PDB-2v8g: Crystal structure of beta-alanine synthase from Saccharomyces klu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v8g

タイトル

Crystal structure of beta-alanine synthase from Saccharomyces kluyveri in complex with the product beta-alanine

要素

BETA-ALANINE SYNTHASE

キーワード

HYDROLASE / DI-ZINC CENTER / AMIDOHYDROLASE / ALPHA AND BETA PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ureidopropionase activity / beta-ureidopropionase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES KLUYVERI (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lundgren, S. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Yeast -Alanine Synthase Complexes Reveal the Mode of Substrate Binding and Large Scale Domain Closure Movements.
著者: Lundgren, S. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

履歴

登録	2007年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v8g.cif.gz	335.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v8g.ent.gz	272.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v8dC 2v8hC 2v8vC 1r43S 1r3n C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vl1-1 2v8h-1 2v8h-2 3ohh-d 1y3c-2 3hzn-2 4pxd-d 6op5-2 3c8v-2 3hzr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: BETA-ALANINE SYNTHASE

B: BETA-ALANINE SYNTHASE

C: BETA-ALANINE SYNTHASE

D: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-ALANINE SYNTHASE

B: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: BETA-ALANINE SYNTHASE

D: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.100, 217.300, 81.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	TRP	TRP	A	A	28 - 52	27 - 51
2	1	LEU	LEU	TRP	TRP	B	B	28 - 52	27 - 51
3	1	LEU	LEU	TRP	TRP	C	C	28 - 52	27 - 51
4	1	LEU	LEU	TRP	TRP	D	D	28 - 52	27 - 51
1	2	HIS	HIS	VAL	VAL	A	A	57 - 189	56 - 188
2	2	HIS	HIS	VAL	VAL	B	B	57 - 189	56 - 188
3	2	HIS	HIS	VAL	VAL	C	C	57 - 189	56 - 188
4	2	HIS	HIS	VAL	VAL	D	D	57 - 189	56 - 188
1	3	SER	SER	PHE	PHE	A	A	196 - 457	195 - 456
2	3	SER	SER	PHE	PHE	B	B	196 - 457	195 - 456
3	3	SER	SER	PHE	PHE	C	C	196 - 457	195 - 456
4	3	SER	SER	PHE	PHE	D	D	196 - 457	195 - 456

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.675, 0.01, 0.738), (-0.011, -1, 0.003), (0.738, -0.006, 0.675)	0.53303, -0.79134, -0.37919
2	given	(-0.812, 0.003, -0.583), (0.001, -1, -0.006), (-0.583, -0.006, 0.812)	66.76126, 74.10693, 21.76338

#1: タンパク質	BETA-ALANINE SYNTHASE 分子量: 52006.809 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES KLUYVERI (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96W94, beta-ureidopropionase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BAL / BETA-ALANINE タイプ: peptide-like / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#4: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE 分子量: 163.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE N-TERMINAL METHIONINE IS ABSENT, MOST LIKELY DUE TO POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION. THE LAST 20 ...THE N-TERMINAL METHIONINE IS ABSENT, MOST LIKELY DUE TO POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION. THE LAST 20 AMINO ACIDS CORRESPOND TO THE C-TERMINAL HIS-TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.75 / 詳細: PEG 6000, TRIS PH 8.5, BICINE PH 9.0, LICL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 59732 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.29 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R43

1r43

解像度: 2.5→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 19.409 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.242 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	2931	4.9 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	56799	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	-1.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13396	0	64	210	13670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	13781
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.174	1.942	18671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.567	5	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.343	24.523	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.108	15	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.849	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	5787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	9340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.343	1.5	8786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.59	2	13752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.086	3	5686
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.761	4.5	4919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1672	tight positional	0.04	0.05
2	B	1672	tight positional	0.03	0.05
3	C	1672	tight positional	0.03	0.05
4	D	1672	tight positional	0.04	0.05
1	A	1572	medium positional	0.35	0.5
2	B	1572	medium positional	0.32	0.5
3	C	1572	medium positional	0.35	0.5
4	D	1572	medium positional	0.37	0.5
1	A	1672	tight thermal	0.07	0.5
2	B	1672	tight thermal	0.06	0.5
3	C	1672	tight thermal	0.05	0.5
4	D	1672	tight thermal	0.06	0.5
1	A	1572	medium thermal	0.49	2
2	B	1572	medium thermal	0.42	2
3	C	1572	medium thermal	0.39	2
4	D	1572	medium thermal	0.45	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.276	202
R_work	0.214	4113

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2041	-0.4881	0.1028	1.5369	-0.214	1.1012	-0.0111	0.0525	0.0153	0.0154	0.0012	-0.0495	-0.0708	0.0657	0.0099	-0.1427	-0.0224	0.0088	-0.09	-0.013	-0.1509	7.9466	31.1719	4.8244
2	0.3177	-0.1238	0.1463	5.7723	-0.5481	0.1095	0.0538	-0.0486	0.0208	-0.1869	-0.0905	0.2768	0.1299	-0.0248	0.0366	-0.1337	-0.0089	-0.0015	-0.0577	-0.0093	-0.1646	-10.4086	4.2245	-5.6511
3	0.9899	-0.5731	-0.222	3.0018	0.5143	0.9883	-0.012	-0.1479	0.038	0.192	0.0711	-0.2435	0.0095	0.0261	-0.0591	-0.0172	-0.0004	-0.0086	-0.047	0.0157	-0.0286	-1.5106	-31.9473	9.0927
4	0.4448	1.0164	-0.2551	7.9247	0.0939	0.228	-0.0007	0.0905	-0.0331	-0.4528	-0.0349	-0.2482	0.0638	0.0493	0.0357	-0.0885	0.0232	0.0351	-0.0614	-0.029	-0.1194	3.3767	-5.077	-11.6357
5	1.1301	0.8351	0.2448	3.723	-0.0185	1.1618	0.002	0.1967	-0.0551	-0.2187	0.027	-0.1385	0.0928	-0.0109	-0.029	0.0018	0.0031	-0.0255	-0.0347	0.0244	-0.0228	20.1548	68.3939	31.7401
6	0.1728	-0.6233	0.1638	7.1651	-0.1579	0.1932	-0.1045	-0.0123	0.0537	0.6271	-0.0419	-0.2417	-0.1616	0.1128	0.1464	0.0125	-0.0218	-0.0638	-0.059	0.0187	-0.0617	27.8929	41.8211	52.024
7	0.9087	0.4195	0.0296	1.5719	-0.2079	1.1806	-0.0107	0.0084	0.0053	0.0758	-0.0273	-0.0563	0.1268	0.078	0.038	-0.1109	0.0299	0.0202	-0.058	0.0075	-0.115	31.9582	5.5841	35.3191
8	0.3774	-0.4834	0.1198	6.9424	-1.0564	0.3754	-0.0531	-0.0021	-0.0496	0.2746	0.0429	0.321	-0.1532	-0.0799	0.0102	-0.0796	0.0073	0.0251	-0.0569	-0.0255	-0.1311	13.8889	32.0152	47.5029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	365 - 458
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500 - 601
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	247 - 364
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	28 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	365 - 458
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	500 - 601
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	247 - 364
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	27 - 246
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	365 - 458
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	500 - 601
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	247 - 364
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	28 - 246
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	365 - 458
15	X-RAY DIFFRACTION	7	D	500 - 601
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	247 - 364

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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