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- PDB-2w0d: Does a Fast Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy- and X-Ray Cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w0d
タイトルDoes a Fast Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy- and X-Ray Crystallography Hybrid Approach Provide Reliable Structural Information of Ligand-Protein Complexes? A Case Study of Metalloproteinases.
要素MACROPHAGE METALLOELASTASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOPROTEIN / METAL-BINDING / METALLOPROTEASE / SECRETED / HYDROXAMATE / EXTRACELLULAR MATRIX / COPD / MMP-12 / ZYMOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development ...macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development / response to amyloid-beta / Collagen degradation / positive regulation of interferon-alpha production / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / core promoter sequence-specific DNA binding / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / cellular response to virus / metalloendopeptidase activity / protein import into nucleus / endopeptidase activity / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-CGS / Macrophage metalloelastase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Isaksson, J. / Nystrom, S. / Derbyshire, D.J. / Wallberg, H. / Agback, T. / Kovacs, H. / Bertini, I. / Felli, I.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Does a Fast Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy- and X-Ray Crystallography Hybrid Approach Provide Reliable Structural Information of Ligand-Protein Complexes? a Case Study of Metalloproteinases.
著者: Isaksson, J. / Nystrom, S. / Derbyshire, D.J. / Wallberg, H. / Agback, T. / Kovacs, H. / Bertini, I. / Felli, I.C.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年12月28日Group: Other
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACROPHAGE METALLOELASTASE
B: MACROPHAGE METALLOELASTASE
C: MACROPHAGE METALLOELASTASE
D: MACROPHAGE METALLOELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,33840
ポリマ－73,1224
非ポリマー3,21636
水12,304683
1
A: MACROPHAGE METALLOELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,16811
ポリマ－18,2801
非ポリマー88710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MACROPHAGE METALLOELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9257
ポリマ－18,2801
非ポリマー6456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MACROPHAGE METALLOELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,14411
ポリマ－18,2801
非ポリマー86310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MACROPHAGE METALLOELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,10111
ポリマ－18,2801
非ポリマー82110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.160, 99.939, 79.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROHISHIS4AA107 - 1123 - 8
211PROPROHISHIS4BB107 - 1123 - 8
311PROPROHISHIS4CC107 - 1123 - 8
411PROPROHISHIS4DD107 - 1123 - 8
121TYRTYRTYRTYR5AA1139
221TYRTYRTYRTYR5BB1139
321TYRTYRTYRTYR5CC1139
421TYRTYRTYRTYR5DD1139
131ILEILEASNASN4AA114 - 12610 - 22
231ILEILEASNASN4BB114 - 12610 - 22
331ILEILEASNASN4CC114 - 12610 - 22
431ILEILEASNASN4DD114 - 12610 - 22
141ARGARGARGARG5AA12723
241ARGARGARGARG5BB12723
341ARGARGARGARG5CC12723
441ARGARGARGARG5DD12723
151GLUGLUILEILE2AA128 - 15224 - 48
251GLUGLUILEILE2BB128 - 15224 - 48
351GLUGLUILEILE2CC128 - 15224 - 48
451GLUGLUILEILE2DD128 - 15224 - 48
161ASNASNALAALA5AA153 - 15749 - 53
261ASNASNALAALA5BB153 - 15749 - 53
361ASNASNALAALA5CC153 - 15749 - 53
461ASNASNALAALA5DD153 - 15749 - 53
171ASPASPGLYGLY1AA158 - 16954 - 65
271ASPASPGLYGLY1BB158 - 16954 - 65
371ASPASPGLYGLY1CC158 - 16954 - 65
471ASPASPGLYGLY1DD158 - 16954 - 65
181ASPASPHISHIS5AA170 - 17266 - 68
281ASPASPHISHIS5BB170 - 17266 - 68
381ASPASPHISHIS5CC170 - 17266 - 68
481ASPASPHISHIS5DD170 - 17266 - 68
191ALAALAGLYGLY1AA173 - 17669 - 72
291ALAALAGLYGLY1BB173 - 17669 - 72
391ALAALAGLYGLY1CC173 - 17669 - 72
491ALAALAGLYGLY1DD173 - 17669 - 72
1101LYSLYSTHRTHR3AA177 - 20473 - 100
2101LYSLYSTHRTHR3BB177 - 20473 - 100
3101LYSLYSTHRTHR3CC177 - 20473 - 100
4101LYSLYSTHRTHR3DD177 - 20473 - 100
1111THRTHRTHRTHR5AA205101
2111THRTHRTHRTHR5BB205101
3111THRTHRTHRTHR5CC205101
4111THRTHRTHRTHR5DD205101
1121HISHISSERSER4AA206 - 207102 - 103
2121HISHISSERSER4BB206 - 207102 - 103
3121HISHISSERSER4CC206 - 207102 - 103
4121HISHISSERSER4DD206 - 207102 - 103
1131GLYGLYGLYGLY5AA208 - 209104 - 105
2131GLYGLYGLYGLY5BB208 - 209104 - 105
3131GLYGLYGLYGLY5CC208 - 209104 - 105
4131GLYGLYGLYGLY5DD208 - 209104 - 105
1141THRTHRPROPRO1AA210 - 232106 - 128
2141THRTHRPROPRO1BB210 - 232106 - 128
3141THRTHRPROPRO1CC210 - 232106 - 128
4141THRTHRPROPRO1DD210 - 232106 - 128
1151LYSLYSVALVAL2AA233 - 243129 - 139
2151LYSLYSVALVAL2BB233 - 243129 - 139
3151LYSLYSVALVAL2CC233 - 243129 - 139
4151LYSLYSVALVAL2DD233 - 243129 - 139
1161ASPASPPHEPHE5AA244 - 248140 - 144
2161ASPASPPHEPHE5BB244 - 248140 - 144
3161ASPASPPHEPHE5CC244 - 248140 - 144
4161ASPASPPHEPHE5DD244 - 248140 - 144
1171ARGARGARGARG2AA249145
2171ARGARGARGARG2BB249145
3171ARGARGARGARG2CC249145
4171ARGARGARGARG2DD249145
1181LEULEUSERSER1AA250 - 251146 - 147
2181LEULEUSERSER1BB250 - 251146 - 147
3181LEULEUSERSER1CC250 - 251146 - 147
4181LEULEUSERSER1DD250 - 251146 - 147
1191ALAALAASPASP4AA252 - 253148 - 149
2191ALAALAASPASP4BB252 - 253148 - 149
3191ALAALAASPASP4CC252 - 253148 - 149
4191ALAALAASPASP4DD252 - 253148 - 149
1201ASPASPILEILE1AA254 - 255150 - 151
2201ASPASPILEILE1BB254 - 255150 - 151
3201ASPASPILEILE1CC254 - 255150 - 151
4201ASPASPILEILE1DD254 - 255150 - 151
1211ARGARGARGARG3AA256152
2211ARGARGARGARG3BB256152
3211ARGARGARGARG3CC256152
4211ARGARGARGARG3DD256152
1221GLYGLYLEULEU2AA257 - 261153 - 157
2221GLYGLYLEULEU2BB257 - 261153 - 157
3221GLYGLYLEULEU2CC257 - 261153 - 157
4221GLYGLYLEULEU2DD257 - 261153 - 157
1231TYRTYRGLYGLY4AA262 - 263158 - 159
2231TYRTYRGLYGLY4BB262 - 263158 - 159
3231TYRTYRGLYGLY4CC262 - 263158 - 159
4231TYRTYRGLYGLY4DD262 - 263158 - 159
112CGSCGSCGSCGS4AN1273
212CGSCGSCGSCGS4BT1269
312CGSCGSCGSCGS4CDA1273
412CGSCGSCGSCGS4DNA1273

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.82, 0.221, 0.528), (-0.233, -0.971, 0.044), (0.523, -0.087, 0.848)-35.4433, 23.4006, 42.3582
2given(-0.183, 0.732, 0.656), (0.742, -0.335, 0.58), (0.645, 0.593, -0.482)-22.1106, 66.2545, -47.7774
3given(-0.706, 0.293, 0.645), (-0.618, 0.189, -0.763), (-0.346, -0.937, 0.048)-9.9366, 11.2619, 14.7857

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
MACROPHAGE METALLOELASTASE / MME / MATRIX METALLOPROTEINASE-12 / MACROPHAGE ELASTASE / ME / HME / MMP-12


分子量: 18280.455 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 106-263 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COMPOUND EXPRESSED WITH A 5XHIS TAG AT THE C-TERMINUS FOR CLONING/PURIFICATION PURPOSES
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39900, macrophage elastase

-
非ポリマー , 7種, 719分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-CGS / N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE / CGS-27023A / CGS-27023


分子量: 393.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N3O5S
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 219 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 219 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 219 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 219 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 219 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 219 TO ALA
配列の詳細INACTIVATION MUTATION MADE E219A.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / pH: 6.2
詳細: 100 MM IMIDAZOLE,1.1-1.6 M SODIUM ACETATE, 1 MM 1,3-DIAMINO-PROPANE, PH 6.2, 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.1 Å / Num. obs: 38877 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 13.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN HOUSE COORDINATES

解像度: 2→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 9.974 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MOLECULES C AND D INCLUDE A CLONING METHIONINE ARTIFACT AT THE N-TERMINUS, LABELLED RESIDUE 105. MOLECULE A HAS WEAK INDICATIONS OF THE SAME ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MOLECULES C AND D INCLUDE A CLONING METHIONINE ARTIFACT AT THE N-TERMINUS, LABELLED RESIDUE 105. MOLECULE A HAS WEAK INDICATIONS OF THE SAME BUT NOT INCLUDE IN THE MODEL. DUE TO STERIC CONSTRAINTS THE AMIDE BOND 106-107 IN MOLECULE B IS UNUSUAL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23683 1948 5 %RANDOM
Rwork0.17868 ---
obs0.18157 36902 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å2-0.22 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4964 0 161 683 5808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2541.9367322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3435670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10422.885253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54815780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8451528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.22574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
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Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A576tight positional0.060.05
12B576tight positional0.060.05
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12B443medium positional0.660.5
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14D443medium positional0.680.5
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22B27medium positional0.070.5
23C27medium positional0.080.5
24D27medium positional0.080.5
11A150loose positional1.255
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11A576tight thermal0.080.5
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11A150loose thermal0.9310
12B150loose thermal1.9210
13C150loose thermal1.7610
14D150loose thermal1.3710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 113 -
Rwork0.182 2184 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5719-0.9298-0.20111.49370.24131.8502-0.0229-0.0415-0.2260.04450.01890.11190.3491-0.14820.0040.0087-0.05570.0042-0.05920.0009-0.0417-14.58815.5689-18.3802
22.1313-0.3567-0.21821.1580.10590.62230.0044-0.03760.06530.0143-0.00670.0619-0.0419-0.02610.0023-0.0735-0.0043-0.0035-0.09990.0009-0.0693-29.735610.840917.7763
32.019-0.55040.11541.62540.01071.37480.05780.12880.0085-0.1438-0.05610.0644-0.0082-0.0806-0.0017-0.0729-0.0018-0.0142-0.04950.0003-0.081-20.114139.5947-38.994
41.80630.5424-0.15121.1491-0.33720.78190.0191-0.1040.01880.0796-0.01920.0118-0.0159-0.02390.0001-0.07440.00640.0013-0.0882-0.0072-0.0743-7.01137.20694.3055
50.1178-0.0770.31390.0651-0.38913.12550.05270.0438-0.0223-0.0438-0.11680.13230.11550.19120.06410.0051-0.02250.00140.006-0.01950.0182-5.608533.5341-14.4804
67.303111.88751.47419.34962.39930.29750.80290.1980.45560.6163-0.45220.21980.2162-0.6464-0.35070.0015-0.00170.00170.0018-0.0028-0.0008-13.767125.2955-24.6196
76.1052-7.05850.19638.3653-0.80441.6360.23070.0942-0.3399-0.8689-0.0991-0.4530.07420.1064-0.13160.00040.0001-0.00040.0007-0.00010.0006-31.48640.834412.2071
80.83563.4910.244914.58461.02330.0718-0.08310.5896-0.5169-0.0780.15720.2201-0.26771.0431-0.0741-0.0023-0.00230.00260.00040.0003-0.0001-17.279233.2352-29.7293
97.828-7.176-4.52127.76243.99152.63110.67790.09610.1959-0.15090.1308-0.30290.2146-0.0215-0.8087-0.00090.00260.00180.0003-0.0010.0008-8.635743.2876-5.3643
100.06060.00080.01830.1219-0.12070.2748-0.01130.0098-0.0275-0.01280.00870.00080.0505-0.02720.00260.0432-0.0012-0.00610.0746-0.00240.0622-16.515524.3742-6.4932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A106 - 263
2X-RAY DIFFRACTION2B106 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3C105 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4D105 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5A1269 - 1272
6X-RAY DIFFRACTION5C1269 - 1272
7X-RAY DIFFRACTION5D1269 - 1272
8X-RAY DIFFRACTION6A1273
9X-RAY DIFFRACTION7B1269
10X-RAY DIFFRACTION8C1273
11X-RAY DIFFRACTION9D1273
12X-RAY DIFFRACTION10A2001 - 2197
13X-RAY DIFFRACTION10B2001 - 2170
14X-RAY DIFFRACTION10C2001 - 2145
15X-RAY DIFFRACTION10D2001 - 2171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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