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万見
- PDB-2w0i: Structure Of C-Terminal Actin Depolymerizing Factor Homology (Adf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w0i
タイトルStructure Of C-Terminal Actin Depolymerizing Factor Homology (Adf-H) Domain Of Human Twinfilin-2
要素TWINFILIN-2
キーワードTRANSFERASE / CYTOSKELETON / ACTIN-BINDING / ACTIN BINDING / COFILIN-LIKE / PHOSPHOPROTEIN / PHOSPHORYLATION / PROTEIN TYROSINE KINASE-9 / ACTIN DEPOLYMERIZING FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microvillus length / negative regulation of actin filament polymerization / barbed-end actin filament capping / cell projection organization / actin filament depolymerization / stereocilium / regulation of lamellipodium assembly / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / myofibril ...regulation of microvillus length / negative regulation of actin filament polymerization / barbed-end actin filament capping / cell projection organization / actin filament depolymerization / stereocilium / regulation of lamellipodium assembly / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / myofibril / actin monomer binding / positive regulation of axon extension / positive regulation of lamellipodium assembly / cellular response to retinoic acid / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / protein kinase C binding / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / filopodium / positive regulation of neuron projection development / cellular response to growth factor stimulus / actin filament binding / lamellipodium / growth cone / cadherin binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Twinfilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Savitsky, P. / Murray, J.W. / Roos, A. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Wikstrom, M. ...Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Savitsky, P. / Murray, J.W. / Roos, A. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Wikstrom, M. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of C-Terminal Actin Depolymerizing Factor Homology (Adf-H) Domain of Human Twinfilin- 2
著者: Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Savitsky, P. / Murray, J.W. / Roos, A. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Wikstrom, M. / Bountra, C. / Knapp, S.
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TWINFILIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7181
ポリマ－15,7181
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.308, 64.308, 136.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 TWINFILIN-2 / TWINFILIN-1-LIKE PROTEIN / A6-RELATED PROTEIN / PROTEIN TYROSINE KINASE 9-LIKE


分子量: 15717.939 Da / 分子数: 1
断片: ACTIN DEPOLYMERIZING FACTOR HOMOLOGY (ADF-H) DOMAIN 2, RESIDUES 181-313
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Y309D IS A CLONING ARTEFACT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q6IBS0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Y309D IS A CLONING ARTEFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 2.6M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99186
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.64 Å / Num. obs: 16080 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 21.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1VKK, 2VAS, 1M4J.

1vkk

2vas

1m4j


解像度: 1.8→43.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.236 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1067 6.6 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 15008 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 0 71 1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.9781505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97831872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7245134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77423.92251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20915204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.565157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1110.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1110.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8673680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.27151105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8728432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.50611400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.319 93
Rwork0.256 1040
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81420.7869-0.04166.3364-0.44930.94690.1752-0.0488-0.12230.6463-0.0205-0.073-0.0938-0.109-0.15480.0943-0.0331-0.0650.06470.01160.003215.278-21.271-2.112
26.0837-1.8073.734410.0109-1.63555.5810.3771-0.1852-0.58990.6503-0.08930.49170.3556-0.0256-0.28780.069-0.0356-0.056-0.00140.02210.035912.142-31.197-1.154
310.2997-0.18664.99093.3973-0.51625.78290.429-0.1622-0.86540.18580.06820.06690.47390.0158-0.49720.1619-0.0129-0.13230.0040.01150.131811.453-32.621-5.352
410.1856-0.28888.9021.5884-1.26269.85610.80830.68170.2109-0.6254-0.5332-0.10181.3010.4447-0.27510.4070.12180.00230.03930.0141-0.153511.991-25.268-18.514
55.1707-0.11280.13137.7807-1.26053.50140.3818-0.1486-0.5202-0.0241-0.1125-0.65030.40340.2229-0.26930.05020.0406-0.1233-0.05-0.02310.095116.788-34.368-4.563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2A231 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3A246 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4A265 - 278
5X-RAY DIFFRACTION5A279 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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