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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uyv | ||||||
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タイトル | L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE FROM ESCHERICHIA COLI (MUTANT Q6Y- E192A) | ||||||
![]() | RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
![]() | LYASE / AGGREGATION / ZINC ENZYME / FIBRILLATION / METAL-BINDING / OLIGOMERIZATION / INTERFACE DESIGN / SURFACE MUTATION / 2-KETOSE DEGRADATION / PROTEIN-PROTEIN INTERFACE / ZINC / ALDOLASE / CLASS II / RARE SUGAR / CLEAVAGE OF L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONEPH BACTERIAL L-RHAMNOSE METABOLISM / RHAMNOSE METABOLISM / PROTEIN ENGINEERING | ||||||
機能・相同性 | ![]() rhamnulose-1-phosphate aldolase / rhamnulose-1-phosphate aldolase activity / rhamnose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grueninger, D. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Designed Protein-Protein Association. 著者: Grueninger, D. / Treiber, N. / Ziegler, M.O.P. / Koetter, J.W.A. / Schulze, M.-S. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of L-Rhamnulose-1-Phosphate Aldolase 著者: Kroemer, M. / Merkel, I. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2uyuC ![]() 2v7gC ![]() 2v9eC ![]() 2v9fC ![]() 2v9gC ![]() 2v9iC ![]() 2v9lC ![]() 2v9mC ![]() 2v9nC ![]() 2v9oC ![]() 2v9uC ![]() 1ojrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30151.416 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TLA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 6 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 192 TO ALA ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.7 / 詳細: 1.0 M NA/K-TARTRATE, 0.1 M HEPES (PH 7.7) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8123 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 62025 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 3.87 / 冗長度: 4.12 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.04 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OJR 解像度: 2.2→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: RMSD / σ(F): 0 詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED USING NCS- RESTRAINT WHICH IS DEFINED IN NCS.DEF.
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溶媒の処理 | Bsol: 73.3316 Å2 / ksol: 0.359376 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.142 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.23→2.25 Å / Total num. of bins used: 48 /
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Xplor file |
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