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万見
- PDB-2v7g: Crystal Structure of an Engineered Urocanase Tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v7g
タイトルCrystal Structure of an Engineered Urocanase Tetramer
要素UROCANATE HYDRATASE
キーワードLYASE / HISTIDINE DEGRADATION / NAD / PROTEIN ENGINEERING / UROCANATE HYDRATASE / HISTIDINE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


urocanate hydratase / urocanate hydratase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urocanase fold / Urocanase superfamily / Urocanase like domains / Urocanase conserved site / Urocanase signature. / Urocanase / Urocanase, Rossmann-like domain / Urocanase, N-terminal domain / Urocanase, C-terminal domain / Urocanase superfamily ...Urocanase fold / Urocanase superfamily / Urocanase like domains / Urocanase conserved site / Urocanase signature. / Urocanase / Urocanase, Rossmann-like domain / Urocanase, N-terminal domain / Urocanase, C-terminal domain / Urocanase superfamily / Urocanase, central domain superfamily / Urocanase Rossmann-like domain / Urocanase N-terminal domain / Urocanase C-terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Urocanate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Treiber, N. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Designed Protein-Protein Association.
著者: Grueninger, D. / Treiber, N. / Ziegler, M.O.P. / Koetter, J.W.A. / Schulze, M.-S. / Schulz, G.E.
履歴
登録2007年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UROCANATE HYDRATASE
B: UROCANATE HYDRATASE
C: UROCANATE HYDRATASE
D: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,14324
ポリマ－243,2474
非ポリマー3,89620
水23,6001310
1
A: UROCANATE HYDRATASE
C: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子

B: UROCANATE HYDRATASE
D: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,14324
ポリマ－243,2474
非ポリマー3,89620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
2
B: UROCANATE HYDRATASE
D: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子

A: UROCANATE HYDRATASE
C: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,14324
ポリマ－243,2474
非ポリマー3,89620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
3
A: UROCANATE HYDRATASE
C: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,37110
ポリマ－121,6232
非ポリマー1,7478
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-58.4 kcal/mol
Surface area41470 Å2
手法PQS
4
B: UROCANATE HYDRATASE
D: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,77214
ポリマ－121,6232
非ポリマー2,14912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-55.4 kcal/mol
Surface area41310 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.068, 154.316, 216.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.073347, -0.612583, -0.786996), (-0.625688, 0.642766, -0.442003), (0.776618, 0.459994, -0.430431)-14.7541, 19.6974, -66.6333
2given(-0.065725, -0.614523, -0.786156), (-0.620006, 0.642465, -0.450368), (0.78184, 0.457821, -0.423234)-15.0703, 19.528, -66.5006

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要素

#1: タンパク質
UROCANATE HYDRATASE / UROCANASE / IMIDAZOLONEPROPIONATE HYDROLASE


分子量: 60811.684 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25080, urocanate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE CONFLICTS ANNOTATED BELOW IN THE SEQADV RECORDS BELOW CORRESPOND TO A KNOWN CONFLICT ...THE SEQUENCE CONFLICTS ANNOTATED BELOW IN THE SEQADV RECORDS BELOW CORRESPOND TO A KNOWN CONFLICT IN THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE ENTRY FOR P25080 (TVKA->SLKG) AT POSITIONS 164-167 OF THE SEQUENCE DATABASE ENTRY. THIS CONFLICT HAS BEEN DESCRIBED BY S.L.ALLISION AND A.T.PHILLIPS IN 1993.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.6
詳細: 10% (W/V) PEG8000, 0.2 M MGAC2, 20% (V/V) GLYCERIN, 0.1 M NA CACODYLATE PH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8853
検出器タイプ: MARREASEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.8 Å / Num. obs: 149793 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 6.6 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UWL

1uwl


解像度: 2→28.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.721 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1498 1 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.156 148293 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16960 0 258 1310 18528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02217590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1291.96423882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84152208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00723.838792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.636152808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.10915132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.29154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.211957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.21335
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4471.511297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.684217450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28937315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.034.56432
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.24 100
Rwork0.173 9965
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.549-0.25440.18250.9043-0.15140.5967-0.04220.02550.0840.08090.0087-0.0447-0.11410.01390.0335-0.1149-0.0187-0.0065-0.1406-0.0036-0.1387-22.505529.0837-52.3957
20.6254-0.1786-0.01630.8517-0.13160.78270.01580.04690.0338-0.0527-0.01880.0121-0.12730.01980.0031-0.1151-0.0317-0.0054-0.13130.0137-0.1485.746317.3238-4.1693
30.31820.19950.16480.94150.40460.55930.03940.0569-0.09240.03010.029-0.11650.13480.091-0.0684-0.09160.0206-0.0263-0.0875-0.0097-0.0787-11.9008-10.125-57.3232
40.1166-0.07940.1060.8611-0.54431.1020.01480.0197-0.0627-0.0819-0.0947-0.15610.19210.20810.0798-0.09920.03320.0184-0.02240.0024-0.031925.3439-16.80966.975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 557
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 557
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 557
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 557

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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