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- PDB-2v3r: Hypocrea jecorina Cel7A in complex with (S)-dihydroxy-phenanthrenolol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v3r
タイトルHypocrea jecorina Cel7A in complex with (S)-dihydroxy-phenanthrenolol
要素EXOGLUCANASE 1
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / GLYCOPROTEIN / CARBOHYDRATE METABOLISM / POLYSACCHARIDE DEGRADATION / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / HYDROLASE(O-GLYCOSYL) / CELLULOSE DEAGRADATION / CHIRAL SEPARATION / CELLULOSE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XX7 / Exoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HYPOCREA JECORINA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fagerstrom, A. / Sandgren, M. / Berg, U. / Stahlberg, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A Study of the Chiral Recognition Mechanisms of Cellobiohydrolase Cel7A for Ligands Based on the Beta-Blocker Motif: Crystal Structures, Microcalorimetry and Computational Modelling of ...タイトル: A Study of the Chiral Recognition Mechanisms of Cellobiohydrolase Cel7A for Ligands Based on the Beta-Blocker Motif: Crystal Structures, Microcalorimetry and Computational Modelling of Cel7A-Inhibitor Complexes.
著者: Fagerstrom, A. / Liljefors, T. / Stahlberg, J. / Sandgren, M. / Berg, U. / Isaksson, R.
履歴
登録2007年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOGLUCANASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9126
ポリマ－46,0111
非ポリマー9025
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.890, 82.858, 110.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

CO

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要素

#1: タンパク質 EXOGLUCANASE 1 / CELLOBIOHYDROLASE CEL7A / EXOGLUCANASE I / EXOCELLOBIOHYDROLASE I / CBHI / 1 / 4-BETA-CELLOBIOHYDROLASE


分子量: 46010.703 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 18-451 / 由来タイプ: 天然
詳細: SYNONYM FOR STRAIN IS TRICHODERMA REESEI, WHICH IS A CLONAL DERIVATIVE OF H. JECORINA
由来: (天然) HYPOCREA JECORINA (菌類) / 株: QM9414
参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-XX7 / 2-{[(2S)-2-HYDROXY-3-(9-PHENANTHRYLOXY)PROPYL]AMINO}PROPANE-1,3-DIOL / (S)-1-(9-フェナントレニルオキシ)-3-[1-(ヒドロキシメチル)-2-ヒドロキシエチルアミノ]-2-プロパノ(以下略)


分子量: 341.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BIOLOGICAL CONVERSION OF CELLULOSE TO GLUCOSE
Has protein modificationY
配列の詳細PCA A 1 UNI P62694 GLN 18 MODIFIED RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER, GLYCEROL, COBALT CHLORIDE, SODIUM ACETATE PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.082
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.082 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.6 Å / Num. obs: 50461 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DY4

1dy4


解像度: 1.6→27.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.444 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALTERNATE CONFORMATIONS WERE MODELLED FOR RESIDUES A 7, 13, 47, 55, 98, 111, 114, 119, 159, 194, 195, 15, 246, 247, 249, 253, 254, 328, 342, 357, 371, 388, 407.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 2566 5.1 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.137 47899 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 55 688 3963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.9514909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9123.0075564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4965478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47725.871155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25615498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.223157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.22559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21840
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1460.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.11152903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45463693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90261573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7917.51216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.215 205
Rwork0.151 3476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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