PDB-6qgn: Crystal structure of APT1 bound to 2-Bromopalmitate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qgn

タイトル

Crystal structure of APT1 bound to 2-Bromopalmitate

要素

Acyl-protein thioesterase 1

キーワード

HYDROLASE / acyl-protein thioesterase 2-bromopalmitate Depalmitoylation

機能・相同性

機能・相同性情報

protein depalmitoylation / negative regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / negative regulation of aggrephagy / glycerophospholipase activity / lipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / phosphatidylcholine lysophospholipase A1 activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Marcaida, M.J. / Audagnotto, M. / Ho, S. / Pojer, F. / Van der Goot, G. / Dal Peraro, M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Palmitoylated acyl protein thioesterase APT2 deforms membranes to extract substrate acyl chains.
著者: Abrami, L. / Audagnotto, M. / Ho, S. / Marcaida, M.J. / Mesquita, F.S. / Anwar, M.U. / Sandoz, P.A. / Fonti, G. / Pojer, F. / Dal Peraro, M. / van der Goot, F.G.

履歴

登録	2019年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qgn.cif.gz	196.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qgn.ent.gz	156.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qgn_validation.pdf.gz	1007.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qgn_full_validation.pdf.gz	1023.5 KB	表示
XML形式データ	6qgn_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	6qgn_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qgn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qgoC 6qgqC 6qgsC 5symS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qgs-3 6qgq-2 6qgq-1 4f6z-d 6ey7-4 4bt6-d 1jg4-d 2xtp-d 3rkk-2 2vgr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-protein thioesterase 1

B: Acyl-protein thioesterase 1

C: Acyl-protein thioesterase 1

D: Acyl-protein thioesterase 1

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-protein thioesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acyl-protein thioesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Acyl-protein thioesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Acyl-protein thioesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.900, 109.616, 174.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-protein thioesterase 1 / hAPT1 / Lysophospholipase 1 / Lysophospholipase I / LysoPLA I 分子量: 24977.805 Da / 分子数: 4 / 変異: C2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYPLA1, APT1, LPL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75608, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-J1W / 2-Bromopalmitic acid 分子量: 335.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₁BrO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: D1 Morpheus (Molecular Dimensions) 0.1 M imidazole, 0.1 M MES monohydrate, 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 2000, 20 mM 1,6-Hexanediol, 20 mM 1-Butanol, 20 mM 1,2-Propanediol, 20 mM 2- ...詳細: D1 Morpheus (Molecular Dimensions) 0.1 M imidazole, 0.1 M MES monohydrate, 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 2000, 20 mM 1,6-Hexanediol, 20 mM 1-Butanol, 20 mM 1,2-Propanediol, 20 mM 2- Propanol, 20 mM 1,4-Butanediol, 20 mM 1,3-Propanediol, pH 6.5.

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.42 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: D1 Morpheus (Molecular Dimensions) 0.1 M imidazole, 0.1 M MES monohydrate, 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 2000, 20 mM 1,6-Hexanediol, 20 mM 1-Butanol, 20 mM 1,2-Propanediol, 20 mM 2- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.91971 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91971 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→46.427 Å / Num. obs: 66902 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 9483 / CC_1/2: 0.71 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SYM

5sym

解像度: 2.099→46.427 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2733	3446	5.16 %
R_work	0.23	-	-
obs	0.2322	66823	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.099→46.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6712	0	76	438	7226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6962
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	9453
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.684	5014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0992-2.1279	0.3279	152	0.2751	2327	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1279-2.1583	0.2996	132	0.2455	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1583-2.1906	0.3018	160	0.2432	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1906-2.2248	0.319	115	0.2469	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2248-2.2613	0.336	118	0.2443	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2613-2.3003	0.33	144	0.2351	2462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3003-2.3421	0.2655	131	0.232	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3421-2.3871	0.284	125	0.223	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3871-2.4358	0.3261	140	0.2351	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4358-2.4888	0.2841	142	0.238	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4888-2.5467	0.3093	139	0.2413	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5467-2.6104	0.308	122	0.2386	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6104-2.681	0.312	122	0.2423	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.7598	0.2611	141	0.2324	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7598-2.8489	0.3003	140	0.2357	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8489-2.9507	0.3215	152	0.2434	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9507-3.0688	0.2748	122	0.2443	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0688-3.2085	0.2938	151	0.248	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2085-3.3776	0.3112	110	0.2407	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3776-3.5891	0.2608	157	0.2351	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5891-3.8661	0.2714	128	0.2295	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8661-4.2549	0.2549	136	0.2169	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2549-4.8701	0.2135	142	0.1997	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8701-6.1335	0.2585	159	0.2211	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1335-46.4382	0.221	166	0.2105	2737	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)