[日本語] English
万見
- PDB-2voh: Structure of mouse A1 bound to the Bak BH3-domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2voh
タイトルStructure of mouse A1 bound to the Bak BH3-domain
要素
  • BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
  • BCL-2-RELATED PROTEIN A1
キーワードAPOPTOSIS / BH3 / BCL-2 / MEMBRANE / PRO-SURVIVAL / TRANSMEMBRANE / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / Release of apoptotic factors from the mitochondria / leukocyte homeostasis / Pyroptosis / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus ...Activation and oligomerization of BAK protein / Release of apoptotic factors from the mitochondria / leukocyte homeostasis / Pyroptosis / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / limb morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of B cell apoptotic process / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / channel activity / response to UV-C / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / pore complex / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / positive regulation of proteolysis / B cell homeostasis / homeostasis of number of cells / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / mitochondrial membrane / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Bcl-2 homologous antagonist/killer / Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Smits, C. / Czabotar, P.E. / Hinds, M.G. / Day, C.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Plasticity Underpins Promiscuous Binding of the Prosurvival Protein A1.
著者: Smits, C. / Czabotar, P.E. / Hinds, M.G. / Day, C.L.
履歴
登録2008年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BCL-2-RELATED PROTEIN A1
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1284
ポリマ－20,8402
非ポリマー2882
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.239, 33.255, 58.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 BCL-2-RELATED PROTEIN A1 / PROTEIN BFL-1 / HEMOPOIETIC-SPECIFIC EARLY RESPONSE PROTEIN / A1-A


分子量: 17922.418 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-152 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX 6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PSJS 1240 / 参照: UniProt: Q07440
#2: タンパク質・ペプチド BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER / APOPTOSIS REGULATOR BAK


分子量: 2917.218 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3-DOMAIN, RESIDUES 64-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HOMOSERINE LACTONE DUE TO CNBR CLEAVAGE. / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET31B BAK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08734
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 104 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 113 TO SER

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE (PH 5.6), 0.3 M (NH4)2SO4, 0.6 M LI2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.61 Å / Num. obs: 12891 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VOF

2vof


解像度: 1.9→30.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 7.387 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 632 4.9 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 12258 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å21.07 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1432 0 18 122 1572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0891.9482006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80133103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1995179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56424.66775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91215259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.632158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1610.21321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7251.5964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01421426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7793655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5574.5579
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 47
Rwork0.256 871
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25090.00430.37881.38160.42262.41860.0191-0.0841-0.18020.011-0.05690.05120.2082-0.06970.0378-0.1218-0.00380.0084-0.14780.0019-0.1329-3.20784.096117.2521
25.86364.2074.14028.99255.8567.322-0.09020.3201-0.0502-0.38040.2545-0.4195-0.13770.3363-0.1643-0.1050.01360.0329-0.1320.0327-0.15062.403411.83295.6228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2B64 - 87

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る