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万見
- PDB-2vs2: Neutron diffraction structure of endothiapepsin in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vs2
タイトルNeutron diffraction structure of endothiapepsin in complex with a gem- diol inhibitor.
要素ENDOTHIAPEPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / ASPARTYL PROTEASE / ZYMOGEN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GEM-DIOL INHIBITOR PD-135.040 / Chem-0QS / DEUTERATED WATER / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種CRYPHONECTRIA PARASITICA (菌類)
手法中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Coates, L. / Tuan, H.-F. / Tomanicek, S. / Kovalevsky, A. / Mustyakimov, M. / Erskine, P. / Cooper, J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: The Catalytic Mechanism of an Aspartic Proteinase Explored with Neutron and X-Ray Diffraction
著者: Coates, L. / Tuan, H.-F. / Tomanicek, S. / Kovalevsky, A. / Mustyakimov, M. / Erskine, P. / Cooper, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Preliminary Neutron and Ultrahigh-Resolution X-Ray Diffraction Studies of the Aspartic Proteinase Endothiapepsin Cocrystallized with a Gem-Diol Inhibitor.
著者: Tuan, H.-F. / Erskine, P. / Langan, P. / Cooper, J. / Coates, L.
履歴
登録2008年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Other
改定 1.32013年9月25日Group: Database references / Other
改定 1.42014年7月16日Group: Advisory / Other / Structure summary
改定 1.52017年3月22日Group: Data collection
改定 1.62017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.72018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOTHIAPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5812
ポリマ－33,7961
非ポリマー7851
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.030, 75.720, 42.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOTHIAPEPSIN / ASPARTATE PROTEASE


分子量: 33795.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ENDOTHIA PARASITICA FORMULA WEIGHT 33814.2 / 由来: (天然) CRYPHONECTRIA PARASITICA (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物 ChemComp-0QS / N~2~-[(2R)-2-benzyl-3-(tert-butylsulfonyl)propanoyl]-N-{(1R)-1-(cyclohexylmethyl)-3,3-difluoro-2,2-dihydroxy-4-[(2-morpholin-4-ylethyl)amino]-4-oxobutyl}-3-(1H-imidazol-3-ium-4-yl)-L-alaninamide / PD-135,040


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 784.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56F2N7O8S / 参照: GEM-DIOL INHIBITOR PD-135.040
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SPALLATION SOURCE / サイト: ORNL Spallation Neutron Source / ビームライン: MANDI / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BROOKHAVEN NATIONAL LAB / 検出器: HELIUM-FREE / 日付: 2007年8月1日
放射散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.72 Å / Num. obs: 15780 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Rsym value: 0.268 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 73.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF TARGET
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1032 5.6 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 15766 --
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT / Bsol: 33.67 Å2 / ksol: 0.62 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.288 Å20 Å20.399 Å2
2--4.4 Å20 Å2
3---1.931 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 54 220 2662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.006
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg1.05
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.37
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcangle_it
NEUTRON DIFFRACTIONc_scbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor%反射
Rfree0.345 12.3 %
Rwork0.352 -
obs-72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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