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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w2h | ||||||
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タイトル | Structural basis of transcription activation by the Cyclin T1-Tat-TAR RNA complex from EIAV | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / TAR / TAT / CYCLIN / NUCLEUS / ACTIVATOR / CYCLIN T1 / HOST-VIRUS INTERACTION / TRANSCRIPTION REGULATION / CELL CYCLE / RNA-BINDING / ACETYLATION / COILED COIL / TRANSCRIPTION / CELL DIVISION / CRYSTALLIZATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA-binding transcription regulator activity / viral process / cell cycle ...7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA-binding transcription regulator activity / viral process / cell cycle / cell division / DNA-templated transcription / host cell nucleus / regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anand, K. / Geyer, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights Into the Cyclin T1-Tat-Tar RNA Transcription Activation Complex from Eiav. 著者: Anand, K. / Schulte, A. / Vogel-Bachmayr, K. / Scheffzek, K. / Geyer, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 486.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 562.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pk2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0005, -1, 0.0094), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30843.354 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 5-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GENBANK\: AF137509 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3493.091 Da / 分子数: 2 断片: CYCLIN BOX DOMAIN OF EQUINE CYCLIN T1, RESIDUES 47-75 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PGEX-4T1 / プラスミド: PGEX-4T1 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: RNA鎖 | 分子量: 7027.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PURIFIED SINGLE-STRANDED DNA OLIGONUCLEOTIDES 由来: (合成) ![]() #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | CYCLIN T1- TAT IS FUSION COMPLEX. MUTATION IN NUCLEOTIDE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: 7% PEG 8000, 0.1M HEPES PH7.4 0.1 M AMMONIUM SULPHATE, 15 MM MNCL2, 5% ETHYLENE GLYCOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→30 Å / Num. obs: 22461 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 103.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.74 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 8.74 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PK2 解像度: 3.25→29.927 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 30.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 114.396 Å2 / ksol: 0.274 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 137.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→29.927 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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