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- PDB-2vu8: Crystal structure of an insect inhibitor with a fungal trypsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vu8
タイトルCrystal structure of an insect inhibitor with a fungal trypsin
要素
  • PACIFASTIN-RELATED SERINE PROTEASE INHIBITOR
  • TRYPSIN
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / CANONICAL INHIBITOR / INHIBITOR / SERINE PROTEASE / SPECIES SELECTIVITY / INSECT / ZYMOGEN / PROTEASE / SECRETED / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor with pacifastin repeats / Pacifastin domain / Pacifastin domain superfamily / Pacifastin inhibitor (LCMII) / Pacifastin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. ...Protease inhibitor with pacifastin repeats / Pacifastin domain / Pacifastin domain superfamily / Pacifastin inhibitor (LCMII) / Pacifastin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin / Protease inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種FUSARIUM OXYSPORUM (菌類)
LOCUSTA MIGRATORIA (トノサマバッタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leone, P. / Roussel, A. / Kellenberger, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of Locusta Migratoria Protease Inhibitor 3 (Lmpi-3) in Complex with Fusarium Oxysporum Trypsin.
著者: Leone, P. / Roussel, A. / Kellenberger, C.
履歴
登録2008年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRYPSIN
I: PACIFASTIN-RELATED SERINE PROTEASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8002
ポリマ－25,8002
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-9.7 kcal/mol
Surface area11850 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.353, 70.353, 110.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2089-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN


分子量: 22200.490 Da / 分子数: 1 / 断片: PEPTIDASE S1, RESIDUES 25-248 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) FUSARIUM OXYSPORUM (菌類) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P35049, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド PACIFASTIN-RELATED SERINE PROTEASE INHIBITOR / LMPI-3


分子量: 3599.125 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 25-57 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) LOCUSTA MIGRATORIA (トノサマバッタ) / 参照: UniProt: Q8WQ22
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.9 / 詳細: 0.1M SODIUM CITRATE PH4.9 24% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 29751 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TRY

1try


解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 2.69 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REDIDUES 1 AND 2 OF CHAIN I ARE DISORDED THE CRYSTAL PRESENTED A HEMIHEDRAL TWIN (TWINNING FRACTION 0.5, TWINNING OPERATION -H -K L)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1301 4.8 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 25885 91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 0 191 1993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211841
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.9442507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19533754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4555255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.22058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4851.51259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83822005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3113582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0194.5502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.246 91
Rwork0.182 1785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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