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万見
- PDB-5x1x: Solution NMR Structure of DNA Mismatch Repair Protein MutT (Famil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x1x
タイトルSolution NMR Structure of DNA Mismatch Repair Protein MutT (Family Nudix Hydrolase) from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus 252
要素Mutator mutT protein
キーワードHYDROLASE / divalent ion (Mg2+ / Ca2+) binding protein / adenosine monophosphate (AMP) binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA repair
類似検索 - 分子機能
: / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-oxo-dGTP diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus MN8 (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Wahab, A. / Durreshahwar, S. / Schwalbe, H. / Richter, C. / Choudhary, M.I.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR Structure of DNA Mismatch Repair Protein MutT (Family Nudix Hydrolase) from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus 252
著者: Wahab, A.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mutator mutT protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9141
ポリマ－14,9141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8030 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mutator mutT protein


分子量: 14914.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: methicillin resistant
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus MN8 (黄色ブドウ球菌)
Cell: Bacterial / 遺伝子: HMPREF0769_10658 / Variant: MRSA252 / プラスミド: pSpeedET
詳細 (発現宿主): Bacterial expression vector, arabinose or T7 induced expression, adds N-terminal MGSDKIHHHHHHENLYFQG tag; kanamycin resistance; PIPE cloning
Cell (発現宿主): bacterial / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E1XLJ5, 8-oxo-dGTP diphosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HNHA
1101isotropic23D CC(CO)NH
191isotropic23D (H)CC(CO)NH
151isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
171anisotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DNA Mismatch Repair Protein MutT from Nudix Hydrolase Family, 95% H2O/5% D2O
詳細: The protein sample was made using 25 mM sodium phosphate buffer, pH 6.9, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.15 mM DSS, 5% D2O
Label: 15N, 13C labeled / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1 mM
構成要素: DNA Mismatch Repair Protein MutT from Nudix Hydrolase Family
Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: The protein sample was made using 25 mM sodium phosphate buffer, pH 6.9, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.15 mM DSS, 5% D2O
イオン強度: 25 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl mM / Label: conditions-1 / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AscendBrukerAscend8001Equipped with cryogenically cooled probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002Equipped with cryogenically cooled probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6 pl5Bruker Biospincollection
TopSpin3.5 pl5Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
SparkySPARKY 3T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
SparkySPARKY 3T. D. Goddard and D. G. Knellerchemical shift assignment
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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