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- PDB-3hzn: Structure of the Salmonella typhimurium nfnB dihydropteridine red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hzn
タイトルStructure of the Salmonella typhimurium nfnB dihydropteridine reductase
要素Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha and beta protein / 3 layer sandwich / FMN-dependent nitroreductase like / Flavoprotein / FMN / NAD / NADP / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / : / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRATE ANION / MALONATE ION / SUCCINIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the Salmonella typhimurium nfnB dihydropteridine reductase
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
E: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
F: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
G: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,57699
ポリマ－196,3188
非ポリマー9,25891
水14,574809
1
E: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
F: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子

A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子

C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
G: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,57699
ポリマ－196,3188
非ポリマー9,25891
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58260 Å2
ΔGint-362 kcal/mol
Surface area63590 Å2
手法PISA
2
C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子

A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,92761
ポリマ－98,1594
非ポリマー5,76857
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area31210 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area31450 Å2
手法PISA
3
A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,44024
ポリマ－49,0792
非ポリマー2,36022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
4
C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,48737
ポリマ－49,0792
非ポリマー3,40835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15770 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
5
G: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子

E: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
F: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,64938
ポリマ－98,1594
非ポリマー3,49034
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area25840 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area33340 Å2
手法PISA
6
E: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
F: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,81519
ポリマ－49,0792
非ポリマー1,73517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11690 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
7
G: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,83419
ポリマ－49,0792
非ポリマー1,75517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11700 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)280.340, 96.760, 131.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase


分子量: 24539.711 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: nfnB, nfsI, STM0578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15888, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 8種, 900分子

#2: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物...
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日 / 詳細: beryllium lense
放射モノクロメーター: C(111) diamond Laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 137152 / Num. obs: 136466 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.73 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.722
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 13315 / Χ2: 0.946 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.851 / SU B: 5.804 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.203 / SU Rfree: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 6862 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.179 137152 --
obs0.179 136446 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.75 Å2 / Biso mean: 37.624 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13587 0 609 809 15005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02214489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.98119558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.97651773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48224.638649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.934152366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8961573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6331.58784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.933214094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.03335705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7894.55450
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 424 -
Rwork0.309 8563 -
all-8987 -
obs-8563 90.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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