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- PDB-2vkm: Crystal structure of GRL-8234 bound to BACE (Beta-secretase) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vkm
タイトルCrystal structure of GRL-8234 bound to BACE (Beta-secretase)
要素BETA-SECRETASE 1
キーワードHYDROLASE / ALTERNATIVE SPLICING / ASPARTYL PROTEASE / ASPARTIC PROTEASE / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / BETA SECRETASE / APP / BACE / A-BETA / X- RAY / ZYMOGEN / MEMBRANE / PROTEASE / MEMAPSIN / ALZHEIMER / DRUG DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BSD / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hong, L. / Tang, J. / Ghosh, A.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Potent Memapsin 2 (Beta-Secretase) Inhibitors: Design, Synthesis, Protein-Ligand X-Ray Structure, and in Vivo Evaluation.
著者: Ghosh, A.K. / Kumaragurubaran, N. / Hong, L. / Kulkarni, S. / Xu, X. / Miller, H.B. / Reddy, D.S. / Weerasena, V. / Turner, R. / Chang, W. / Koelsch, G. / Tang, J.
履歴
登録2007年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 1
B: BETA-SECRETASE 1
C: BETA-SECRETASE 1
D: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,8868
ポリマ－173,2514
非ポリマー2,6354
水14,124784
1
A: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9722
ポリマ－43,3131
非ポリマー6591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9722
ポリマ－43,3131
非ポリマー6591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9722
ポリマ－43,3131
非ポリマー6591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9722
ポリマ－43,3131
非ポリマー6591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.704, 130.308, 87.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

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要素

#1: タンパク質
BETA-SECRETASE 1 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / MEMBRANE- ...BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 2 / MEMAPSIN-2 / ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP 2 / ASP2 / BACE


分子量: 43312.805 Da / 分子数: 4 / 断片: BETA-SECRETASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 58-446 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BETA SECRETASE INHIBITOR / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56817
#2: 化合物
ChemComp-BSD / N-{(1S,2R)-1-benzyl-2-hydroxy-3-[(3-methoxybenzyl)amino]propyl}-5-[methyl(methylsulfonyl)amino]-N'-[(1R)-1-phenylethyl]benzene-1,3-dicarboxamide / N-[(R)-1-フェニルエチル]-N′-[(1S,2R)-2-ヒドロキシ-1-ベンジル-3-[(3-メトキシベンジル(以下略)


分子量: 658.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H42N4O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細N-(R-CARBOXY-ETHYL)-ALPHA-(S)-(2-PHENYLETHYL)GLYCYL-L-ARGININE-N-PHE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 12% PEG 8000, NACACODYLATE BUFFER, PH 6.5. 15MG/ML PROTEIN CONCENTRATION. ROOM TEMPERATURE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 119992 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FKN

1fkn


解像度: 2.05→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2418 9156 7.6 %RANDOM
Rwork0.2016 ---
obs0.2016 113913 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5921 Å2 / ksol: 0.378055 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.717 Å20 Å22.956 Å2
2--5.072 Å20 Å2
3----7.789 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12212 0 188 784 13184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.922.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 836 8.2 %
Rwork0.273 9419 -
obs--47 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2INH.PARINH.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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