[日本語] English
万見
- PDB-1ze2: Conformational change of pseudouridine 55 synthase upon its assoc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ze2
タイトルConformational change of pseudouridine 55 synthase upon its association with RNA substrate
要素
  • 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*AP*UP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*C)-3'
  • tRNA pseudouridine synthase B
キーワードLYASE/RNA / Protein-RNA complex / LYASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification / RNA binding
類似検索 - 分子機能
tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 ...tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA pseudouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Phannachet, K. / Huang, R.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Conformational change of pseudouridine 55 synthase upon its association with RNA substrate
著者: Phannachet, K. / Huang, R.H.
履歴
登録2005年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 999SEQUENCE According to the authors the conflicts at residues 296 and 307 are likely due to an error ...SEQUENCE According to the authors the conflicts at residues 296 and 307 are likely due to an error in the database sequence.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*AP*UP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*AP*UP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*C)-3'
A: tRNA pseudouridine synthase B
B: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2914
ポリマ－85,2914
非ポリマー00
水3,387188
1
C: 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*AP*UP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*C)-3'
A: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6452
ポリマ－42,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*AP*UP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*C)-3'
B: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6452
ポリマ－42,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.975, 134.975, 139.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*AP*UP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*C)-3'


分子量: 7101.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase


分子量: 35544.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: truB / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9WZW0, pseudouridylate synthase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / Density meas: 65.5 Mg/m3 / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG600011
2H2O11
3PEG600012
4H2O12

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C10.9793
シンクロトロンAPS 19-ID20.9797, 0.9800, 0.9574
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97971
30.981
40.95741
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 22770 / Num. obs: 26335 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.318 1844 Random
Rwork0.261 --
all-22872 -
obs-21028 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4176 938 0 188 5302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0083
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る