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- PDB-2v1v: 3D STRUCTURE OF THE M8L MUTANT OF SQUASH TRYPSIN INHIBITOR CMTI-I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v1v
タイトル3D STRUCTURE OF THE M8L MUTANT OF SQUASH TRYPSIN INHIBITOR CMTI-I
要素TRYPSIN INHIBITOR 1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE INHIBITOR / HYDROLASE INHIBITOR HYDROLASE / TRYPSIN INHIBITOR / PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / Trypsin inhibitor 1
機能・相同性情報
生物種CUCURBITA MAXIMA (クリカボチャ)
手法溶液NMR
データ登録者Sledz, P. / Bolewska, K. / Bierzynski, A. / Zhukov, I.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Conservative mutation Met8 --> Leu affects the folding process and structural stability of squash trypsin inhibitor CMTI-I.
著者: Zhukov, I. / Jaroszewski, L. / Bierzynski, A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Analysis of Molecular Dynamics for M8L Cmti-I Protein
著者: Sledz, P. / Zhukov, I. / Ejchart, A.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2007年6月19日ID: 1BXJ
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN INHIBITOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2621
ポリマ－3,2621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRYPSIN INHIBITOR 1 / TRYPSIN INHIBITOR I / CMTI-I / ITD-I


分子量: 3261.881 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CUCURBITA MAXIMA (クリカボチャ) / 参照: UniProt: P01074
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 8 TO LEU
Has protein modificationY
配列の詳細M8L

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
1311H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 300 mM / pH: 5.6 / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
Sparky構造決定
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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