROM TLS MODEL. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26672	1039	5 %	RANDOM
R_work	0.21124	-	-	-
obs	0.2139	19768	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.511 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→75.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2726	0	28	54	2808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.955	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.009	3.001	4699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.626	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.651	24.74	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.135	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.521	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.199	0.2	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.262	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.322	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.33	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.061	1.5	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.209	1.5	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.72	2	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.579	3	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.952	4.5	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.497	81	-
R_work	0.45	1455	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1262	-2.816	-1.7995	20.6525	8.4222	3.5479	-0.81	1.4008	-0.006	-1.3645	0.5233	0.4017	-1.097	0.1824	0.2867	0.4962	-0.0912	-0.2067	0.5207	-0.0948	0.483	4.163	26.243	12.21
2	1.1045	0.5737	-0.0284	3.97	1.1148	3.2418	-0.166	0.2233	0.0065	-0.6824	0.0039	0.2431	0.0475	0.0773	0.1621	0.206	-0.0684	-0.1465	-0.2363	0.017	0.5585	19.699	25.187	15.478
3	3.0527	0.9747	1.1106	4.964	1.6726	1.155	0.0813	-0.5005	0.0146	0.9025	-0.2865	-0.0737	0.5336	-0.3232	0.2052	0.4009	-0.1361	0.0747	-0.036	0.0723	0.4167	17.711	22.578	40.27
4	29.0564	7.0135	11.0267	2.1703	4.7672	13.4712	-0.1909	-0.3923	0.1926	0.4469	0.0899	1.0699	0.5299	0.1149	0.1011	0.4117	-0.2104	0.1696	0.0661	-0.19	0.5363	9.877	19.205	41.495
5	3.0993	-0.3219	-1.8969	4.2356	2.3749	6.3931	0.0764	-0.3364	-0.0979	0.8269	0.1271	-0.2058	0.9206	0.1179	-0.2034	0.3466	-0.1205	-0.1173	-0.2448	0.0314	0.551	19.06	13.004	27.853
6	1.1	1.0808	0.9103	2.2066	1.7212	1.6623	-0.0006	-0.0827	-0.0562	-0.0127	0.0552	0.0342	0.0987	0.2026	-0.0545	0.1886	-0.0255	-0.0732	-0.0938	-0.0001	0.5765	26.372	34.404	29.145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	137 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	174 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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