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万見
- PDB-1w1u: Inactive Urocanase-SA cocrystallized with urocanate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w1u
タイトルInactive Urocanase-SA cocrystallized with urocanate
要素UROCANATE HYDRATASE
キーワードHYDROLASE / UROCANASE / IMIDAZOLONEPROPIONATE / LYASE / HISTIDINE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


urocanate hydratase / urocanate hydratase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urocanase fold / Urocanase superfamily / Urocanase like domains / : / Urocanase conserved site / Urocanase signature. / Urocanase / Urocanase, Rossmann-like domain / Urocanase, N-terminal domain / Urocanase, C-terminal domain ...Urocanase fold / Urocanase superfamily / Urocanase like domains / : / Urocanase conserved site / Urocanase signature. / Urocanase / Urocanase, Rossmann-like domain / Urocanase, N-terminal domain / Urocanase, C-terminal domain / Urocanase superfamily / Urocanase, central domain superfamily / Urocanase Rossmann-like domain / Urocanase N-terminal domain / Urocanase C-terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / (2E)-3-(1H-IMIDAZOL-4-YL)ACRYLIC ACID / Urocanate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Kessler, D. / Retey, J. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure and Action of Urocanase
著者: Kessler, D. / Retey, J. / Schulz, G.E.
履歴
登録2004年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UROCANATE HYDRATASE
B: UROCANATE HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0866
ポリマ－121,4832
非ポリマー1,6034
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)111.429, 71.618, 129.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.41275, -0.90295, -0.11969), (-0.90432, 0.39054, 0.17229), (-0.10882, 0.17935, -0.97775)
ベクター: 41.12912, 34.95136, -66.13895)

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要素

#1: タンパク質 UROCANATE HYDRATASE / UROCANASE / IMIDAZOLONEPROPIONATE HYDROLASE


分子量: 60741.418 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CONTAINING NAD+ AND UROCANATE / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / プラスミド: BL21 DE3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25080, urocanate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-URO / (2E)-3-(1H-IMIDAZOL-4-YL)ACRYLIC ACID / 3-アゾニア-1H-イミダゾ-ル-5-アクリル酸アニオン


分子量: 138.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES CHAINS A, B : CYS (197) SER, ARG (454) ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.6 %
結晶化pH: 5.8
詳細: 24% PEG8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE (PH 5.8), 0.16M SODIUM ACETATE, 0.1% BETA-MERCAPTOETHANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→30 Å / Num. obs: 1453010 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 4.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.23→2.26 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UWK

1uwk


解像度: 2.23→19.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 5040822 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2414 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 48280 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.3509 Å2 / ksol: 0.435181 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å21.91 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3---0.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→19.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8434 0 108 458 9000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数
Rwork0.231 0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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