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- PDB-2w08: The structure of serum amyloid P component bound to 0-phospho- th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w08
タイトルThe structure of serum amyloid P component bound to 0-phospho- threonine
要素SERUM AMYLOID P-COMPONENT
キーワードGLYCOPROTEIN / POLYMORPHISM / METAL-BINDING / TAU / LECTIN / CALCIUM / AMYLOID / SECRETED / ALZHEIMERS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / negative regulation of viral entry into host cell / virion binding ...negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / negative regulation of viral entry into host cell / virion binding / negative regulation of acute inflammatory response / chaperone-mediated protein complex assembly / acute-phase response / unfolded protein binding / protein folding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / Amyloid fiber formation / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHREONINE / Serum amyloid P-component
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kolstoe, S.E. / Pepys, M.B. / Wood, S.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Molecular Dissection of Alzheimer'S Disease Neuropathology by Depletion of Serum Amyloid P Component.
著者: Kolstoe, S.E. / Ridha, B.H. / Bellotti, V. / Wang, N. / Robinson, C.V. / Crutch, S.J. / Keir, G. / Kukkastenvehmas, R. / Gallimore, J.R. / Hutchinson, W.L. / Hawkins, P.N. / Wood, S.P. / ...著者: Kolstoe, S.E. / Ridha, B.H. / Bellotti, V. / Wang, N. / Robinson, C.V. / Crutch, S.J. / Keir, G. / Kukkastenvehmas, R. / Gallimore, J.R. / Hutchinson, W.L. / Hawkins, P.N. / Wood, S.P. / Rossor, M.N. / Pepys, M.B.
履歴
登録2008年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
B: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
C: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
D: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
E: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,91525
ポリマ－116,4125
非ポリマー2,50220
水24,3921354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-56.8 kcal/mol
Surface area46250 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.769, 69.435, 102.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
SERUM AMYLOID P-COMPONENT / SERUM AMYLOID P COMPONENT / 9.5S ALPHA-1-GLYCOPROTEIN


分子量: 23282.455 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: O-PHOSPHOTHREONINE / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P02743
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-TPO / PHOSPHOTHREONINE / PHOSPHONOTHREONINE / ホスホトレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 199.099 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.06M TRIS-HCL PH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CACL2, 0.08M NACL, 0.1% NAN3, 14.2MG/ML PROTEIN, 50MM LIGAND

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.67 Å / Num. obs: 140019 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SAC

1sac


解像度: 1.7→47.48 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 15.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 1989 1.4 %
Rwork0.154 --
obs0.154 139007 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.57 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8245 0 140 1354 9739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19212016
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1393257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061535
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.74250.19381350.15439414X-RAY DIFFRACTION93
1.7425-1.78960.18761470.14669481X-RAY DIFFRACTION93
1.7896-1.84230.18431240.14469498X-RAY DIFFRACTION94
1.8423-1.90180.17751570.14859555X-RAY DIFFRACTION94
1.9018-1.96970.21281250.14299687X-RAY DIFFRACTION95
1.9697-2.04860.17261490.14349747X-RAY DIFFRACTION96
2.0486-2.14180.15961350.13989806X-RAY DIFFRACTION96
2.1418-2.25480.16411590.14379794X-RAY DIFFRACTION97
2.2548-2.3960.16141370.14889887X-RAY DIFFRACTION97
2.396-2.5810.20291430.15869892X-RAY DIFFRACTION97
2.581-2.84070.18021420.16869932X-RAY DIFFRACTION98
2.8407-3.25170.15891450.164710026X-RAY DIFFRACTION98
3.2517-4.09640.16991410.142910106X-RAY DIFFRACTION98
4.0964-47.49330.16111500.155910193X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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