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- PDB-2w9l: CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w9l
タイトルCANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID
要素
  • COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
  • FIBRE PROTEIN
キーワードRECEPTOR / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / CAR / KNOB / FIBER / FIBRE / CAV-2 / CANINE / COMPLEX / ERYTHROCYTE / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / FIBER HEAD / ADENOVIRUS / FIBRE HEAD / LIPOPROTEIN / FIBER PROTEIN / CELL JUNCTION / CELL ADHESION / RED BLOOD CELL / COXSACKIEVIRUS / PHOSPHOPROTEIN / MEMBRANE / SECRETED / PALMITATE / DOMAIN D1 / HOST-VIRUS INTERACTION / VIRUS-RECEPTOR COMPLEX / TRANSMEMBRANE / CELL MEMBRANE / SIALYL-LACTOSE / TIGHT JUNCTION / PHOSPHORYLATION / HEMAGGLUTINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / germ cell migration / apicolateral plasma membrane / transepithelial transport ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / germ cell migration / apicolateral plasma membrane / transepithelial transport / cell-cell junction organization / connexin binding / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / mitochondrion organization / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / filopodium / PDZ domain binding / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / neuromuscular junction / beta-catenin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / viral capsid / cell-cell junction / integrin binding / cell junction / virus receptor activity / heart development / cell body / growth cone / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / defense response to virus / cell adhesion / symbiont entry into host cell / neuron projection / membrane raft / signaling receptor binding / host cell nucleus / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coxsackievirus and adenovirus receptor / Fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
CANINE ADENOVIRUS 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Seiradake, E. / Henaff, D. / Wodrich, H. / Billet, O. / Perreau, M. / Hippert, C. / Mennechet, F. / Schoehn, G. / Lortat-Jacob, H. / Dreja, H. ...Seiradake, E. / Henaff, D. / Wodrich, H. / Billet, O. / Perreau, M. / Hippert, C. / Mennechet, F. / Schoehn, G. / Lortat-Jacob, H. / Dreja, H. / Ibanes, S. / Kalatzis, V. / Wang, J.P. / Finberg, R.W. / Cusack, S. / Kremer, E.J.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2009
タイトル: The cell adhesion molecule "CAR" and sialic acid on human erythrocytes influence adenovirus in vivo biodistribution.
著者: Seiradake, E. / Henaff, D. / Wodrich, H. / Billet, O. / Perreau, M. / Hippert, C. / Mennechet, F. / Schoehn, G. / Lortat-Jacob, H. / Dreja, H. / Ibanes, S. / Kalatzis, V. / Wang, J.P. / ...著者: Seiradake, E. / Henaff, D. / Wodrich, H. / Billet, O. / Perreau, M. / Hippert, C. / Mennechet, F. / Schoehn, G. / Lortat-Jacob, H. / Dreja, H. / Ibanes, S. / Kalatzis, V. / Wang, J.P. / Finberg, R.W. / Cusack, S. / Kremer, E.J.
履歴
登録2009年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.32017年7月12日Group: Advisory / カテゴリ: database_PDB_caveat
改定 2.02019年1月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _database_PDB_caveat.text / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.details / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.site_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 4.02021年7月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_conn.pdbx_value_order
改定 4.12023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
B: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
C: FIBRE PROTEIN
D: FIBRE PROTEIN
E: FIBRE PROTEIN
F: FIBRE PROTEIN
G: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
H: FIBRE PROTEIN
I: FIBRE PROTEIN
J: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
K: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
L: FIBRE PROTEIN
M: FIBRE PROTEIN
N: FIBRE PROTEIN
O: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
P: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
Q: FIBRE PROTEIN
R: FIBRE PROTEIN
S: FIBRE PROTEIN
T: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
V: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
X: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
Y: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
Z: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,54036
ポリマ－425,88324
非ポリマー5,65712
水2,828157
1
A: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
G: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
Q: FIBRE PROTEIN
R: FIBRE PROTEIN
S: FIBRE PROTEIN
Z: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8859
ポリマ－106,4716
非ポリマー1,4143
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
D: FIBRE PROTEIN
E: FIBRE PROTEIN
F: FIBRE PROTEIN
K: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
O: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8859
ポリマ－106,4716
非ポリマー1,4143
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: FIBRE PROTEIN
H: FIBRE PROTEIN
I: FIBRE PROTEIN
J: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
P: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
T: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8859
ポリマ－106,4716
非ポリマー1,4143
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
L: FIBRE PROTEIN
M: FIBRE PROTEIN
N: FIBRE PROTEIN
V: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
X: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
Y: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8859
ポリマ－106,4716
非ポリマー1,4143
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)221.150, 221.150, 391.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11J
21T
31O
41K
51P
61V
71X
81Y
91A
101G
111Z
12H
22C
32D
42E
52F
62I
72L
82M
92N
102Q
112R
122S

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115J19 - 80
2115T19 - 80
3115O19 - 80
4115K19 - 80
5115P19 - 80
6115V19 - 80
7115X19 - 80
8115Y19 - 80
9115A19 - 80
10115G19 - 80
11115Z19 - 80
1215J83 - 137
2215T83 - 137
3215O83 - 137
4215K83 - 137
5215P83 - 137
6215V83 - 137
7215X83 - 137
8215Y83 - 137
9215A83 - 137
10215G83 - 137
11215Z83 - 137
1122H361 - 373
2122C361 - 373
3122D361 - 373
4122E361 - 373
5122F361 - 373
6122I361 - 373
7122L361 - 373
8122M361 - 373
9122N361 - 373
10122Q361 - 373
11122R361 - 373
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1222H383 - 542
2222C383 - 542
3222D383 - 542
4222E383 - 542
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6222I383 - 542
7222L383 - 542
8222M383 - 542
9222N383 - 542
10222Q383 - 542
11222R383 - 542
12222S383 - 542

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR / COXSACKIEVIRUS B-ADENOVIRUS RECEPTOR / HCVADR / HCAR / CVB3-BINDING PROTEIN


分子量: 13804.705 Da / 分子数: 12 / 断片: DOMAIN D1, RESIDUES 16-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 BLUE / 参照: UniProt: P78310
#2: タンパク質
FIBRE PROTEIN / CANINE ADENOVIRUS FIBRE HEAD / PIV


分子量: 21685.541 Da / 分子数: 12 / 断片: FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANINE ADENOVIRUS 2 (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q65914
#3: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Gulp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-gulopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGulpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2212h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Gulp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONTAINS POLY-HIS TAG

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93927
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.6 Å / Num. obs: 105112 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.18 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.18
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 8.37 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J1K

2j1k


解像度: 2.91→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 34.734 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE ARE 24 NCS OPERATIONS, WHICH CAN BE PICKED UP EASILY WITH REGULAR CRYSTALLOGRAPHIC SOFTWARE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1034 1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 104076 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.54 Å20 Å20 Å2
2---1.54 Å20 Å2
3---3.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28130 0 384 157 28671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02229219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.97739835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9773.00147947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69953608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57624.7491194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.872154783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.28715127
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.24626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0231926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.24957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.219518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.214300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.215559
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3051.523402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.391229548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.823313015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4484.510287
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
21H1011tight positional0.030.05
22C1011tight positional0.030.05
23D1011tight positional0.030.05
24E1011tight positional0.030.05
25F1011tight positional0.030.05
26I1011tight positional0.030.05
27L1011tight positional0.030.05
28M1011tight positional0.030.05
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LS精密化 シェル解像度: 2.91→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 79 -
Rwork0.292 7640 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3G17 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4J17 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5K16 - 138
6X-RAY DIFFRACTION6O19 - 139
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8X-RAY DIFFRACTION8T19 - 137
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11X-RAY DIFFRACTION11Y19 - 137
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19X-RAY DIFFRACTION19L361 - 542
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22X-RAY DIFFRACTION22Q361 - 542
23X-RAY DIFFRACTION23R361 - 542
24X-RAY DIFFRACTION24S361 - 542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る