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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vkr | ||||||
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タイトル | 3Fe-4S, 4Fe-4S plus Zn Acidianus ambivalens ferredoxin | ||||||
![]() | ZINC-CONTAINING FERREDOXIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / ZINC / IRON / 3FE-4S / 4FE-4S / TRANSPORT / ZN CENTER / HEMIHEDRIC TWINNIG / IRON-SULFUR PROTEIN / FERREDOXIN / METHYLATION / THERMOPHILE / IRON-SULFUR / THERMOSTABLE PROTEIN / METAL-BINDING / PROTEIN FOLDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Frazao, C. / Aragao, D. / Coelho, R. / Leal, S.S. / Gomes, C.M. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of the intact metal centres [3Fe-4S](1+/0) and [4Fe-4S](2+/1+) in a Zn(2+) -containing ferredoxin. 著者: Frazao, C. / Aragao, D. / Coelho, R. / Leal, S.S. / Gomes, C.M. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: A Spectroscopic Study of the Temperature Induced Modifications on Ferredoxin Folding and Iron-Sulfur Moieties 著者: Todorovic, S. / Leal, S.S. / Salgueiro, C.A. / Zebger, I. / Hildebrandt, P. / Murgida, D.H. / Gomes, C.M. #2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2007 タイトル: Studies of the Molten Globule State of Ferredoxin: Structural Characterisation and Implications on Protein Folding and Iron-Sulfur Centre Assembly 著者: Leal, S.S. / Gomes, C.M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Natural Domain Design: Enhanced Thermal Stability of a Zinc Lacking Ferredoxin Isoform Shows that a Hydrophobic Core Efficiently Replaces the Structural Metal Site 著者: Rocha, R. / Leal, S. / Teixeira, M. / Regalla, M. / Huber, H. / Baptista, A. / Soares, C.M. / Gomes, C.M. #4: ![]() タイトル: ,Di-Cluster, Seven-Iron Ferredoxins from Hyperthermophilic Sulfolobales 著者: Gomes, C.M. / Faria, A. / Carita, J.C. / Mendes, J. / Regalla, M. / Chicau, P. / Huber, H. / Stetter, K.O. / Teixeira, M. #5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995 タイトル: A Seven Iron Ferredoxin from the Thermoacidophilic Archaeon Desulfurolobus Ambivalens 著者: Teixeira, M. / Batista, R. / Campos, A. / Gomes, C. / Mendes, J. / Pacheco, I. / Anemuller, S. / Hagen, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xerS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11014.585 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-F3S / #3: 化合物 | ChemComp-SF4 / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 % / 解説: HEMIHEDRIC TWINNED CRYSTAL |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD USING 2 MICROL DROPS OF FRESHLY PURIFIED PROTEIN AT 4.7 MG/ML IN 40 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.5 AND 150 NACL, PLUS 2 MICROL OF WELL SOLUTION, 2.4-3.0 M AMMONIUM ...詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD USING 2 MICROL DROPS OF FRESHLY PURIFIED PROTEIN AT 4.7 MG/ML IN 40 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.5 AND 150 NACL, PLUS 2 MICROL OF WELL SOLUTION, 2.4-3.0 M AMMONIUM SULPHATE BUFFERED WITH TRIS-HCL 0.1 M PH 8 AND 0.5 MICROL LAURYLDIMETHYLAMINE-OXIDE (LDAO) 7% (W/V). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→19.48 Å / Num. obs: 52106 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XER 解像度: 2.01→19.48 Å / Num. parameters: 22469 / Num. restraintsaints: 52080 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: HEMIHEDRIC TWIN LAW 1 0 0, -1 -1 0, 0 0 -1, TWIN RATIO 0.39/0.61. NO INTER-MOLECULES TRANSFORMATION MATRICES WERE EVER USED FOR NCS RESTRAINTS. INSTEAD, NCS SIMILARITIES RESTRAINTS WERE ...詳細: HEMIHEDRIC TWIN LAW 1 0 0, -1 -1 0, 0 0 -1, TWIN RATIO 0.39/0.61. NO INTER-MOLECULES TRANSFORMATION MATRICES WERE EVER USED FOR NCS RESTRAINTS. INSTEAD, NCS SIMILARITIES RESTRAINTS WERE APPLIED: 1. ATOMIC 1 TO 4 DISTANCES (DIHEDRALS) AND 2. ATOMIC DISPLACEMENT DISPLACEMENT PARAMETERS BETWEEN HOMOLOGOUS ATOMS, AMONG THE SEVEN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, WERE RESTRAINED TO THEIR COMMON VALUES. 3. THE STEREOCHEMISTRY OF THE METAL CENTERS AND THEIR LIGANDS WERE RESTRAINED TO THEIR COMMON GEOMETRY WITHOUT TARGET VALUES.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5395 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.48 Å
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拘束条件 |
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