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- PDB-2vle: The structure of daidzin, a naturally occurring anti alcohol- add... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vle
タイトルThe structure of daidzin, a naturally occurring anti alcohol- addiction agent, in complex with human mitochondrial aldehyde dehydrogenase
要素ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSIT PEPTIDE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD / DAIDZIN / ACETYLATION / POLYMORPHISM / MITOCHONDRION / ALCOHOL ABUSE
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DAIDZIN / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lowe, E.D. / Gao, G.Y. / Johnson, L.N. / Keung, W.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of Daidzin, a Naturally Occurring Anti-Alcohol-Addiction Agent, in Complex with Human Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase.
著者: Lowe, E.D. / Gao, G.Y. / Johnson, L.N. / Keung, W.M.
履歴
登録2008年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2008年8月19日ID: 1OF7
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
B: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
E: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
F: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
G: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
H: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,09216
ポリマ－431,7618
非ポリマー3,3318
水23,8341323
1
A: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
B: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,5468
ポリマ－215,8804
非ポリマー1,6664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24620 Å2
ΔGint-124.8 kcal/mol
Surface area72800 Å2
手法PQS
2
E: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
F: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
G: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
H: ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,5468
ポリマ－215,8804
非ポリマー1,6664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23080 Å2
ΔGint-93.4 kcal/mol
Surface area72900 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)142.770, 150.990, 176.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998571, 0.035984, -0.039511), (0.047909, 0.275168, -0.960202), (-0.023679, -0.960722, -0.276499)141.161, 79.2145, 111.31
2given(0.263262, 0.547633, 0.79422), (0.555642, -0.759074, 0.339217), (0.788641, 0.352001, -0.504123)-15.0569, -5.64536, 28.1141
3given(-0.2665, -0.59558, -0.757801), (-0.589551, -0.521271, 0.617014), (-0.762501, 0.611196, -0.212206)154.559, 49.6882, 110.318
4given(-0.996816, -0.069768, 0.038602), (0.056627, -0.278595, 0.958738), (-0.056135, 0.957871, 0.281659)144.376, -49.6899, -79.4863
5given(0.999591, 0.028562, 0.001658), (0.028565, -0.999591, -0.001644), (0.00161, 0.001691, -0.999997)-4.31891, 147.911, 176.785
6given(-0.286901, 0.583111, 0.760045), (-0.605214, 0.504675, -0.615645), (-0.742566, -0.636619, 0.208115)-65.9575, 84.2767, 166.891
7given(0.286122, -0.537562, -0.793197), (0.530081, 0.778397, -0.336321), (0.798216, -0.324229, 0.507668)204.454, -60.4705, -13.4409

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要素

#1: タンパク質
ALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL / ALDH CLASS 2 / ALDHI / ALDH-E2


分子量: 53970.090 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 24-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-DZN / DAIDZIN / 4',7-DIHYDROXYISOFLAVONE / 7-O-B-D-GLUCOPYRANOSIDE / ダイジン


分子量: 416.378 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細DAIDZIN (DZN): DAIDZIN - 7-O-GLUCOSYL-4'-HYDROXYISOFLAVONE - IS A NATURALLY OCCURRING ISOFLAVONE ...DAIDZIN (DZN): DAIDZIN - 7-O-GLUCOSYL-4'-HYDROXYISOFLAVONE - IS A NATURALLY OCCURRING ISOFLAVONE EXTRACTED FROM THE KUDZU VINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM MES PH 6.5, 100 MM GUANIDINE-HCL, 3 MM DITHIOTHREITOL, 5% DMSO (V/V), 10% PEG 6000 (W/V) AND 2MM DAIDZIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→26.6 Å / Num. obs: 143547 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CW3

1cw3


解像度: 2.4→26.4 Å / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS REFINEMENT WAS USED. EACH POLYPEPTIDE CHAIN WAS ASSIGNED TO A SEPARATE TLS GROUP WHEN REFINING TLS, THE OUTPUT PDB FILE ALWAYS HAS THE ANISOU RECORDS FOR THE ATOMS INVOLVED IN TLS GROUPS. ...詳細: TLS REFINEMENT WAS USED. EACH POLYPEPTIDE CHAIN WAS ASSIGNED TO A SEPARATE TLS GROUP WHEN REFINING TLS, THE OUTPUT PDB FILE ALWAYS HAS THE ANISOU RECORDS FOR THE ATOMS INVOLVED IN TLS GROUPS. THE ANISOTROPIC B-FACTOR IN ANISOU RECORDS IS THE TOTAL B-FACTOR (B_TLS + B_ INDIVIDUAL). THE ISOTROPIC EQUIVALENT B-FACTOR IN ATOM RECORDS IS THE MEAN OF THE TRACE OF THE ANISOU MATRIX DIVIDED BY 10000 AND MULTIPLIED BY 8*PI2 AND REPRESENTS THE ISOTROPIC EQUIVALENT OF THE TOTAL B-FACTOR (B_TLS + B_INDIVIDUAL). TO OBTAIN THE INDIVIDUAL B-FACTORS, ONE NEEDS TO COMPUTE THE TLS COMPONENT (B_TLS) USING THE TLS RECORDS IN THE PDB FILE HEADER AND THEN SUBTRACT IT FROM THE TOTAL B-FACTORS (ON THE ANISOU RECORDS).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 7197 5 %
Rwork0.1962 --
obs-143428 96.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30376 0 240 1323 31939
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.037-0.00920.0140.0965-0.01630.1435-0.00410.03590.04070.0251-0.1109-0.0538-0.05040.091-0.0601-0.0045-0.0294-0.02060.11930.04510.099888.022215.289574.9771
20.0104-0.0243-0.00070.0544-0.05340.055-0.03370.05650.00630.0241-0.03150.05090.0113-0.1116-0.0150.0297-0.05450.02850.1988-0.06630.148250.865815.416673.5288
30.13550.0355-0.0571-0.0255-0.05220.22520.0204-0.0250.11670.0173-0.03180.0005-0.25270.03950.00580.1659-0.0782-0.0422-0.0574-0.00660.092475.736757.063265.3342
4-0.00690.0429-0.02280.02520.03320.2637-0.02220.01980.0076-0.0308-0.04720.0009-0.1532-0.11130.00310.05990.0457-0.03740.09320.00070.047764.963135.972736.6925
50.01470.0061-0.00290.0339-0.02630.076-0.0515-0.035-0.00710.14540.030.07050.0035-0.1007-0.00040.14140.05350.01160.0949-0.00830.11951.1914133.7876103.6235
60.0519-0.03670.01450.14890.04410.1441-0.01270.0005-0.01110.0891-0.053-0.0510.05670.0755-0.11090.11640.0558-0.04660.07680.03350.059788.3488135.0407102.1738
70.0361-0.03570.03420.0424-0.05160.0453-0.0654-0.0678-0.0290.09440.05590.0324-0.0382-0.0244-0.07140.28840.09320.04170.06370.03320.026365.8351113.4897140.3716
80.0734-0.08670.01320.0603-0.04420.0380.0023-0.0067-0.0545-0.0360.00070.01210.20470.06580.01340.33170.17450.0024-0.15960.00250.005777.419992.8939111.7621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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