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- PDB-5zyp: Structure of the Yeast Ctr9/Paf1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zyp
タイトルStructure of the Yeast Ctr9/Paf1 complex
要素RNA polymerase-associated protein CTR9,RNA polymerase II-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transciption / Complex / TPR
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA transcription by RNA polymerase II / sno(s)RNA transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / sno(s)RNA 3'-end processing / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / triplex DNA binding / Cdc73/Paf1 complex / global genome nucleotide-excision repair ...snoRNA transcription by RNA polymerase II / sno(s)RNA transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / sno(s)RNA 3'-end processing / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / triplex DNA binding / Cdc73/Paf1 complex / global genome nucleotide-excision repair / negative regulation of DNA recombination / rDNA heterochromatin formation / mRNA 3'-end processing / negative regulation of mitophagy / RNA polymerase II complex binding / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription coregulator activity / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated transcription termination / G1/S transition of mitotic cell cycle / euchromatin / rRNA processing / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / RNA polymerase II-associated protein 1 / RNA polymerase-associated protein CTR9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.532 Å
データ登録者Xie, Y. / Zheng, M. / Zhou, H. / Long, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2014CB910201 中国
National Natural Science Foundation of China31470755 中国
National Natural Science Foundation of China31670758 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Paf1 and Ctr9 subcomplex formation is essential for Paf1 complex assembly and functional regulation.
著者: Xie, Y. / Zheng, M. / Chu, X. / Chen, Y. / Xu, H. / Wang, J. / Zhou, H. / Long, J.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase-associated protein CTR9,RNA polymerase II-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2794
ポリマ－45,1031
非ポリマー1763
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.953, 95.953, 115.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-802-

NI

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase-associated protein CTR9,RNA polymerase II-associated protein 1 / Centromere-binding factor 1-dependent protein 1 / Cln three-requiring protein 9 / Protein PAF1


分子量: 45102.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of residues 1-313 from CTR9 (UNP P89105) and residues from 34-103 from Paf1 (RNA polymerase II-associated protein 1, UNP P38351)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTR9, CDP1, YOL145C, PAF1, YBR279W, YBR2016 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P89105, UniProt: P38351
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.5, 0.8M Lithium sulfate, 0.01M Nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 35677 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / Num. unique obs: 2051 / Rpim(I) all: 0.395

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155_000)精密化
HKL-2000v714データ削減
HKL-2000v714データスケーリング
PHENIX(1.10_2155_000)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.532→47.976 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 3579 10.03 %
Rwork0.1938 --
obs0.1989 35677 90.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.532→47.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2739 0 3 85 2827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9843780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8571699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5322-2.56550.3374400.2463355X-RAY DIFFRACTION26
2.5655-2.60060.2544680.2473560X-RAY DIFFRACTION41
2.6006-2.63780.3219840.2295828X-RAY DIFFRACTION61
2.6378-2.67720.30241090.228958X-RAY DIFFRACTION70
2.6772-2.7190.23611160.23861044X-RAY DIFFRACTION77
2.719-2.76360.27181360.22721230X-RAY DIFFRACTION88
2.7636-2.81120.29931410.2221293X-RAY DIFFRACTION95
2.8112-2.86230.30261490.231292X-RAY DIFFRACTION96
2.8623-2.91740.27441410.22171379X-RAY DIFFRACTION100
2.9174-2.97690.2981550.23751368X-RAY DIFFRACTION100
2.9769-3.04160.24651540.22591350X-RAY DIFFRACTION100
3.0416-3.11240.32061580.23411386X-RAY DIFFRACTION99
3.1124-3.19020.26641530.21371353X-RAY DIFFRACTION99
3.1902-3.27640.2741620.22691350X-RAY DIFFRACTION99
3.2764-3.37280.23851460.21481345X-RAY DIFFRACTION99
3.3728-3.48170.24761520.20241386X-RAY DIFFRACTION99
3.4817-3.60610.26971450.19561387X-RAY DIFFRACTION100
3.6061-3.75040.29741500.16791347X-RAY DIFFRACTION100
3.7504-3.9210.2241430.16781388X-RAY DIFFRACTION100
3.921-4.12760.21241520.15321384X-RAY DIFFRACTION100
4.1276-4.38610.19211540.14491368X-RAY DIFFRACTION100
4.3861-4.72440.18751540.13441361X-RAY DIFFRACTION99
4.7244-5.19940.19921620.17181358X-RAY DIFFRACTION100
5.1994-5.95050.21221520.18691355X-RAY DIFFRACTION99
5.9505-7.49240.20751450.22611357X-RAY DIFFRACTION99
7.4924-47.98510.24271580.19691316X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.4985 Å / Origin y: 38.1651 Å / Origin z: 50.324 Å
111213212223313233
T0.2769 Å2-0.0766 Å2-0.0145 Å2-0.0226 Å20.0001 Å2--0.1803 Å2
L1.6863 °2-0.0878 °20.4449 °2-1.8659 °2-0.3388 °2--1.63 °2
S-0.4148 Å °0.3883 Å °0.2814 Å °0.2027 Å °0.3425 Å °0.6235 Å °-0.3942 Å °0.2246 Å °0.0022 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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